2.企業規模較小
企業規模是企業提升競爭力和產業轉型升級的基礎，隻有達到一定生產規模，企業才能承擔風險大、投資周期長的科技投入。蒼南縣在2009年出台了《蒼南縣八大產業轉型升級和培育發展行動方案》等扶持政策，引導企業走規模化、集團化道路。在政府和企業的共同努力下，蒼南縣企業“滿天星”的狀況有所改變，企業規模不斷壯大，生產進一步向規模企業集中。2002-2010年，全縣規模以上工業產值占全縣工業總產值的比重從2002年的25.3％提高到2010年的40.4％，8年間提高了15.1個百分點。但是蒼南總體企業規模仍然偏小，還沒有產值或銷售收入超50億元的領軍型企業。
3.產業自主創新能力較弱
多年來，蒼南縣深入實施科教興縣和人才強縣戰略，積極構建區域科技創新體係，2010年新認定高新技術企業17家，新增省、市、縣三級企業技術研發中心47家，通過了科技富民強縣專項行動計劃國家級試點縣驗收。創造出一批具有自主知識產權的新技術、新產品。但是，從整體而言，蒼南縣絕大多數企業仍是中小型企業，建立技術研發機構的企業大部分尚處於研究機構和生產經營職能剛分離、研發人員身份和生產線員工剛脫離的研發籌建期。技術人才特別是高級專業技術人才緊缺，企業仍處於消化和積奠技術實力階段，主要技術基本靠引進，產業自主創新能力偏弱。因此，不但影響到蒼南傳統產業的轉型升級和內源型經濟的發展，也造成對國內外中高端產業轉移缺乏承接能力。
4.資源環境的約束越來越明顯
蒼南以傳統製造業為主體，高技術產業和新興產業發展緩慢，產品以低技術、低附加值為主，屬於粗放型和內源型的經濟增長方式。在各種要素的製約下，工業經濟總體沿襲以數量擴張為主的高投入、高消耗、高排放的傳統增長方式，資源綜合利用效率不高。從近10年統計情況看，蒼南縣GDP增長了2.5倍，工業用電量增長3.7倍。導致土地、電力、煤炭等要素製約十分突出，自然資源短缺與資源粗放利用的矛盾加大。現在蒼南不少地方的印染、廢塑料、電鍍、小造紙等行業的汙染問題都很突出，環境汙染問題已經非常嚴重，很多地方環境已經沒有容量，經濟發展成本大幅度提高。此外，隨著近年來勞動用工的緊缺和員工工資的不斷上升，傳統勞動密集型企業成本壓力不斷增大。蒼南如果不加快產業轉型升級，在資源環境的雙重約束下，可能出現發展後勁不足的問題。
三、蒼南產業轉型升級的路徑選擇
1.積極對接長三角、融入海西經濟區，推進產業融合發展充分發揮蒼南的區位優勢，實行全方位、多層次、寬領域的對外開放，把對接長三角、融入海西經濟區，作為優化產業布局的主攻方向，構築蒼南-台灣-福建-長三角的區域一體化發展戰略，承接台灣產業轉移，當好產業梯度轉移的“接力棒”，構築海峽兩岸產業合作與交流的基地。同時，還要主動承接溫州、福建產業、技術、資金轉移，接受其經濟輻射，加強項目和產業協作，主動參與長三角、海西經濟區的經濟分工協作，形成與長三角、海西經濟區聯動發展的優勢產業體係，由地理位置的無縫對接轉變為產業上的無縫對接。
2.利用先進技術改造提升優勢傳統產業
目前蒼南傳統產業有相當大的基礎，在整個國民經濟中比重很大，要積極運用高新技術和先進適用技術改造傳統產業，加快產業升級步伐，重點要扶持一些高新技術企業的發展和壯大，形成一批積聚效應強、輻射力強、技術創新能力強、經濟規模大、效益好的高新技術企業。要加快運用高新技術和先進適用技術改造提升印刷、紡織、塑編、食品加工、造紙、礦山井巷等傳統產業，提高傳統產業的技術含量、附加值和競爭力。鼓勵高新技術企業和傳統產業企業實施縱向的組合和聯合。要堅決淘汰落後技術、落後設備、落後產品，堅決壓縮傳統產業多餘的生產能力。