萬曆四十八年（1620）七月，神宗駕崩。八月初一，朱常洛即位，是為光宗，年號泰昌。常洛自幼不得父親喜愛，13歲才出閣讀書，又長期輟讀，經曆坎坷。即位前的幾十年中，他孤僻、壓抑，於是沉湎酒色，恣情縱欲，這無疑影響到他的身體健康狀況，正當中年的光宗卻體弱多病。頗具心計的鄭貴妃為取悅新帝，保全自己，從侍女中挑選了四個能彈會唱的美女進獻給光宗，又竭力籠絡光宗的寵妃李選侍，二人謀合，欲以美人計為自己請封皇太後和皇後之號。貪婪酒色的泰昌帝納四名美女後，起居更無節製，八月初十便病倒了。此時，司禮監秉筆、掌管禦藥房的內醫崔文升來為皇帝看病。他本應用培元固本之藥，卻反用去熱通利之藥，使光宗腹瀉不止，委頓不堪。崔文升的進藥引起朝臣的驚詫。輿論認為崔文升進藥是受鄭貴妃指使，欲置皇上於死地。八月二十九日，鴻臚寺丞李可灼進獻一紅丸，自稱仙丹妙藥。光宗懼怕死亡，決計服用。朝臣都不敢拿主意，李可灼見此景，就自己先服下一丸，光宗隨後也服一丸，頓覺四肢和暖舒暢。等朝臣退去，再進一丸，於次日淩晨即死。可憐光宗隻當了二十九天的皇帝就歸天了。
事後，大臣們聯想到梃擊案以來的風波，不禁疑竇叢生。認為光宗之死是因為用藥的錯誤，應追究崔文升和李可灼之罪，並查出幕後主使。有人認為，崔文升是受神宗鄭貴妃指使，故意用瀉藥使光宗元氣不能恢複；有人認為，是內閣首輔方從哲推薦李可灼進藥使光宗死，方有弑君之罪。一時間，朝臣間互相攻訐，各黨派之間極力爭辯。最後，新登極的天啟皇帝朱由校迫於輿論壓力，罷免內閣首輔方從哲，將崔文升發配南京，李可灼充軍。但泰昌帝之死到底是什麼原因，始終未解，“紅丸案”成為明宮疑案之一。
明萬曆四十八年（1620）七月至九月一日，萬曆、泰昌兩帝相繼而亡，新帝即位之事關係著國家的命運，成為朝野關注的焦點。朱常洛死後，其長子朱由校登基，是為熹宗，年號天啟。熹宗因其父光宗朱常洛不得寵愛，自幼也備受冷落，直到神宗臨死前才留下遺囑，冊立其為皇太孫。熹宗的生母王才人本來位尊於李選侍之上，但因李選侍受寵，她備受李選侍淩辱而致死。
光宗即位後，倚仗皇帝的寵愛李選侍隨住乾清宮。之前，鄭貴妃以侍候神宗病體為名住進乾清宮，神宗死後就不肯搬出，後在朝臣的壓力下才移居慈寧宮。光宗死後，按照規矩李選侍也必須搬出，讓新皇帝搬進。但在光宗時就要謀取皇後地位的李選侍又企圖借新帝年少之便，掌握大權，以熹宗養母身份留居乾清宮，不肯搬出。她還與太監魏忠賢密謀挾持朱由校，欲爭當皇太後，此舉引起朝臣的極力反對。光宗駕崩當日，楊漣、劉一燝等朝臣就直奔乾清宮，要求哭臨泰昌帝，請見太子朱由校，商談即位之事，但受到李選侍的阻攔。在大臣們的力爭下，李選侍方準朱由校與大臣們見麵。楊漣、劉一燝等見到朱由校立即叩首山呼萬歲，並保護朱由校離開乾清宮，到文華殿接受群臣的禮拜，決定以本月六日舉行登基大典。朝臣們聯合上疏要求李選侍移出乾清宮，其中以禦史左光鬥的言辭最為激烈。他說，李選侍既非嫡母，又非生母，儼然居正宮，而讓太子居慈慶宮，名分倒置。還說，如果不早采取措施，聽任李選侍專製，就會再次出現武後（唐武則天）之禍。但李選侍仍沒有移宮之意。直到新帝登基的前一天，楊漣、劉一燝、方從哲等內閣大臣站在乾清宮門外，迫促李選侍移出。朱由校的東宮伴讀太監王安在乾清宮內力驅，李選侍萬般無奈，懷抱所生八公主，倉促離開乾清宮，移居噦鸞宮。次日，熹宗正式即皇帝位。
梃擊案、紅丸案和移宮案一直是天啟朝爭論的問題。後來，太監魏忠賢擅權時，曾編《三朝要典》，推翻前案，借此陷害異己。崇禎帝即位後，鏟除魏忠賢，又將各案翻過來。但三案成為明末黨爭的口實，一直持續到南明。
黨同伐異
明末張居正改革被扼殺後，王朝的統治陷入更嚴重的危機之中。特別是神宗朱翊鈞親政後，沉溺於奢侈腐朽的生活中，吸食鴉片，不理朝政，甚至連祭祖都不願參加。大量奏疏長期積壓，政事無人處理，各部門職能懈怠，上下解體，整部國家機器陷入癱瘓的境地。政治的極度腐敗，表現為統治集團內部激烈的黨爭。黨爭始於“國本之爭”，在連續發生宮廷三大案的過程中，朝內大臣為了爭奪權力，各自形成宗派，黨同伐異，相互傾軋。其中，最初依附神宗鄭貴妃家族的大臣，他們代表腐朽、守舊的大官僚地主集團利益；與之相抗衡的另一股力量，多是一些有抱負的官吏和知識分子，他們以“為民請命”的姿態，反對當權者的胡作非為，尤其反對宦官專政，其中的代表人物有顧憲成、高攀龍等。
顧憲成（1550～1612），字叔時，世稱東林先生，無錫張涇橋人。顧憲成小時候家境十分清貧，他的父親顧學開了間豆腐作坊，但因家庭人口多，常常入不敷出，家中的房子破舊得無法遮擋風雨。但是，艱苦的生活環境反而激發了顧憲成發奮讀書的決心與進取的誌向。他6歲就進私熟讀書，聰明、刻苦，而且懷有遠大抱負。萬曆四年（1576），考中應天鄉試頭名；萬曆八年中進士，任吏部文選郎中，顧憲成帶著強烈的政治熱情踏上仕途，想為國為民做些有益的事。但在萬曆二十二年（1594），推選下任內閣大學士時，顧憲成秉公推薦了曾因諍諫冊立太子而遭神宗嫉恨的王家屏，觸怒了神宗，被革職削為平民返回故裏無錫。顧憲成孜孜國事，反而獲罪罷官，朝野許多人士為朝中失去這樣一位正直無私的官員扼腕歎息，也對顧憲成的品格十分欽佩，顧憲成的名望反而更高了。