1845年(道光二十五年)永昌府治保山城北板橋漢回少年對歌，回唱：“稻草綁秧新接舊”，漢答：“回子赴豬公領孫”，侮辱回民，引起械鬥。回民清真寺被燒，房屋被拆，並不許回民在此居住。回民四出求援。愛打抱不平的馬效青(大白象)等人來到，約集千人，齊集板橋附近的上村、窯上、金雞村，“寫帖傳告說明，不惹別處漢人，隻與板橋萬林桂等講理”（賀長齡：《耐庵奏議存稿》，《回民起義》(一)，第112頁。）。萬林桂是當地“香把會”首領。“香把會”是燒香結盟、燒香拜把的迷信會道門組織，被地主階級掌握，依附官府。械鬥起後，互有勝負。官府出來鎮壓，馬效青等領導回民和官軍鬥爭，俘獲官員多名，發展成抗官鬥爭。官府見局麵不可收拾，和香把會結合起來鎮壓回民。同年10月，沈盈和官府密謀一天，決定屠殺保山城內回民。迤西道羅天池給沈盈一道“防匪”命令，內稱：“永昌全體紳民公請沈盈統率團丁，屠滅永城回子。有本府、本協鎮、本縣、本閫府文武各官員負擔責任。屠滅後，若有上司懲究擅殺之罪，由文武官一方認咎，不使沈盈承受罪罰。沈盈係奉命而行”（《永昌府保山縣漢回互鬥及杜文秀實行革命之緣起》，《回民起義》(一)，第4~5頁。）。沈盈得此印結後，挑選三千丁壯，10月2日夜秘密進城。事先已由城內紳首密令城內漢民以敬門神為名，焚香門上為暗號，徹夜不熄。沈盈的壯丁進城後，視門上無香之戶，即破門屠殺，不分老幼男女，殺絕為止，並搜掠財物。數千回民罹難，脫逃躲匿山林者僅數百人，造成空前大慘案，這就是震驚一時的永昌屠回事件。
慘案中脫逃的回民丁燦庭、杜文秀等京控，為回民喊冤。1846年6月，清廷“以上年殺永昌內應回民過多，賀長齡下部議處”，免了他的雲貴總督職。9月，“命李星沅為雲貴總督”（《清史稿》卷十九，《宣宗本紀》。）李到任後，再劾原迤西道羅天池，朝廷方下令將羅革職，但“回漢械鬥”並未解決。
次年李星沅調兩江，改林則徐總督雲貴。林則徐深知民族問題複雜，“明察暗訪”，提出了“但分良莠，不論漢回”的辦案方針。他說：“竊思漢回雖氣類各分，而自朝廷視之，皆為赤子，當別其為良為匪，不必歧以為漢為回”（《林則徐全集》，北京：中華書局，1985年，第980頁。）8月，朝廷“命林則徐讞雲南回民控訴香匪殺無辜一萬餘人之獄”，及“雲南回民杜文秀控訴被誣從逆之獄”。林則徐派人到保山提取有關案犯到省質訊，保山香把會將解送赴省的漢人案犯劫奪，燒掉縣署，屠殺藏居縣署內回民，再次發生永昌屠回慘案。林則徐一方麵調兵鎮壓，並親赴大理督辦。到6月初，共捕辦案犯436名，處以極刑或徒刑，主犯金混秋(沈盈之師)被淩遲，沈盈也被處死（《回民起義》(一)，第7頁。），屠殺回民的有關官員亦被處理，為回民申冤除害。但林則徐對回民仍有自己的看法，他說：“臣察看迤西風氣，漢民惟保山七哨最為桀驁，其餘尚近淳樸。回民則無處不有，且良善少而梗頑多”（《林則徐全集》，第1012頁。）抱著這種眼光，林則徐的“但分良莠，不論漢回”的總方針也就不能不打折扣。對於劫後餘生回民的處理，實質是對回民的再次摧殘，他強將保山回民移居官乃山。此處距保山二百餘裏，環境險惡，無異流放，回民在城產業折價與山中漢民資產抵換，“回民二百餘戶分起押送前往”（《林則徐全集》，第1171頁。）林則徐以此辦法“結束”回漢爭端。
林則徐赴大理辦案途中，正值彌渡回民起事。林則徐調兵鎮壓，前後處死81人。清廷以林則徐“剿辦雲南彌渡、保山哨匪功”，加太子太保銜，並賞戴花翎。1849年，林則徐又鎮壓騰越彝民暴動，並向朝廷奏報移居官乃山回民一年來的情況，說“總期保邑漢回各遂其生，永無可開之釁”。
(三)雲南回民起義
1.起義的爆發：
1850年(道光三十年)，建水(臨安)惡霸黃鶴年、黃殿魁等將回民世代開采的他郎(今墨江)金礦占為己有，殺死回民百餘人。回民移向楚雄府南安州石羊廠謀生，開采銀礦。建水惡霸又來占銀礦，燒清真寺，劫殺回族村寨，慘案再次發生，並引發一係列屠回事件。1856年5月初，新興回人武舉馬淩漢“憤臨人之強橫，官吏之不為保護，乃率眾到省，駐紮順城街清真寺，意在堵禦臨人，保護回眾”（《回民起義》(一)，第294頁。）巡撫舒興阿和團練大臣黃琮等以回回裏應外合陰謀造反為名，對回民進行大屠殺，殺死回民數千人（回民被殺人數說法不一。見荊德新：《成豐六年昆明四月事件的曆史考察》，載《研究集刊》，1983年，第1輯。）各地團練相率效尤，“奉憲殺回”。回民奮起反抗，全省範圍內回民大起義爆發。