立誰做接班人，表麵上看是皇帝的家事，但皇帝的家事就是國事，在古人看來，太子是天下之本，因此，曆史上的“爭國本”延續了十五年，雙方互不相讓。明神宗想以拖待變，但大臣就是不妥協，以至於事情越鬧越大，朝野皆知。最後，社會輿論占了上風，以神宗的妥協而告終。
神宗貴為天子，卻不能按照自己的意誌行事，這讓他對大臣非常惱火，從對張居正不滿以來產生的逆反心理進一步加劇。作為報複，他對國家事務采取不聞不問的態度，不上早朝，不批答奏章，不主持祭祀儀式，不出席講筵，不任命官員。最終，立太子導致君臣間產生巨大隔閡，形成雙輸的局麵。
事實上，明朝時代，封建社會已經走下坡路。明朝中後期，社會風氣腐化，朝中大臣黨派之爭非常厲害。從上到下，為己的私心都非常重，作為君王和大臣也不例外。
神宗雖不理朝政，但他卻把“國”和“家”分得很清楚，在他看來，“國”是大臣在治理，既然大臣不“聽話”，他就不管，好壞與他無幹，任由國勢腐敗，而“家”卻是他自己的小“內廷”，這個小“家”必須寬裕，讓他能夠任意揮霍。因此，神宗可以三十年不理朝政，但對搜刮民財卻非常熱衷。他派遣宦官為礦監稅使，使百姓怨聲載道，造成民變頻繁。邊境形勢也日益險惡。
神宗出於報複心態，不理朝政，不委任大臣，出現權力真空；而從中央到地方的各級官吏，為了自己的利益，結成利益集團，相互爭鬥不休，這就是萬曆朝後期的官場大勢。
官僚隊伍中黨派林立，門戶之爭日盛一日，互相傾軋。東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨，名目眾多。整個政府陷於半癱瘓狀態。這種現象，居於高位的明神宗並不是不知道，這既是他厭惡的，也是他所希望的。
大臣相互為私利而爭鬥，使明神宗對大臣更加厭惡，更加不理朝政；而大臣結黨互鬥，誰也不能吃掉對手，左右全局，這使居於權力中樞的神宗即便不理朝政，也能安然無恙、獨掌大權，使他不受到威脅，這又是他所希望的。
這種方式，雖然看似高明，但從博弈的角度來說，其實就是一種雙輸的非合作性博弈，明末的君臣博弈，如果在上的君王和在下的臣子都能為國，必然可以實現萬曆初年和張居正一樣的合作性博弈。但在上的神宗心態變異，總是偏私於自己，斂財無度，大肆揮霍；對大臣也無法公正平衡，而是始終處於一種矛盾心態，既希望大臣一心為國，又希望大臣相互傾軋，從而維護自己的統治。這不僅使他自己無心過問國事，而且使少數想有作為的大臣也是有心無力，為己是明朝官僚隊伍的主流，大明的君臣形成一種雙輸的博弈。
這種微妙的君臣之間、臣屬間的相互關係，就好像兩群冬烘先生打架，打到明朝亡了，便一起拉倒。這樣的惡果，未嚐不是由神宗的荒怠朝政開始造成的。
1620年，明神宗走完了他矛盾的一生，在他繼位後的前十年奮發圖強，使明王朝的經濟得到了空前的繁榮；中間十年由勤變懶，最後近三十年萬事不理。但卻始終魁柄獨持，這不能不說他在權術上、博弈策略上是個高手。但他變態的心理，加上貪戀酒色財氣，他對自己、對國家都沒有一種公正的心態，所以非但未能使明朝中興，相反卻把明朝推向絕境。《明史》對於明神宗的蓋棺論定是這樣表述的：“論者謂：明之亡，實亡於神宗。”