雍正年間，清政府在西南大部地區廢止當地各少數民族中普遍實行的世襲土司製度，按內地製度重新建立行政區劃，委派有任期的“流官”進行直接治理，大大加強了中央政府對這些地區的控製，史稱“改土歸流”。
自元代以來，中央王朝一直在我國西南部雲南、貴州、廣西、四川、湖南等地苗、瑤、壯、白、彝、藏等少數民族聚居地區推行土司製度。土司製度是中央政府對這些地區在實現了軍事征服或政治征服之後，推行“羈縻”政策所產生的一種特殊統治製度，是與當地少數民族經濟落後，社會發展水平低下相適應的。根據不同地區的實際情況，土司製度又分為土司、土官兩種。土司是指由當地少數民族首領組成世襲的宣慰司、宣撫司、安撫司、鎮撫司、長官司等，雖然接受中央王朝封賜的官爵名號，但因其治區的土地和人民均歸其所有，故實際上屬於割據一方的地方政權。土官指按內地行政製度設立府、州、廳、縣等地方機構，委派當地少數民族首領、頭人等擔任土知府、土知州等等，往往也是具土官之名，行土司之實。隨著西南各少數民族地區社會經濟的不斷發展，與中原地區政治、經濟、文化各方麵聯係的日益加強，土司製度越來越成為當地生產發展和社會進步的阻礙，更不利於多民族國家的統一。因此，自明代開始，中央政府即在一些條件成熟的地區推行改土歸流政策，但規模很小，影響不大，未能造成整個西南少數民族地區行政製度的重大變化。一些土司轄地數百裏，擁兵以萬計，對治區人民殘酷壓榨，瘋狂掠奪，有些地區雖已實行了改土歸流，但由於土司製度根深蒂固，仍是“土目盤踞，文武官寓省城，膏腴四百裏無人敢墾”。
明末清初以來，中原地區與邊遠地方的聯係進一步密切，特別是大批漢族人民進入西南少數民族地區進行屯墾，帶去了先進的生產技術和生活方式，對當地落後的土司製度起了巨大的衝擊作用，使越來越多的人要求脫離土司製度的束縛。但由於清初中央政府忙於國家的統一和抵抗沙俄入侵，一時無暇顧及西南地區土司製度的改革，使土司製度得以沿襲下來。雍正年間，清廷統治力量大為增強，初步解決了北方的民族叛亂和沙俄入侵問題，立刻開始對西南少數民族地區進行大規模改土歸流。雍正四年（1726年），雲貴總督鄂爾泰上疏請求將原屬四川的東川、烏蒙、鎮雄三大土府就近劃歸雲南，實行改土歸流，隨即在雲南、貴州、四川、廣西、湖南等廣大地區普通推行。由清朝政府分別設置府、廳、州、縣等行政機構，派有任期、非世襲的流官進行治理，大大加強了中央政府對該地區的控製。在推行改土歸流過程中，主持其事的鄂爾泰等人針對各地的不同情況分別采取了和平招撫和武力鎮壓兩種手法。大致看來，廣西、四川、湖南等地多以招撫為主，而在雲南、貴州兩省，則曾大規模武力鎮壓。
貴州為苗族聚居地區，清王朝統治較為薄弱。雍正四年（1726年），清軍進攻廣順府長寨等地，鎮壓了當地苗民的反抗，強迫其剃發易服，並力行保甲，稽查戶口，又乘勝招撫了廣順、今惠水、鎮寧、今鎮寧、永豐、安順等地1000餘處苗寨。隨即，清軍進兵黔東苗嶺山脈和清江、都江流域苗疆，相繼占領古州（今榕江）、台拱（今台江）、清江（今劍河）、都江、丹江（今雷山）、八寨（今丹寨）等地，討伐了不肯降服的苗寨，設官管轄，駐兵鎮守，從而開辟了通向湖南、廣東的水陸交通。但是，由於清廷派駐當地的文武官員肆意欺壓苗民，敲榨勒索，引起廣大苗族人民的強烈不滿。雍正十三年（1735年），清江、台拱地區苗民奮起反抗清王朝的殘暴統治，攻陷凱裏、黃平州，震動了整個苗疆。清廷派刑部尚書張照率兵前往鎮壓。張照一向反對鄂爾泰等人推行的改土歸流政策，又不懂軍事，以致曠日持久，師勞無功。剛剛即位不久的乾隆帝下令罷免張照，改派以前平苗有功的張廣泗前往貴州負責苗疆事務。張廣泗分兵三路，對各地生、熟苗民進行大肆屠戮，焚毀苗寨1200餘處，擒斬苗民數萬人，鎮壓了當地苗民的反抗鬥爭，並在貴州各地強行改土歸流，加強了清王朝對該地區的統治。
雲南是土司勢力較強大的地區。一些頑固的土司、土官，為維護其傳統的世襲統治地位和種種特權，極力反對清政府的改土歸流政策，甚至不惜發動武裝叛亂。雍正八年（1730年），烏蒙（今雲南昭通）土司祿鼎坤利用當地彝民對鎮守烏蒙的清軍總兵劉起元貪汙暴戾、軍紀敗壞的不滿情緒，率其族人祿鼎新、祿萬福等發動叛亂，殺死劉起元，攻陷烏蒙，周圍東川（今雲南會澤）、鎮雄、威寧等地大小土司、土目紛紛響應。叛亂者襲殺塘兵，劫奪糧運，拆毀橋梁，阻斷要隘，給正在進行的改土歸流造成極大破壞。鄂爾泰調集清軍一萬餘人，分兵三路進行鎮壓：鄂爾泰親自督陣，經過激烈戰鬥，終於將叛亂鎮壓下去，保證了當地改土歸流的順利進行。在滇南，清廷革除了鎮沅、沾益州、赭樂、威遠、廣南等地的土司、土目，派同知劉洪度暫客鎮沅府事務。土目刀如珍不肯交出所占民田，煽動當地彝民殺死劉洪度，發動叛亂。清廷派兵鎮壓，將已革土司、土目全部徙往外省安置，然後進軍瀾滄江下遊，連破險隘，直抵孟養，除江外車裏等地土司依然保留外，其餘全部改流，升普洱為府，駐兵防守。