與此相呼應，則又有朱之瑜、陳確、傅山、唐甄等也紛紛撰書講學，終於開創了清始以來的一代新的學風，他們對封建製度、宋明理學的批判，尤其是對學以致用、經世之學的學風的倡導，對後代學術產生了重大影響，並留下大量豐富、厚實的學術成果。
清政府統一台灣
鄭成功及其子鄭經在收複台灣後，仍然用南明永曆年號，以明朝遺臣的身份繼續同清廷對抗。但是，清朝政府經過入關之後數十年的統治，已經完全鞏固了其地位，國內滿漢之間的民族矛盾也已趨於緩和，台灣鄭氏實際上成為阻礙國家走向統一的一股割據勢力。早在康熙初年，統一台灣的問題已經提到清朝統治者的議事日程上來，隻是由於掌握實際權力的鼇拜集團以為“海洋險遠，風濤莫測，馳驅製勝，計難萬全”，才被擱置下來。
“三藩”之亂爆發後，鄭經乘機率軍進攻福建等地，客觀上起了側應吳三桂叛軍的作用，增加了清軍平息叛亂的困難。直至康熙十九年（1680年）夏，鄭經軍連遭失敗，才再度退歸台灣。
康熙二十年（1681年）初，鄭經病逝於台灣，其子鄭克壤監國。鄭經的親信侍衛馮錫範等人為了爭奪權力，誘殺了鄭克壤，又奉鄭經年幼次子鄭克塽繼位。此後台灣地方大權落入馮錫範與劉國軒二人手中。鄭氏集團內部爭權奪利的鬥爭削弱了自己的力量，島上人心不穩。
這年六月，康熙帝在確知鄭經已死和台灣統治集團內亂的消息後，即諭令福建總督姚啟聖、巡撫吳興祚、提督諾邁、萬正色等人乘機進兵台灣、澎湖。但由於當時進軍準備尚不充分，水軍提督萬正色等人對進取台灣又存有疑義，這次軍事行動沒能立即實施。稍後由於內部長學士李光地的薦舉，康熙帝決定任用熟悉海上情況，並曾為鄭成功部將的施琅，於七月任命他為福建水師提督總兵官、加太子太保，率軍進攻台灣。
康熙二十一年（1682年）正月，施琅至福建上任，即於廈門調集軍隊，修整船隻，積極準備攻台。台灣方麵得知情況，也加強了防備，以劉國軒統兵六千人鎮守海上要衝澎湖。
康熙二十二年（1683年）六月，施琅率軍由銅山（今東山）出發，進軍澎湖。這時澎湖的劉國軒部已增兵至二萬，戰船二百餘艘，而且在岸上和外布列了大炮和炮船，防禦體係相當堅固。十六日，清軍發起進攻，劉國軒迎戰，雙方各有傷亡。施琅首戰不勝，隻得暫時退兵，集全軍船隊於八罩嶼。二十二日，施琅再次發動進攻，派總後官陳蟒、董義等分別率船攻打牛心灣、基隆嶼，作為偏師和疑兵，自己則率大船五十餘艘居中直衝娘媽宮。劉國軒親率船隊迎戰。雙方自辰時開戰，炮火交攻，極其激烈。至巳時，南風忽起，施琅命乘風放火，鄭軍於是大潰，戰船大量被擊沉焚毀，一些將士陣前投降，劉國軒僅率殘餘的31隻大小船隻自吼門逃走。澎湖36島於是全部剃發歸清。
澎湖的失陷引起台灣鄭氏當局的極大恐慌。七月二十七日，鄭克塽正式向清軍遞降表，台灣自此統一於清朝。
施琅在台灣也采取了安民措施。八月十三日，施琅率軍來到台灣，頒布《諭台灣安民告示》，提出“土地既入版圖，則人民皆屬赤子，保義撫綏，倍常加意”。又嚴束部隊，不許擾民。台灣全局於是安定如常。
在平定台灣鄭氏之後，清廷內部對於如何處置台灣這個島嶼發生過分歧。一部分人主張徹底放棄台灣，遷其人，棄其地，而以兵力駐防澎湖。施琅則力主堅守台灣。他的數次上疏陳述利害，建議留守台灣。
清廷最後做出決定，在台灣設置台灣府，隸屬福建省，康熙二十三年（1684年）春，清朝駐台灣的第一批文武官員全部就職。
康熙南巡
康熙帝即位後，經過二十餘年的勵精圖治，創下了重大業績，先後平定三藩之亂，擊敗沙俄侵略，收複台灣。國內形勢得到了穩定。於是從康熙二十三年（1684年）起，至康熙四十六年（1707年）六次下江南巡視，也成為他的重要業績之一。
自從宋代以來，黃河下遊河道從河南經江蘇北部入海，在淮陰附近與淮河運河彙合。明末清初，因戰事頻繁，黃河沒有治理，因此水災時有發生。順治至康熙初年，即決堤八十餘次。不僅淹沒宿遷以東的今江蘇淮安七州縣，而且危及南北運輸的命脈——運河，每年400萬漕糧的北運，常因黃河水患而受阻。因此，康熙深知治河的重要性，早在平定三藩之前，就列入國家亟須解決的三件要務，書於宮中柱上。康熙二十三年十月，他第一次南巡到山東泰山，再到宿遷，查訪了黃河北堤岸180裏。隨後到寶應、高郵一帶，再由揚州到京口，乘沙船西下，抵蘇州而回。在南京，康熙帝親自祭奠了明太祖陵墓，又赴高家堰檢查堤岸工程，最後經泗水回曲阜，拜謁孔林後，由德州返回。康熙二十八年（1689年）正月，康熙帝開始第二次南巡，於二月到達杭州，渡過錢塘江拜謁禹陵，三月由南京起程回北京。康熙三十八年（1699年）二月，康熙與皇太後一同舉行第三次南巡，他“親乘小舟，不避水險，各處周覽，”還登上堤岸，用水平儀測量地勢水位，命令河道總督於成龍繪出河圖。經過實地勘測，康熙帝認識到造成水患的原因，是“黃河逼近清口，黃水倒灌，以致淤墊。”於是洪澤湖的水位低於黃河，下遊山陽、高郵等七洲縣盡被淹沒。針對此弊，他提出要“深浚河身”，加高兩岸堤壩，使河水湍急，帶走泥沙入海。康熙四十二年（1703年），康熙帝第四次南巡中，又查看了高家堰、徐家灣、翟家壩等處堤岸工程。兩年後，康熙帝南巡到濟寧，看到黃河情況已與初次南巡泛濫橫行時大不一樣。初次所見，兩岸人煙樹木曆曆在目，船高地低十分明顯。二次南巡時，則隻見兩旁堤岸。至四次南巡中，船已低於河岸不少。顯然浚通河岸、加高堤壩已經收到了較大效果。此後，黃河水患得到了較好的控製。康熙帝的最後一次南巡是在康熙四十六年（1707年）正月，他檢查溜淮套後來到杭州，住至四月回京。他在諭旨中自稱：“朕廑念河防，屢行親閱，凡自昔河道之源流，治河之得失，按圖考績，靡不周知。”