康熙南巡的另一個目的，是為了查訪江南的吏治民情，籠絡團結漢族士大夫。江南是明朝的心腹之地，物產豐富，人才薈萃。而自清兵入關以後，在江南揚州、嘉定等地進行了血腥鎮壓，引起漢族士大夫的普遍抵觸情緒。為了改變這種狀況，康熙在南巡途中廣泛接見當地的名士聞人，屢加慰撫，這些都起到了籠絡人心，消除對立情緒的作用。在南巡中，康熙還通過耳聞目睹的了解，對吏治進行考察，發現了一批人才。
康熙在六次南巡中，勤於公事，不講排場，巡訪所需費用及供應物品，大多數出自內務府開銷。沿途所設行宮，也比較儉仆。盡管康熙帝的六次南巡不可能做到毫不擾民，在南京、杭州等地由李煦、曹寅安排的行宮也是相當豪華的，但與其前其後的各代皇帝相比，從他南巡的主要目的看，他的六次南巡還是應當作為正麵業績予以肯定。
雅克薩之戰
順治年間，中國軍民擊斃了沙俄侵略頭子斯捷潘諾夫，將沙俄侵略者趕出了黑龍江中下遊地區，但他們仍占據著黑龍江上遊的尼布楚城（今俄羅斯涅爾琴斯克）等待時機，策劃著新的侵略活動。康熙四年（1665年），俄軍重占雅克薩城，並建堡築寨，勒索財物，設置殖民農莊，奴役和鎮壓當地中國人民。康熙十五至二十一年（1676～1682年）沙俄又利用清廷全力鎮壓南方“三藩之亂”、無暇北顧之機，派出大量軍隊入侵黑龍江各支流，並調集大批槍炮、物資到尼布楚、雅克薩等地，加強侵略力量。對此，清朝政府多次提出交涉、抗議，警告他們必須停止對中國的侵略。沙俄侵略者不但置若罔聞，反而變本加厲，公然在中國領土上設立據點，強征貢賦，開采銀礦，燒殺搶掠。清政府忍無可忍，遂於“三藩之亂”平定之後，立即集中力量，準備武力驅逐沙俄侵略者。
事先，康熙帝總結了三十多年來與沙俄鬥爭的經驗，進行了周密、細致的準備工作。康熙二十二年（1683年）十月，清廷以薩布索為第一任黑龍江將軍，著手掃除俄軍在黑龍江中下遊設置的侵略據點。與此同時，當地各族人民也紛紛拿起武器，以各種形式打擊沙俄侵略軍。在各族人民的配合下，清軍相繼拔除了許多俄軍據點。至該年年底，除尼布楚、雅克薩等少數地區外，侵入黑龍江流域的沙俄侵略者基本被肅清。
在加緊軍事布署的同時，清政府始終未放棄謀求政治解決的努力，曾通過各種途徑表示，隻要沙俄停止侵略活動，清朝願與之保持和平。直到大兵進發雅克薩之前，康熙帝還寫信給沙皇，勸其迅速撤回雅克薩之兵，“互相貿易遣使，和睦相處”。但是，沙俄政府將清方的和平努力看成是軟弱可欺，不但不予接受，反而繼續擴大侵略。他們調整了侵略黑龍江地區的軍事指揮機構，任命熟悉當地情況且以驍勇著稱的弗拉索夫和托爾布津分別擔任尼布楚和雅克薩督軍，又增調援軍，貯存糧草，加固城防，還派普魯士軍官拜頓在托博爾斯克召募哥薩克來中國助戰。至此，清政府已別無選擇，隻有下決心以武力將侵略者趕出中國。