錦衣衛的行為越來越無法無天，他們抓人後，往往先不帶回衙門，而是找一個僻靜的地方，將人毒打一番，叫做“打樁”。被抓的人必須將自己的錢財奉獻出來向他們行賄，如果錢少，小校們就自己收下；如果得到的錢多，小校們就會再獻給自己的長官一部分。如果被抓的人錢財不多或者不能滿足這些特務們的需要，就會被帶回衙門，百般拷打，嚴刑審訊。錦衣衛對疑犯的審訊是極其殘酷的。它的監獄與刑部的監獄比起來，當時的官員與百姓都把刑部的監獄視為天堂，而把錦衣衛與後來東廠的監獄看成地獄，可見其殘酷程度。他們所用的酷刑有刷洗（用開水澆人，然後用鐵刷子刷）、抽腸（顧名思義）、剝皮、秤杆（用鐵鉤把人吊起風幹）、閹割、挖膝蓋、錫蛇遊等幾十種名目。在各種刑罰中，最殘酷的莫過於淩遲，這種刑罰要把人綁在柱子上，用刀慢慢割，如果行刑的人技術好，那受刑者就倒黴了，最多的能割三千多刀，把肉都割完了人還沒死。在這種種酷刑之下，疑犯往往屈打成招，之後再被送到朝廷的司法機構審理。由於錦衣衛深受皇帝的重視和信賴，司法機構根本不敢對他們說不，所以明知許多人是被冤枉的，也不敢糾正。被冤屈的人最後隻能落個人財兩空，甚至還會搭上無辜的性命。
當時不少的錦衣衛借皇帝之威而橫行霸道。其中有一個叫紀綱的人，他得到成祖朱棣的寵信後就借機殺害曾經反對過他的文武百官，又利用手中職權聚斂財富，他教唆家人偽造詔書，帶到不同的鹽場，命鹽場額外交納貢鹽，借官用的車船將鹽載入自己的家中，卻分文不給。各地鹽場的主事懼怕紀綱的權勢，隻能盡可能滿足他的要求，敢怒而不敢言。另外，紀綱還編造一些罪名誣蔑權貴巨商，等他們給自己送來重金再把他們判為無罪；反之，不肯交錢的就必死無疑了，而死後被沒收的家產，竟也被他侵吞掉一大部分。
錦衣衛是皇帝進行恐怖統治的特務機構，它的設立使明朝的特務機構基本成型，但它是明代所有特務機構中唯一一個不由宦官主持的，此後的東廠、西廠均在宦官的把持之下。這些特務機構是皇帝豢養的一批惡犬，他們也借皇帝之勢，狐假虎威，做盡壞事，留下千古罵名。在朱元璋駕崩前，因發現錦衣衛非法行事，造成的積怨太多，曾經大削錦衣衛的權力，但後來，靖難之變發生，明成祖朱棣篡位，為了壓製臣民對他的不滿，又恢複並更新了錦衣衛所有的權力。直至李自成起義明王朝滅亡後，錦衣衛才正式結束了其長達二百六十二年的曆史。
空印案和郭桓案
明初，通過一係列加強皇權的改革，朱元璋建立起一個龐大的官僚機構。鑒於元代官吏貪汙腐敗以至亡國的教訓，朱元璋決心整頓吏治。
朱元璋關心民生，心係百姓，但對待臣下極為嚴厲，官員有一點小過錯就會遭到重罰，對貪官汙吏的懲治和用法之嚴酷更是曆史上所罕見的。他頒布了有史以來最為嚴厲的肅貪法令：貪汙錢財六十兩以上者，就斬首示眾！區區六十兩銀子就要殺頭，這個命令足以顯示朱元璋肅貪的決心。為了增加震懾力度，朱元璋還設置了一項駭人聽聞的政策。他把府、州、縣、衛衙門左麵的土地廟作為剝人皮的場所，稱為“皮場廟”，官員貪汙處死後，要把貪官的皮剝下來，然後在皮內塞上稻草，做成人皮袋，懸掛在官府公座兩旁，以威懾官吏。另外，還有挑筋、剁指、刖足、斷手、刑臏、鉤腸、去勢等酷刑。
然而，在這樣的考核監督製度和酷刑震懾下，貪贓枉法之徒仍心存僥幸，前赴後繼，一再考驗朱元璋對官吏的信任。為此，朱元璋不得不一再對官僚隊伍的腐敗進行大規模的整治，掀起一個又一個大案。其中，空印案發生在洪武九年（1376）。
明朝政府規定：每年各個地方的負責官吏都要到戶部去核對地方的統計數字。戶部審核後，如果發現錢糧等數據有不符合的地方，就要被駁回重新填寫。地方官員遞交的統計文書是要加蓋印信的，但是有規定不允許將官印帶出府衙，而各地方的府衙與京師間的距離遠的六七千裏，近的也要三四千裏，古代交通不便，往返費時，特別是邊遠地區，隻從那裏到達京師就要好幾個月。地方官為了方便，在來京時帶上預先蓋好印信的空白文書，如遇到戶部駁回，就立刻重新填寫，不必再回到本地蓋印，以免往返之勞。這種做法已經實行了很久，上下已經習以為常。但在洪武九年（1376），朱元璋發現了這種情況，他認為各地方官有意欺瞞，奸吏利用蓋有印信的空白文書擅自行文就會貽害百姓，大怒，下令嚴辦，將所有掌印的官員處死，將副職一律杖責一百，發配遠方戍邊。
很多人認為這是一樁冤案，因為有效的文書必須加蓋完整的印信才能使用。而考核錢糧所用的文書冊，是蓋兩張紙的騎縫印，即使奸人得到也不能改為他用。而各地的錢糧數字是要經過府到省、省到部的層層核對後到戶部才最後確定的，對偏遠的省府來說，如果將出現錯誤的文書拿回本地重新編造、蓋印，往返就要用一年時間。這種先在空白文書上加蓋印信的方法，不過是權宜之計。對於開國之君朱元璋來說，以他的聰明和對國家的治理，他不會不明白這個淺顯的道理。真正觸怒他的是由於他的不知情，是他感到從下到上對他的欺瞞。本來，通過正常渠道向上申訴有可能得到允許的事情，現在，官吏們為了自己方便竟敢事先不告訴他朱元璋就擅自而為，這就等於不尊重他皇帝的權威，不遵守國家的法度。所以，朱元璋震怒了，他要給所有人以警醒，要殺一儆百。