清王朝在西南少數民族地區普遍推行的改土歸流製度，限製和部隊消除了各地土司的割據勢力和特權，加強了中央政府對西南少數民族地區的控製，有利於當地的經濟發展和社會進步，密切了各族人民之間的經濟、文化交流，鞏固了多民族國家的統一。但是，由於清政府的民族壓迫和民族歧視政策，特別是在平定土司叛亂過程中對各地人民的殘酷屠戮，也給各少數民族人民帶來了巨大的災難。
軍機處的設立
清初承明朝舊製，“章疏票擬，主之內閣。軍國機要，主之議政處”。至雍正年間，因與準噶爾部作戰，往返戰報頻繁，而內閣距內廷過遠，不能親授機宜，為緊急處理西北軍務，始左隆宗門內設立“軍需房”，亦稱“軍機房”。挑選內閣中謹慎可靠的官員辦理機密事務。雍正七年（1729年），任命怡親王允祥，大學士蔣廷錫、張廷玉辦理事務。次年添設軍機章京。雍正十年（1732年）三月，設“辦理軍機處”，簡稱“軍機處”。
軍機處初設時所掌僅限軍事，其後事權逐漸擴大，總職掌為“掌軍國大政，以讚機務”，具體職權則既重要，又廣泛。其作為皇帝私人的工作班子，直接聽命於皇帝，“常日值禁廷以待召見”，擬定皇帝發布的諭旨，辦理皇帝交議的大政，審辦大獄案件，奏補文武官員，考查行軍之山川道裏與兵馬錢糧，查考大典禮舊案與考證曆史事件，等等。並兼管方略館和內翻書房。所謂“軍國大計，罔不總攬”。且在京各衙門，唯軍機處不在十五道稽察之內。故此，軍機處在清代國家機關中，雖居於內閣之下，其實權卻已超越內閣。軍機處的設立，實質在於分內閣之權，以利於皇帝集權獨裁，是為統治者加強君權的一種措施。
軍機處作為封建專製主義中央集權高度發展的產物，其特點為處理政務迅速而機密，但自身無獨立性。軍機處起草的諭旨，先下內閣，以次及於部院，層層下達者稱“明發”；不經內閣，由軍機處封緘嚴密，驛馬傳遞，直達督撫者為“廷寄”，其主要傳送重要機密事件，據緩急分為日行三、四、五、六百裏或八百裏。地方督撫的奏折亦直接送軍機處直達皇帝。“廷寄”製度的建立，使皇帝的意誌得以毫無阻礙直達地方，進一步加強了中央和地方的聯係。軍機處為辦理機務，承寫密旨之地，關防嚴密。軍機處雖然地位顯赫，但須絕對聽命附屬於皇帝，沒有絲毫獨立行動和決策的餘地。軍機處的組織形式也很特別，既無官署（僅有值房），又無專官（均為兼職），亦無屬吏，為非獨立、非正式的衙門。
軍機處職官有軍機大臣（俗稱“大軍機”，又稱“樞臣”）、軍機章京（俗稱“小軍機”，又稱“樞曹”），都是兼職。軍機大臣由皇帝從滿、漢大學士、尚書、侍郎、京堂（院、寺等衙門堂官）中特選，或由軍機章京升任，其權超越大學士。軍機章京初無定額，由軍機大臣在內閣中書及六部司員中傳取任用。隨軍機處事權的擴大，成為“天下政務之總彙”，清統治者為避免“君權旁落”，采取了一些限製方法，以掣其權。如軍機處印信收藏於“大內”，凡有應用印之官文書，須由值日章京親到內奏事太監處“請印”，用畢即行送還。
軍機處在其沿革中曾有反複。雍正十三年（1735年），弘曆帝即位，於當年十月廢軍機處，改設“總理事務處”。原辦理軍機事務的大臣，有的改“協辦總理事務”，有的回本任。乾隆二年（1737年）十一月，弘曆又諭令大學士鄂爾泰等仍辦理國機事務。軍機處停兩年後至此恢複，總理事務處廢除。嘉慶年間，軍機處更加鞏固，職權日益發展，以至修會典時，將其列為正式機關。直至光緒二十七年（1901年），另設督辦政務處，略分軍機處之職。到宣統三年（1911年）四月，改設責任內閣，執政一百八十餘年的軍機處始告廢止。
清王朝的中樞機構，由最初的議政大臣會議為最高中樞機構，到順治年間設立內閣，輔助皇帝處理政務，削弱王公貴族權力，再到康熙時設立南書房，作為皇帝處理政務的機要秘書班子擬寫諭旨，發布政令。壓抑閣權，直至雍正時期設立軍機處，掌握軍國大政。內閣宰輔，名存實無；以及雍正元年（1723年）將掌勘察官府公事的吏、戶、禮、兵、刑、工六科隸屬於中央監察機關都察院，取消六科奏事中負責封駁皇帝詔旨的職權，都察院六科給事中和十五道監察禦史（清末增至二十二道）合稱“科道”，分別負責對京內外官吏的監察和彈劾，使自唐朝以來封國家監察機關“台”、“涑”並列局麵合而為一，專製皇權不斷得到加強，將以皇權為核心的清代封建專製主義推上了曆史的最高峰。