2006年的司馬遷研究在整體上保持著平穩的勢態，從整體上看出現一些需要注意的現象。首先，從研究者的年齡構成來看，有更多年輕人進入了該領域；其次，從研究者性別比例看，女性研究者所占的份額比以前有大幅度的增加；最後，研究的論域明顯較以前縮小。這些現象也許是偶然的，但其中應該能顯示出司馬遷研究所麵臨的某些問題。透過上述現象，也許可以這樣描述司馬遷研究所麵臨的問題，研究隊伍缺乏合理的梯隊，隨著老一輩學者的逐步退出，沒有新的領軍人物能夠用自己的研究成果帶動整個領域向前推進。下麵通過六個方麵，對2006年度司馬遷研究的基本狀況作一簡單評述。
學術思想淵源研究
對司馬遷學術思想淵源的梳理是近年來的一個熱點，2006年表現出的一個顯著的趨勢就是集中考慮司馬遷在儒學學術史中間的地位，特別是在司馬遷與漢代經學的關係這個論題上提出一些新的見解。
劉鬆來的《司馬遷對漢代經學的傳承和超越》（中國人民大學學報/2006/01）是本年度最有價值的論文，文章梳理了司馬遷與漢代經學之間的複雜關係，從天人政治觀、經學曆史觀、經學倫理觀等層麵論述了漢代經學對司馬遷的影響，同時從“究天人之際，通古今之變，成一家之言”的著述動機出發，描述司馬遷對漢代經學的整體性超越。劉鬆來指出，經學對司馬遷創作《史記》的影響主要表現在以下三個方麵：一是司馬遷崇拜孔子，服膺董仲舒，表現出了與漢代經學之士十分接近的文化價值取向；二是司馬遷推崇《六經》，特別是《春秋》，有著與漢代經學家大致相同的學術文化淵源；三是漢代經學的基本觀念，如以君權神授和災異譴告為核心的經學政治觀念、強調道統的曆史觀、以“三綱五常”為核心的倫理觀，都對司馬遷的思想和創作有巨大影響。同時，司馬遷又在三個方麵超越了漢代經學，一是“究天人之際”對經學天道觀的超越，二是“通古今之變”對經學曆史觀的超越，三是“成一家之言”對經學話語壟斷權的超越。
宋馥香和石曉明在《承繼與發展：司馬遷與董仲舒的學術關聯》（鄭州大學學報/哲學社會科學版/2006/03）中指出，董仲舒和司馬遷的學術思想在多個方麵有著相同或相通的認識，但認識獲得的途徑則完全不同。在政治觀上，二者旨在構建一套維護封建皇權的“大一統”理論。董仲舒從經學入手，利用史學和天人感應思想創建了“大一統”理論；司馬遷則是從漢初以前的曆史發展過程中得出統一是大勢所趨的認識。在曆史觀上，兩人都承認曆史是發展變化的。變易論成為董仲舒變革思想的曆史根據，司馬遷則通過對曆史發展不同階段之特點的分析，得出了這一規律性認識。在社會觀方麵，都積極主張安民、保民，目的是為了維護漢王朝的統治。董仲舒借用儒學的影響力，將儒學與陰陽五行學說結合起來，通過對曆史現象的歸納來闡述自己的思想，並把它塞進了神學的外殼之中；司馬遷則是通過對曆史過程的考察，利用抽繹的方法來表述曆史發展的客觀規律和自己對社會發展的獨到見解，形成了一套較為完整、科學的思想體係，但其思想的一些內容則已以一種隱含的形式存在於董仲舒的學術思想體係中。
張瀏森在《高山仰止、景行行止——試論司馬遷對孔子及儒家思想的推崇和繼承》（南陽師範學院學報/2006/08）中指出，司馬遷在《史記》中通過對孔子生平和儒家思想源流的描述揭示出儒家積極進取的主導傾向，從而為自己代表先進文化的曆史觀找到一種曆史依據。
王小塊在《試論司馬遷的學術思想和儒學的關係》（商丘師範學院學報/2006/12）指出，在時代和家庭的雙重影響下，司馬遷形成尊儒的思想傾向，這體現在兩個方麵。一是以繼承《春秋》為誌業，另一個是以六經為褒貶曆史之準繩。但是司馬遷又不完全盲從，放棄了儒家觀念中某些陳舊的東西，形成了自己的一家之言。
曆史學觀念和曆史編撰方法研究
張強的《漢興百年與司馬遷對當代史的研究》（陝西師範大學學報/哲學社會科學版/2006/04）是本年度研究司馬遷史學觀念最重要的論文，其特點是能夠把細致的資料功夫和宏觀的哲學眼光結合起來。他從三個方麵勾畫了司馬遷當代史研究所包含的史學觀念的內涵。首先，司馬遷在曆史研究中把“稽其成敗興壞之理”與漢興百年的曆史變遷結合起來，讓史學承擔哲學的責任。在論述過程中，他從具體的統計出發，指出當代史敘述在《史記》中占有非常突出的地位，進而強調一個史學家處理史料的方式不可避免地要隱含著自己的思想觀念。在司馬遷那裏，突出當代史體現的是他關懷現實的史學價值取向。其次，以李陵之禍為人生轉折點，司馬遷對現實政治有了新的認識，從而在深刻反省漢興百年的曆史中看到盛世下的危機。最後，司馬遷研究曆史的方法是循環論，在繼承前人文化成果的基礎上，司馬遷抓住“曆史循環”的大勢，將社會變化的法則與“原始察終，見盛觀衰”結合起來，從而形成了他獨特的曆史哲學觀。在具體論述過程中，張強從《易傳》、鄒衍的五德終始、孔孟和董仲舒的思想等各種因素細致地描述司馬遷循環論曆史觀的思想背景，最終強調司馬遷的循環論是他“原始察終，見盛觀衰”的曆史思考的表現形式，而根底是知識分子的憂患意識。
