推行仁政，彌補裂痕
東晉初，北方人口南遷，而自北方來的世家大族們有了政治上的優勢後，自然索求經濟利益，良田、美宅是他們必不可少的追求目標。但江南傳統富庶地區早就“名花有主”，當地土著大地主們數代經營膏壤良田，怎肯輕易讓給這些踉蹌從北方跑來的高級難民？因此，南北士族之間的裂痕日益增大。
為了取得南北士族的支持，東晉朝廷對他們采取了寬仁政策。僑置州郡就是其中重要的一項，即在南方設置已非東晉控製的北方州郡政府，也就是流亡地方政府。如僑置南兗州、南徐州於京口，僑置南豫州於蕪湖。此外，還先後僑置司、青、冀、幽、並等州，僑置的郡縣就更多了。僑置眾多的各級地方政府機構，一方麵可以為“亡官失守”的北方士族開辟廣闊的仕途，以便他們居高官，領厚祿；另一方麵，他們也可以在這些地方廣占田地，發展封建莊園經濟，奴役南渡的北方百姓。如王、謝等著名士族，在會稽一帶就占有廣大的莊園。僑置州郡的地方一般還未充分開發，江南士族勢力相對薄弱，北方士族在這些地方求田問舍，和他們的利害衝突相對少些。東晉朝廷以此緩和彼此的矛盾，使東晉政權的內部鬥爭在一定程度上得以冷卻下來。
王敦·《蠟節帖》
吳興大族周玘在“三定江南”時被封為吳興太守，但是周氏宗族的強大武力已引起司馬睿的猜忌和恐懼。所以盡管周玘治理吳興頗有成效，卻一直得不到司馬睿的信任。同時，周玘還要承受著司馬睿心腹刁協等人輕視的壓力，這就使得他羞憤萬端，決意反抗。周玘聯合東萊大族王恢，企圖發動兵變把北方的大族趕下台，由南士取而代之。密謀不慎暴露，周玘將逃到他那裏的王恢殺掉滅口。司馬睿知道後不動聲色，下令征調周玘入建康任鎮東司馬，行至中途，又改授建武將軍、南郡太守。當周玘南行到達蕪湖時，司馬睿複命他返回建康，改任軍谘祭酒。周玘終於明白司馬睿是在故意戲弄他，憂憤而死。臨死前，他對兒子周勰講，殺死他的是掌權的北方人，並要求周勰為他報仇。
周勰不忘父誌，於公元315年，他利用吳人對司馬睿政權的不滿情緒，與徐馥通謀，以討王導、刁協為名起兵。他到處收集兵力，當地土著豪強聞訊翕然響應，孫吳的末代皇帝孫皓的族人孫弼，也起兵響應。次年正月，徐馥殺死吳興太守袁琇開始行動，周劄之子周績隨即聚眾響應徐馥。徐馥欲奉周劄為主，但遭拒絕。由於叔父反對，周勰未敢貿然動作。司馬睿聞變，準備發兵進討。王導反對用兵。他說，多發兵容易給建康造成空虛，少發兵則不易平亂，不如利用周氏家族內部矛盾，派周劄的侄子周莛去處理。周莛到達義興後，設計將從弟周績殺死，並迅速平定了事變。攝於周氏宗族在江南地區的門望和武力，司馬睿既沒有懲辦周勰，也沒有深究此事。為安撫吳人，他改任周劄為吳興太守，並提升了周莚的官職。
公元315年，杜弢所領導的流民起義軍終於被司馬睿的荊州刺史陶侃打敗。兩年前，原荊州刺史周豈頁被杜弢圍在潯水，靠時任武昌太守的陶侃的救援，才僥幸脫險。司馬睿調回周豈頁，改任陶侃主管荊州。陶侃經過與杜弢的數十次激戰之後，才逐漸占據上風。流民軍由於傷亡過重，力量不支。杜弢被迫向司馬睿請降，但遭拒絕。他複寫信給南平太守應詹乞降。在應詹的建議之下，司馬睿同意受降。但陶侃等人仍不肯停止對杜弢的攻擊，杜弢隻得再反。陶侃乘勢將其擊潰，杜弢敗死於道。不久，湘州也落入陶侃之手。
陶侃的成功，引起了王敦的嫉妒。王敦自擊滅華軼後，一直坐鎮江州，主管西線的軍事。由於部屬陶侃平定荊湘地區流民起義有功，司馬睿封王敦為鎮東大將軍、加封都督江揚荊湘交廣六州諸軍事、江州刺史之職。王敦開始自行選置刺史以下的官吏，日益驕橫跋扈。他乘陶侃在返回荊州的治所江陵之機，將陶侃扣留。王敦改任陶侃為廣州刺史，另派其從弟王虞去荊州出任刺史。但是荊州的將吏拒不接受王虞，而要求陶侃返回。王敦欲殺死陶侃，但顧慮與陶侃有姻親關係的豫章太守周訪幹涉，故終未動手。陶侃被迫赴廣州。到任後，他再一次顯示出自己的政治才能，使那裏長期動亂的局麵迅速得到安定，切實鞏固了江東政權對這一地區的控製。