光緒二十八年（1902年）一月七日，慈禧太後從西安返京籌辦“新政”。十日，派張百熙為京師大學堂管學大臣，命其修改辦學章程，擴大京師大學堂的規模。京師大學堂重新恢複。二月十三日，張百熙奏陳籌備情況：一、準備設預科，預科分政科和藝科兩門；設速成科，分仕學館、師範館。二、添建講舍，在原有一百四十餘間的基礎上添蓋一百二十餘間。購西城瓦窯地方土地一千三百畝蓋房。落成後除預備、速成兩科外，新奏旨送大學堂仕學館學習肄業的進士，附設醫學館的學生一並遷入。三、附設譯局，譯局由官書局籌辦。四、經費：由華俄銀行撥發百萬，大省每年撥二萬；中省一萬；小省五千。又決定任命吳汝綸為大學堂總教習，張鶴齡為副總教習，於式枚為總辦，李家駒、趙從蕃為副總辦。對以上提議慈禧太後加以批準。十月十四日，京師大學堂正式舉行招生考試。速成科學生考試科目有史論、輿地策、政治策、交涉策、算學策、物理策及外國文論七門。師範館由各省選送學生若幹，考試科目有：修身倫理大義、教育學大義、中外史學、中外地理學、算學、代數、物理化學、淺近英文、日文等。仕學館由各省推薦，不參加考試。結果共錄取學生92名。後來又擴招九十名。十二月十七日，京師大學堂正式開學。光緒二十九年（1903年）二月，又增設了進士館、譯學館及醫學實業館。畢業生分別授給貢生、舉人、進士頭銜。一個月之後北京掀起了拒俄運動，四月三十日，京師大學堂師範館、仕學館學生二百餘人鳴鍾上堂，發起聲討沙俄罪行大會，會後起草《京師大學堂師範、仕學兩館學生上管學大臣請代奏拒俄書》。當晚，部分學生退學參加了抗俄義勇軍。
光緒三十四年（1908年）六月，京師大學堂又增設滿蒙文學，七月，附設博物品實習科。次年，建立京師大學堂圖書館，清政府將熱河文津閣的四庫全書撥給京師大學堂圖書館。宣統二年（1910年）改設分科為經、法、文、格致、農、工、商七科。民國一年（1912年）五月三日，袁世凱批準京師大學堂改名為北京大學。
義和團運動
十八世紀末到十九世紀初，興起於長江以北各省的白蓮教大起義和白蓮教的支派天理教起義被清廷鎮壓後，白蓮教的各個支係繼續鬥爭，北方幾省相繼出現了八卦教、紅陽教、榮華教等組織，秘密從事反清鬥爭，其中八卦教影響最大。朝廷規定，傳習八卦教者要查拿緝捕，為首者處以死刑，於是八卦教徒便以傳習拳術來隱蔽自己。義和團運動便由此萌芽而來。
甲午戰爭期間，山東沿海民眾遭受日軍侵略之苦，戰爭結束後，日軍占領了威海衛。三年後，日軍撤離，此地又立即被英軍強占。不久，德國又占據了膠州灣，並強行把山東劃為它的勢力範圍。光緒二十四年（1898年），英國強行租借威海衛，隨之外國教會也隨之大批進入山東各地，修建大小教堂1100多座，傳教士和教徒發展到八萬多人。許多加入教會的地主豪紳，仰仗教會勢力，乘多年荒災之機，囤積居奇，抬高糧價，居眾苦不堪言，對之切齒痛恨，多次與教會發生衝突。
當年十月，山東冠義縣義和拳在閆書勤帶領下，聚眾數千人，樹起“助清滅洋”的旗幟，占領了梨園屯。第二年，平原縣義和拳組織和教會發生衝突，地方官吏派兵鎮壓，逮捕了數名義和拳成員，於是他們向荏平縣義和拳首領朱紅燈求救。朱紅燈率領幾百人的義和拳武裝成員趕到平原，與當地義和拳群眾會合，使官府十分恐慌。濟南知府帶兵在平原縣與恩縣交界的森羅殿與朱紅燈的隊伍發生爭鬥。此時，荏平、恩縣、長清、高唐等地義和拳紛紛響應，不久，東昌、武定、泰安、濟南等地的群眾也聞風而動。麵對義和拳運動的蓬勃興起，清朝官吏內大體出現兩種傾向，一種是主張立即用武力消滅，一種則主張安撫、收編。山東巡撫張汝梅上奏朝廷，要求采取安撫、收編政策，主張“化私會為公奉，改拳勇為民團”，把拳民編到諸鄉團之內。次年二月，毓賢繼任山東巡撫，出告示改“拳”為“團”，把參加義和拳的群眾稱之為“拳民”，允許他們設廠習拳，同時把武裝反抗教會的人稱為“匪徒”，緝拿懲處，借以安撫義和拳。由此一來，義和拳反倒取得半合法的地位，迅速發展起來，成為一個官方默許的公開團體，“義和團”的名稱從光緒二十四年（1898年）春開始逐漸地廣為流傳起來。