較早開始這一新型研究的是桐城人（安徽）方以智，崇禎十四年（1641年）始，開始撰寫《通雅》和《物理小識》。前書廣泛記敘生活的各個方麵，廣泛涉獵天文、禮樂、律數、聲音、文字、書畫、醫藥等，以“備物致用，采獲省力”。後書解釋事物的所以然，提出寓“通幾”於“質測”的科學治學方法。順治十年（1654年）年，方以智北歸後居南京高座寺開始寫作《藥地炮莊》一書，是“以莊子之說為藥而己解為藥之炮”。在這些著作中，方以智尤為注重對自然現象的實證研究，並從中闡述他的哲學理解，認識到哲學與社會科學、自然科學之間的相通性，並始而注意吸收新傳入的西方科學成就。
衡陽人（湖南）王夫之在明亡之後先是在家鄉附近的“續夢庵”居住，讀書和注解《易經》，不久，投入抗清鬥爭，又因內部鬥爭而離去，流寓於零陵、常寧一帶的荒山之中。順治十二年（1655年）開始撰寫《周易外傳》、《老子衍》、《黃書》。《周易外傳》借論述《周易》研討哲理和抒發政治抱負，提出“天才惟器而已矣”，“據器而道存，離器而道毀”，“推故而別致其新”等命題，發展和總結了前人的知行觀與易學辯證法。順治十五年（1658年），顏元開始寫《存治編》，提出了“井田、封建、學校皆斟酌複之”的致學思想。
餘姚人（浙江）黃宗羲早期與兩個兄弟一起組織抗清“世忠營”，又在清兵占領浙東後率五百殘兵聚寨抵抗，敗後曾避居山中。順治十八年（1661年）完成《明夷待訪錄》一書，該書建立在他對家國之變的切膚感受基礎上，因而由感而發，大膽抨擊了封建君主專製及宦官、弄臣等，認為專製君主是“屠毒天下之肝腦，離散天下之女子，以博我一人之產業”，進而要求托古改製，希望設立一有“條具為治大法”的理想社會，主張授田於民，發展生產，君臣共治等。隨後又著成《汰存編》、《思舊錄》等書，並恢複了他老師劉宗周所創辦、中斷了二十多年的“證人書院”，開展講學活動，主張實用，反對空談，提倡功用。黃宗羲的講學一時轟動大江南北，以致形成了著名的浙東學派。
昆山人（江蘇）顧炎武也差不多於此同時致力於學術研究。顧炎武早年與歸莊等人一起參加抗清鬥爭，因“感四國之虞，恥經生之寡術”，他開始收集史書中有關地理沿革的記載，並參考各郡縣誌書和章奏文冊，進行實地造訪，結合當時社會經濟變化，開始撰寫《肇域誌》和《天下郡國利病書》。順治十九年（1662年），《天下郡國利病書》成，以實證的方法，將研究與國計民生結合一體，開辟了別具一格的治學方向。他撰寫了《日知錄》、《音學五書》等充分運用實證方法加以研究的著述，這兩本書所采用的治學方法曾給後來清代學風帶來了重大的影響。
清康熙四年（1665年），王夫之於隱居中寫成《讀四書大全說》，對宣揚理學的《四書大全》逐條進行批判，論證了“致知格物亦有行”的論題，駁斥理學家的“存天理，滅人欲”的觀點，強調“人欲之各得，即天理之大同”。
在這期間，黃宗羲仍致力於開辦證人書院，並於康熙七年（1668年）在今奉化舉辦了“講經會”，以擴大他的學術影響。為講學的需要，也為給自己的理論提供係統的依據，他係統查閱了宋元迄明末六七百年間的學術文獻。康熙十四年（1675年）編定了217卷的《明文集》。次年，又撰寫中國曆史上第一部係統的、大規模的學術史著作《明儒學案》，它第一次把一代思想家及主要代表作係統排比、分清流源、淵源，考訂著作的性質、年代，“不拘定局”地寫成首尾一貫、體例明晰、評說力求公允的學術思想史。黃宗羲的學術成就頓時震憾朝野，康熙十六年，學士葉方藹以詩諷黃宗羲出山輔政，黃婉言拒絕，並繼續從事學術研究，完成了諸如《明史案》（此書失）、《易學象數論》、《孟子師說》、《明文海》等書，自定編成《南雷文定》，寫做了《宋元學案》的一部分。
這時，清初的幾位大思想家有的進入暮年，有的已經謝世。王夫之雖年老身病，仍頑強投身學術研究。康熙十四年（1675年），他遷至“湘西草堂”之後，在石船山寫作《讀通鑒論》一書。康熙二十六年（1687年），書成。該書以司馬光主編的《資治通鑒》所載史料為背景，上自秦始皇，下止五代，涉及宋元明，對社會政治、經濟、軍事、文化、民族以及意識形態等方麵問題做了廣泛論述。批駁了“君權神授”的觀點，提出“理在勢中”、“勢相激而理隨以易”的思想，充分體現了清初學術的客觀曆史主義及批判論的精神。
此前，顏元因廣泛的遊曆，見學者“人人禪子，家家虛文”，發現程朱之禍“甚於揚、墨，烈於嬴秦”，專門撰成《存學編》、《存性編》，批判程朱陸王等空泛之學。接著所寫的《存人編》則肯定“情欲”是人的“真情至性”。康熙三十一年（1692年），顏元開始撰寫《四書正誤》和《朱子語類評》，兩書專門摘錄朱熹《四書章句集注》和《朱子語類》中的語言逐條加以批判，語辭甚為激烈、大膽，主張結合實際的作法和風氣。