自晉湣帝司馬鄴被漢主劉聰圍困長安起，司馬鄴雖然又進封司馬睿為丞相，並多次乞師救援，但始終未能盼到江南發來的一兵一卒。
公元316年11月，晉湣帝司馬鄴在漢軍的重圍之下，內外斷絕，兵疲糧竭，被迫出降。長安不守，漢將虜湣帝北去的消息傳至建康，司馬睿如果再沒有表示，則無法向世人交待。於是，他裝模作樣地帶領將士露宿野營，向四方發布檄文，聲稱要立即北伐救回湣帝。然而數天之後仍不見有真正的軍事行動。為了收場，給自己解脫塞責，司馬睿給丞相府的督運令淳於伯栽上“漕運稽期”的罪名，將其斬首。一時間，百姓嘩然，怨聲載道，連司馬睿的心腹劉隗也出麵為淳於伯鳴不平，要求懲辦與此事有關的周莛、劉胤等人。事已至此，幕後主謀王導被迫出麵承擔責任，請求免職。司馬睿終於承認，冤殺淳於伯是他的過失，但又表示對此案有牽連的人不再追究。
內修政務，蓄意發展
東晉時期，中國處於分裂狀態。北方硝煙彌漫，戰事不斷，而南方相對安定，以致北方大批人口陸續南流。對於這些人口，晉元帝都設法予以了安置，分房授田。南遷的北方人都帶來農具、種籽，到南方又有田可耕，就迅速開始了高水平的農業生產。北方人又把先進的生產技術教給南方人民，提高了整個農業生產水平，相處也比較融洽。
公元318年，司馬睿為了發展生產而整飭吏治。他下詔說：“二千石今長當祗奉舊憲，正身明法，抑齊豪強，存恤孤獨，隱實人口，功課農桑。州牧刺史當互相檢查，不得顧私虧公。長吏有誌在奉公而不見進用者，有貪婪穢濁而以財勢自安者，若有不舉，當受放縱蔽善之罪，有而不知，當受暗塞之責。”這個要求是比較明確和嚴格的。這年，司馬睿在徐、揚二州的肥沃土地上，大力提倡種麥。他還規定軍隊除少數擔任守備任務外，都要參加生產，土地包片，成為解決軍糧的生產基地。司馬睿選用有才幹的官員負責組織流民屯田，壽春縣一帶開荒治土，廣種莊稼，糧食豐收，使荒蕪的土地變成溝渠縱橫、人煙稠密的富庶地區。
江南的肥沃土地多為世族大姓所霸占，他們把山林、河流據為己有，致使農民不能上山砍柴和下河捕魚，常常造成事端。司馬睿在東晉王朝建立前就下過令，弛山澤之禁，準許群眾砍柴捕魚。當了皇帝後，為了緩和矛盾，對豪強地主給予一定的限製，他要求大家接受西晉亡國的教訓，減輕一些人民的負擔，使農民得到一點好處。
為了維護和鞏固政權，司馬睿鑒於西晉時“公卿世族，豪侈相高，政教淩遲，不遵法度”，以至喪亂的教訓，提倡節儉，並身體力行。在帑藏空虛的情況下，他帶頭穿起粗絲織品的單衣，士人競相仿效。他的弟弟打算為母親建築豪華住宅，他便含淚說服勸阻，這比西晉時石崇與王愷鬥富、競相揮金如土，或何曾一餐花一萬錢、何劭一餐花兩萬錢等窮奢極欲的情況，自然要好得多。司馬睿害怕聽不到下麵的呼聲，便在宮外設置了諫鼓、榜木，即或咒罵皇帝的話，都可以寫在榜木上。舉凡關係朝廷得失的奏本，他都一一過目處理。他還修建了一座聽頌觀，他常到觀裏辦公，聽取和處理大案要案。
這些比較開明的政治經濟措施，推動了生產的發展，安定了社會，人民得到了一些實惠，一時出現了政治清明和經濟繁榮的景象。
北定中原，意求統一