元朝政府很重視在陝西地區屯田。屯田主要集中在鳳翔、京兆、延安、六盤山地區。鳳翔地區早在憲宗三年(1253年)，忽必烈受京兆封地後，就“立從宜府於京兆，屯田鳳翔。”（《元史》卷四，《世祖紀》一。）中統三年(1262年)十月，“詔鳳翔府屯田軍隸兵籍，仍屯田鳳翔。”京兆府屯田則始於中統四年(1263年)正月，“以宋忽兒、滅黑及沙隻回回鷹坊等兵戍商州、藍田諸隘。”（《元史》卷五，《世祖紀》二。）其中必有許多是回回人。以後商州屯田有所擴大。延安路屯田是至元十四年(1277年)平定宗王禿魯叛亂後，“承製授(李忽蘭吉)為京兆、延安、鳳翔三路管軍都尉，兼屯田守衛事”（《元史》卷一六二，《李忽蘭吉傳》。）之後開始的。六盤山地區，安西王開成府(今寧夏固原北)，設開成路屯田總管府。各地屯田戶主要是諸色目人，有的是安西王府所管轄的編民，有的是簽發的軍人，包括探馬赤軍，其中亦不乏回回人。由於京兆、鳳翔、延安、六盤山地區大力開展屯田，為當地的回回人從事農業生產、建立回回人的農業經濟創造了條件。明代陝甘寧地區回回人的分布及其經營方式，顯然是在元代的基礎上形成的。《萬曆武功錄》卷一《陝西回夷列傳》載：回夷，西(安)、延(安)、慶(陽)、平(涼)、鳳(翔)、漢(中)間夷也。郡縣編入版籍，名曰回夷。歲時麥熟，皆攜夷小賣藥課命，仰食他旁郡，歲凶亦如之。
雲南行省是元代回回人重要的聚居地區。1253年忽必烈征大理時應該是回回人進入雲南的開始。至元十一年(1274年)元廷決定建立雲南行省，命賽典赤·贍思丁任行省平章，從此，回回人大批進入雲南，這些人主要是軍士、官員、工匠。賽典赤·贍思丁很重視屯田，開始在中慶、大理、威楚、鶴慶、曲靖、尋甸、澉江、臨安等地建立民屯，進一步發展軍屯，雲南行省所轄軍民屯田達到12處之多，屯田麵積達七萬餘雙(約合40餘萬畝)，民屯約15000餘戶，軍屯2800百餘戶及5700餘人。軍屯中回回人占相當大的比例。以昭通軍民屯田為例說明之。《民國昭通縣誌稿》卷十《人種誌·漢人》載：（昭通）元置宣慰司，調雲南及四川軍屯田，回兵而外，漢人約三千餘人。