幾年來各地的試點取得了初步成效：一是保障了職工的基本醫療，二是抑製了醫療費用的過快增長，三是促進了醫療機構改革。1997年夏天以來，中共中央、國務院領導多次指示，要在認真總結各地試點工作的基礎上，對進一步指導全國的職工醫療保險製度改革提出明確的意見。1998年3月，新任國務院總理朱鎔基將醫療製度改革列為新一屆政府"五項改革"之一，並承諾有關改革的方案將在1998年下半年出台，來保證人民群眾的基本福利。
國務院職工醫療保障製度改革領導小組組織有關部委，在認真總結試點經驗和深入調查研究的基礎上，提出了職工醫療保險製度改革的目標、原則和主要政策。國務院決定，職工醫療保險製度改革的目標，是從建立社會主義市場經濟體製的大局和當前深化國有企業改革的工作重點出發，從1998年開始，用三到五年的時間，在我國初步建立起城鎮職工基本醫療保險製度，實行社會統籌與個人帳戶相結合，覆蓋城鎮全體勞動者，並逐步形成包括基本醫療保險、企業補充醫療保險和商業醫療保險等多種形式的醫療保險體係。按計劃，1999年各省20％的城市率先開展職工醫療保險製度改革，2000年達到50％，2001年達到80％，2003年在全國絕大多數地區普遍建立起職工基本醫療保險製度。
11月26日至27日，全國城鎮職工醫療保險製度改革工作會議在北京召開。會議提出，進行職工醫療保險製度改革，是大勢所趨，勢在必行，各地在推進這項改革時必須著眼於製度創新和機製轉換，促進醫療保險服務和管理的社會化、製度化。為此，需要把握好幾個重點問題：
一是堅持"低水平、廣覆蓋"，保障職工基本醫療需求。"低水平"是指建立城鎮職工基本醫療保險製度，隻能從我國處於社會主義初級階段的國情出發，根據國家、企業和個人的實際承受能力，確定合理的基本醫療保險水平，同時要合理確定基本醫療保險的用藥目錄、診療項目的範圍和標準。"廣覆蓋"指的是城鎮所有用人單位及其職工都要參加基本醫療保險。
二是實行基本醫療保險費由單位和個人共同負擔，形成新的籌資機製，使得基本醫療保險基金來源更為穩定，職工醫療更有保障，也有利於增強職工的自我保障責任和節約費用意識。
三是建立社會統籌與個人帳戶相結合的基本醫療保險製度，明確統籌基金和個人帳戶各自的支付範圍，並要分別核算，不能相互擠占。個人帳戶主要支付小額醫療費用或門診醫療費用，統籌基金主要支付大額醫療費用或住院醫療費用，同時還必須明確統籌基金的超付標準和最高支付限額。超過最高支付限額的醫療費用，可以通過商業醫療保險等途徑解決，以保證統籌基金的收支平衡。
四是合理確定基本醫療保險統籌範圍，加強基金管理。基本醫療保險基金由社會保險經辦機構負責籌集、管理和支付，並要建立健全預決算製度、財務會計製度和內部審計製度。要加強醫療保險基金支出管理，嚴格按照統籌基金和個人帳戶的支付範圍，量人為出，以收定支。基本醫療保險基金要納入財政專戶，實行收支兩條線管理，做到專款專用。
五是要加快醫藥衛生體製改革，降低醫療成本，提高醫療服務質量和水平。
會議提出，在積極推進職工醫療保險製度改革的同時，必須加快醫藥衛生體製改革步伐。重點抓好以下工作：一是實行醫藥分開核算、分別管理的製度，打破醫藥不分的壟斷體製，建立藥品流通的競爭機製，合理控製醫藥費水平。二是深化醫療機構改革，主管醫療保險的部門在指定醫療機構時應引進競爭機製，促使醫院加強管理，減員增效，降低成本，提高醫療質量和效率。三是理順醫療服務價格，體現醫務技術勞務價值。四是提高醫療人員的素質，努力提高醫療服務質量。五是合理調整醫療機構布局，優化醫療衛生資源配置，發展社區醫療防疫衛生服務。
中共中央政治局委員、國務院副總理吳邦國在會上講話指出，在改革中要注意妥善解決好有關人員的醫療待遇問題。離休人員、老紅軍和二等乙級以上革命傷殘軍人的醫療待遇不變。退休人員參加基本醫療保險，個人不繳納基本醫療保險費，並在個人負擔的醫療費用方麵給予適當照顧。國家公務員在參加基本醫療保險的基礎上享受醫療補助政策。國有企業下崗職工的基本醫療保險費，由再就業服務中心按規定代職工繳納。