此後，還有更多的東林黨人被罷官，被下大獄，被充軍，被殺害。正直的官員在朝中沒有立錐之地，舉朝上下無不是閹黨的勢力。但物極必反，就在魏忠賢的權勢達到登峰造極的時候，熹宗病逝，思宗崇禎即位。為鞏固皇權，崇禎皇帝罷免了魏忠賢，閹黨受到打擊，閹黨內部人人自危，於是相互攻擊以圖自保。牆倒眾人推，魏忠賢一下子又變成了過街老鼠。魏忠賢深知自己難免一死，於是自縊而亡，客氏也在後宮中被鞭笞而死，東林黨人得到平反。但是，明朝的局勢，已經是江河日下了。
悲情崇禎帝
天啟六年（1626）八月，貪玩的明熹宗來到西苑，和小太監劃著船在水上嬉戲，忽然刮起一陣大風，船被掀翻，熹宗和同船的兩個太監都落入水中。兩個太監都被淹死了，熹宗雖然幸而獲救，但因此落下病根，身體每況愈下。到天啟七年（1627）夏天，熹宗病危，八月去世，年僅二十三歲。根據熹宗遺詔，由皇五弟信王朱由檢即位，第二年改為崇禎元年，他就是明朝最後一位皇帝明思宗。
朱由檢繼位時隻有十七歲，他是一位很有政治抱負的人。他想憑借自己的一腔熱血，力挽狂瀾，重建輝煌。崇禎帝即位後做的第一件大事就是鏟除閹黨。崇禎剛剛入住皇宮後，發現朝野遍布魏忠賢的黨徒。他不敢吃宮中的東西，生怕自己有一天會不明不白地死去；晚上則讓宮中徹夜點著蠟燭，以提防刺客。這種受到威脅的感覺日益強烈，但崇禎帝表現出極大的忍耐力。開始，崇禎依然重用魏忠賢，暗中卻不動聲色地漸漸地剪掉他的黨羽，更換宮中宦官，逐步孤立魏忠賢。一待時機成熟，立即開始搜捕。魏忠賢得到崇禎要逮捕他的消息後，知道自己將沒有好下場，當晚就上了吊。崇禎還下令將他碎屍萬段，把他的頭掛在河間府。崇禎還以堅決的態度，為東林黨人平冤昭雪，將絕大多數閹黨成員列入逆案名單，將《欽定逆案》頒布天下，以魏忠賢為首的二百六十多人被斬、被充軍或被革職。此舉贏得了朝野人士一片擁護，展示了這位青年皇帝的決心和果敢，令人刮目相看，一時被呼為“明主”。
鏟除閹黨後，崇禎帝將朝中大權重新掌握到自己的手中，開始了他的勵精圖治。為了彌補清除閹黨後的空缺，急需選用得力的人才。崇禎帝很重視任用有實際才能、精明能幹的人。親自征點南京吏部侍郎錢龍錫、禮部尚書來宗道、禮部侍郎李標等進入內閣。這些人大多是東林黨人，都能盡心辦事。此外，崇禎帝還常常破格提拔，例如將劉之倫從庶吉士一下子就提拔為兵部右侍郎。他還起用了天啟年間戰功赫赫的袁崇煥，任命袁崇煥為兵部尚書，督師薊遼，並向他征求安定遼東的方略。袁崇煥詳細地闡述了自己的策略，說如果朝廷支持並將大權下放給他，五年之內他就可以恢複遼東。崇禎聽後十分高興，立即答應了袁崇煥的所有要求，還賜他一柄尚方寶劍。袁崇煥則不負眾望，積極布防，很快就有了成效。崇禎初年，這一係列的措施使明朝的內政外交都有了起色。
國勢的好轉隻如曇花一現。年輕氣盛的崇禎麵對複雜的局麵，急於求成，急功近利，處理政事常常采取頭痛醫頭，腳痛醫腳的做法。但世上之事，往往欲速則不達，操之過急，隻能把事情搞得更糟。加上他剛愎自用，虛榮心極強，聽不得反對意見，而且性情多疑，一遇到解決不了的難題就遷怒於文武百官，責備他們沒有盡職盡責，並處以極其嚴酷的刑罰，或者罷官，或者下獄、殺頭、充軍。所以，真正的人才，在他手下大都不能充分發揮作用。比如對待袁崇煥，本來已經給了他自由行使職權的尚方寶劍。但崇禎二年（1629）十月，當皇太極率精兵十萬避開袁崇煥的把守，繞道蒙古進入長城，深感袁崇煥是一大勁旅，就使用反間計聲稱與袁崇煥早有密約，將在京城之下會盟。崇禎就信以為真，以“叛變投敵”、“謀反朝廷”之罪將袁崇煥處死。而且，還感歎朝臣不足以為信。對文武百官的不信任，使得崇禎又越來越重用親信宦官。但宦官大多是拍馬逢迎、沒有真才實學的勢利小人，在最凶險的時候都背叛了他。
崇禎二年十一月，清兵再次南下，崇禎帝將大批太監派去監軍、守城，甚至去督察錢糧稅務、司法等政務。但因有閹黨的前車之鑒，崇禎對宦官也是用了罷，罷了用。他對朝臣固然已經失去信任，重用宦官又使得國事變得越來越糟，而崇禎帝就在這樣一種反反複複、忙忙碌碌、焦躁不安中度日。
崇禎三年（1630）前後，張獻忠、李自成紛紛起義建立政權，聲勢日漸浩大。自袁崇煥被殺後，朝中也再難以找到一個能力敵後金侵擾的大將。崇禎九年（1636），皇太極稱帝，改後金為“清”，長驅直入，深入內地。明朝內憂外患，每況愈下。崇禎十五年（1642）二月，清兵攻克鬆山。崇禎十七年（1644）三月，李自成率大軍圍攻北京，而京城守衛非常空虛。崇禎帝病急亂投醫，又是下“罪己詔”，承認自己治理國家的過失，又是征集天下軍隊到北京勤王，還要求王公大臣、外戚權貴捐獻家財做軍餉，組織抵抗，可是都得不到積極響應。外戚周奎有幾十萬兩金子的家財，卻裝窮說沒錢。崇禎帝親自出麵，他才答應捐二萬兩。