六是設立終點轉運站。以錦西為終點轉運站，保持經常有3萬人左右作為預備隊，以便葫蘆島船隻一到，不誤船期轉運出港。同時設立臨時醫院，除內科外，另設婦產科並保證足夠的病床。
七是遣送對象。凡散在東北的日本人，無論是僑民或是戰俘，以全部遣送回日為原則。日本婦女，凡在投降後與中國人結婚的一律遣送，不準暗藏；凡在投降前與中國人同居或結婚的，特別是已有子女的人，按其誌願經當地政府批準者，暫不遣送，而未經批準者則不準窩藏，一律遣返。凡持有政府留用證明的日僑科技人員，暫不遣送。凡有重病未愈者，暫留錦西醫院治療，待最後一次輪船遣送。
八是出港人數。為了加速遣送，在葫蘆島盡可能保持每日能出口1萬至1.5萬人左右。
九是其他有關遣送細則，另按政府法令和管理處臨時規定辦理。
此後，分散於東北各地的日僑開始向各大中小城市集中，四月底集結完畢。其時，等待遣返東北日僑總數為145萬人，其中國民黨控製區為80餘萬人，共產黨控製區為30餘萬人，蘇軍控製區27萬餘人。具體遣送計劃如下表：東北地區日僑俘遣送計劃表
期別——地區：日僑人數，所需車輛
第一期
錦州：55000，631
海城：12000，124
鞍山：70000，967
遼陽：16000，172
沈陽：235000，2161
鐵嶺：10000，163
第二期
開原：9000：108
四平：22000，226
公主嶺：15000，188
長春：205000，2574
本溪：15000，179
撫順：80000，735
遼源：10000，125
吉林：31000，388
拉法：6000：62
敦化：4000：60
延吉：7000：83
圖們：4000：42
第三期
德惠：1000，12
哈爾濱：145000，1812
安達：500，6
阿城：5000，62
鳳凰城：1000，13
安東：75000，938
齊齊哈爾：40000，500
第四期
海拉爾：1000，13
寧墨地區：7000，88
北安：6000，75
鬆花江：12000，150
佳木斯：1500，19
勃利、林口：1000，12
牡丹江：5000，62
圖佳線：5000，62
琿春：2000，25
通化：55000，688
第五期
大連：270000
瓦房店：10000
1946年5月7日，隨著兩艘載運遣返日僑2489人的輪船鳴響汽笛，葫蘆島日僑大遣返拉開了序幕。在錦州、盤錦、阜新地區55000名日僑先行遣返後，沈陽、鞍山、撫順、本溪、四平、公主嶺、長春、遼源等國民黨控製區日僑遣返工作依次展開，截止8月20日，共遣返日僑560485人，占國控區日僑總數的66%。按照預定計劃，從1946年8月21日，開始重點遣返東北民主聯軍控製區的日僑，爾後再遣返國民黨控製區的其餘日僑。
（三）中共控製區日僑的遣返
當時，中國東北的政治局勢比較複雜，既有國民黨軍隊控製的沈陽、長春及周邊城市，又有共產黨軍隊控製的哈爾濱、齊齊哈爾、牡丹江、佳木斯、吉林、延吉、安東（今丹東）等城市和廣大農村地區，還有蘇軍控製的大連地區。為保證日僑遣返的順利進行，1946年1月10日，軍事三人會議（周恩來、馬歇爾、張群）商定，設立北平軍事調處執行部三人小組（葉劍英、鄭介民、羅伯遜），負責東北日僑俘遣返的整體部署，具體遣返工作由國民黨東北行轅和東北民主聯軍組織實施。軍調部三人小組協商決定：除安東日僑75000人由東北民主聯軍負責組織，陸路經朝鮮、海路從鴨綠江口登船，大連日僑270000人由蘇軍負責徑直遣送外，在東北的其餘日僑，無論是“國控區”的，還是“共控區”的，全部經葫蘆島港遣返。據此精神，國民黨東北行轅軍調部於1946年4月與駐沈陽的中國共產黨代表饒漱石、伍修權商定，由軍事調處執行總部美方代表遣送官裴爾上校赴哈爾濱與東北民主聯軍司令部遣送日人辦事處處長李敏然（李立三）共同研究共產黨控製地區日僑遣返事宜。裴爾上校在哈爾濱很快與李敏然草簽了《遣送東北中共管製區日人之協定書》。