劉建民的《略論司馬遷天人思想的特點及其成因》（遼寧大學學報/2006/05）是一篇思維方式非常新穎的論文。針對把天、人兩個相互獨立的概念，尋找它們在司馬遷那裏各自的適用範圍。論文一開始，作者首先通過司馬遷對天、人兩個概念的具體運用的分析指出，兩個概念都被司馬遷在三個不同領域使用，即邦國興衰、個人命運和自然現象；其次論文在比較了司馬遷和周公、賈誼的不同之後指出，司馬遷對天、人概念的使用沒有貫穿始終的內涵，作為一種曆史解釋係統是充滿矛盾的；最後具體探討這種充滿矛盾的曆史解釋體係形成的原因。作者指出，這種矛盾的形成是由司馬遷作為史學家的特質決定的。司馬遷要靠陳述最具體的曆史事實來展示最生動的曆史精神，靠陳述作為一個有機整體的各方麵的曆史事實來展示某一時代的一般曆史精神。也就是說，從眾多的具體史實歸納出一般的結論，是司馬遷作為曆史學家所特有的方法，而隻要司馬遷從史實歸納結論，他的認識必然缺乏普遍性，必然充滿矛盾。
金久紅在司馬遷研究領域是一個新麵孔，在2006年圍繞司馬遷的曆史編撰方法寫作的一組文章中，她延續了一個已經很久以來似乎被遺忘的領域，關於《史記》引用史料的辯證，但是能不囿於成見，從大處著眼，重在清理司馬遷采撰史料的方法論意義。在《談司馬遷折合幾說為一說的采撰方法》（廊坊師範學院學報/2006/01）中，她指出，曆史傳說，由於其流傳中的增飾渲染，再經過不同時代、不同文化背景下的解讀，難免會形成一些不同的說法。在沒有進一步的材料支撐、難於取舍的情況下，司馬遷對某些史料進行了糅合兼采的處理，折合兩家或幾家之說為一說。這主要表現在兩個方麵：一是對相似說法的折合兼采，二是對矛盾說法的折合兼采。而無論哪種，都因此保存了多方麵的材料，也表達了自己在這一問題上的史學決斷和一家之言。但不足的地方在於，麵對不同材料，有時折合、調理得過分簡單，給讀者提出了更高的閱讀要求，增加了理解上的困難。在《從史記采撰特點看司馬遷的史學思想》（北方論叢/2006/04）中，她指出，在《史記》行文中，通過口傳史料與文字史料的相互參校來追求史實之真的做法時有所見。作為《史記》采撰中的一個重要特點，它表明司馬遷在這兩種材料的可信度上並沒有成見。在尊經傳、重文字的傳統下，太史公對於口傳史料的重要性及其可信性也給予了充分的肯定。而在這兩者互相印證的過程中，就不僅體現了他嚴謹求實的治學精神，而且反映了他在取材中能兼容並蓄的史家胸懷和卓越識見。
賀玲的《從〈史記〉看司馬遷的檔案文獻編纂原則》（管子學刊/2006/04）集中考慮司馬遷在《史記》撰寫中如何利用檔案文獻的基本原則，她指出，司馬遷在《史記》中運用的編纂檔案文獻的原則大致有三個方麵：一是廣泛占有豐富史料。其主要表現是大量利用漢朝宮廷保存的檔案，廣泛收集和利用各種圖書文獻，親身遊曆、實地調查研究以獲取史料，由此開創了田野調查與檔案文獻相結合的原則。二是去粗取精、去偽存真。三是不虛美、不隱惡的原則。
政治哲學思想研究
司馬遷的政治哲學思想是一個相當寬廣的研究領域，而2006年度的相關論文顯示出兩個主要的趨勢，一個集中在如何理解遊俠及其精神內涵，另一個集中在如何理解司馬遷在《史記》相關敘述中所顯示出的政治智慧，前者明顯表現一種浪漫情思，後者則具有實用主義意味，也許可以說在這些研究的背後都飽含著某種根源於現實生活的意趣。
張立海的《淺論司馬遷的俠義精神》（陝西師範大學繼續教育學院學報/2006/增刊）從三個方麵論述司馬遷的俠義精神，首先，司馬遷對俠義精神的理解是在和儒家的獨行君子之義和刺客精神的比較中完成的，俠義偏重於個人精神，以個人義務與個人情感體驗融合為基本特征，如司馬遷所說的，“其言必信，其行必果，已諾必誠，不愛其軀，赴士之厄困，既已存亡死生矣，而不矜其能，羞罰其德”。其次，司馬遷推崇俠義精神主要有兩個方麵的原因：一是漢代初年任俠成風的社會風氣，二是俠義精神和司馬遷的價值取向相通。最後，司馬遷俠義觀的內容包括五個方麵，趨人之急、言必信、行必果的精神，士為知己者死的報恩精神，反抗強暴、報效國家的精神，重情義，“敢犯顏色、以達主義”的精神。