馬士英還別出心裁地想出了一個生財絕招。他上疏給皇帝，說現在國庫空虛，財源枯竭，為籌措經費，請求免除府州縣的童生應試，改為以交納銀錢多少確定童生名次。
皇帝聽說國庫空虛，感到很緊張，因為這意味著自己玩樂享受的物質基礎受到威脅。因此當即糊裏糊塗地同意了馬士英的主意。馬士英遂作出詳細規定：交納銀錢多的，可以不經過考試，便可穩穩當當地獲得生員資格。並同時規定，上等戶人家必須交納六兩銀子，中等戶四兩，下等戶三兩，直接送到學院查收。一時間，各地一哄而起，生員人數劇增。
這種納錢代考的風氣很快蔓延開來，使得賣官鬻爵的勾當愈演愈烈，甚至連朝官也可用錢買。馬士英規定了許多官職的價格。比如，武英殿中書納銀900兩，文華中書納銀1500兩，內閣中書納銀2000兩，待詔納銀3000兩。於是，許多豪強縉紳趨之若鶩，一時間搞得烏煙瘴氣，朝政極為腐敗黑暗。
馬士英隻知道壓榨百姓，聚斂財富，打擊政敵，但談到如何抗擊南下的清軍，他就一籌莫展了。最後，還是要忠臣史可法去應戰。然而，史可法兵敗，揚州被清軍占領後屠城十日。
揚州一破，南京危在旦夕。五月十九日，清軍攻入南京。僅存一年零四天的弘光王朝在中國曆史上被永遠地抹掉了。
早在南京行將陷落之前，豪門富室、達官貴人紛紛卷起金銀細軟倉皇出逃。五月十一日黎明，錢謙益乘轎來到馬士英家，準備商討守城大計。但見馬家，一派忙碌慌亂景象。不久，馬士英便從屋裏出來了。隻見他小帽快鞋，一身便裝。“想逃跑，膽小鬼！”錢謙益在心裏暗罵一聲，正要搭話，隻見馬士英向錢謙益一拱手，說：“慚愧，慚愧。我家有老母，看來不能隨你一起殉國了。”隨後，他帶著他的老母和十幾車金銀財物，在四百多名家丁親兵的簇擁下倉皇逃走。
由於馬士英平日作惡多端，因此他不論走到哪裏都遭到人們的唾罵和白眼。路人見了他都像躲瘟神一樣紛紛回避。逃至鄉下，家家戶戶都趕緊關上大門，閉門不出。馬士英連水都難討到一杯，更別說吃飯問題了。他逃至廣德府（今屬安徽），知府趙景如堅決拒絕馬士英入城。馬士英苦苦哀求，但無濟於事，隻好指揮護衛攻破城門，才得以入城。
在處處遭受冷遇後，馬士英又想投奔魯王朱以海，遭到魯王手下大臣的一致反對。於是他又轉而投向盤踞在福建的另一個南明小朝廷隆武政權，但同樣遭到拒絕。
馬士英處處碰壁，在走投無路的情況下結束了罪惡的一生。馬士英的一生，正如《明史·奸臣傳》所評價的那樣，是“庸瑣鄙夫，饕殘恣惡”。他之所以能成為當時呼風喚雨的顯赫人物，首先要歸因於明末朝政委靡，綱紀敗壞的混亂政治局麵給他提供了發跡的機遇。阮大铖因名掛逆案而備受唾罵和冷落，但他的落魄卻成為馬士英步入官場的跳板，使得馬士英如一枝花而意外地受到青睞。
然而深藏在內心的惡劣本質決定了馬士英不是一個能給南明政權帶來福音的救星，相反，正是他加速了南明弘光政權的滅亡。馬士英自從掌握了弘光朝大權後，就像一個輸紅了眼的賭徒一樣把自己押在了弘光政權上。他結黨營私，殘害忠良，搜刮民財，以滿足他的權力欲和金錢欲，耗盡了弘光朝僅存的一點兒精氣。弘光政權覆亡了，曆史也宣判了他的死刑，馬士英最終落得個遺臭萬年的可恥下場。