這場爭鬥基本分成兩派。一派以東林黨人為主導，一派以馬士英為核心。馬士英暗中聯絡總兵高傑、劉澤清、黃得功、劉良佐等實力派，派兵把朱由崧接到了南京，聲稱“以序以賢，無如福王，已傳諭將士為三軍主，請奉為帝”。五月十五日，福王正式即位稱帝，以第二年為弘光元年，此即第一個南明政權——弘光政權。
此後通過排擠史可法，馬士英獲得了南明政權的絕對控製權。馬士英獨掌大權以後，第一件事就是極力舉薦其死黨阮大铖。馬士英心裏十分明白，阮大铖作為閹黨成員，名聲很臭，要想保舉他，就得師出有名。幸好阮大铖肚裏還有點貨色。他自幼讀過一些兵書，對兵法略知一二。馬士英便抓住這一點大肆吹捧阮大铖知兵善戰，提出要讓他出任兵部侍郎。
馬士英指使阮大铖四出遊說，大造輿論，積極地進行配合。阮大铖在當年結識的達官貴人中大放厥詞。那些一直處於輿論譴責壓力下而難以出人頭地的宮廷太監，見有人為自己說話，一下子把阮大铖奉若神明，交口稱讚他才德兼備，當委以重任。這幫人成天縈繞皇帝左右，對皇帝的影響就可想而知了。
馬士英還以皇帝的名義，召阮大铖進宮。阮大铖於是得以親自麵見皇帝，拋出一套早已炮製好的所謂“守江策”，提出聯絡、控扼、進攻、接應等一整套攻防策略，這對於岌岌可危的弘光政權來說無疑具有很大吸引力。因此一開始，便引起了弘光帝的濃厚興趣。接著阮大铖鼓動他那三寸不爛之舌，“陳三要、兩合、十四隙”，雖為書生之見，但其口若懸河，宏論滔滔，頗合皇帝胃口。弘光帝高興得連連擊掌叫好，於是當即命人起草詔書，授阮大铖江防兵部尚書，後又很快擢升其為兵部侍郎。
阮大铖出任兵部侍郎，猶如一石擊起千重浪，舉朝為之嘩然。許多官員紛紛告退。呂大器、薑日廣先後辭官罷歸。馬士英則乘機安插心腹，填補空缺。他聽從阮大铖計謀，全部起用了逆案官員，甚至對死者也給予贈恤。這樣閹黨勢力再度得勢，使得朝政更為腐敗黑暗。
禍國終害己：敗類的結局
馬士英像曆史上所有的奸佞一樣，不但有強烈的權力欲，而且還有強烈的金錢欲。他通過種種卑劣手段聚斂錢財，中飽私囊。
江南的水陸交通很發達。馬士英就把貪婪的目光投向了江南的水上航運業。他在長江各處遍設關卡，並由太監親自坐鎮，對過往船隻課以重稅，每隻船所征稅額高達200至300兩銀子。
當時，江南人民盼望朝廷能夠厲兵秣馬，重振旗鼓，收複京師。馬士英便利用人們的這種普遍心情，打著“興複”、“助餉”旗號，到各地去搜刮錢財。他不但巧立名目進行搜刮，還大幅度提高鹽、酒等日常生活必需品的稅額，以致賣一斤老酒就得征一文錢。這些錢財絲毫未用做軍餉，反而源源不斷流入馬士英私囊。
上梁不正下梁歪，其部屬搜刮之能與馬士英比亦有過之而無不及。就拿禦史彭遇颼來說吧，他在李自成攻陷北京後避亂南渡，阿附於馬士英。他受馬士英委派，剛到杭州上任，便帶著打手光天化日之下公開搶奪市民錢財。“上有天堂，下有蘇杭”。杭州在當時是江南最富庶、最繁華的地方。彭遇颼的強盜行為使得杭州市民關門閉戶，不敢輕易進行貿易，市場呈現蕭條景象。