康熙深知鼇拜黨羽眾多，勢力很大，因此先穩住殺機畢露的鼇拜，而不輕舉妄動。天下大事，慮之貴詳，他在暗中加緊了除掉這個權奸的籌劃。由於原來的侍衛大多受鼇拜影響，不甚可靠，康熙從各王府中挑選了上百名親王子弟做他的侍衛，組成善撲營，整天讓他們摔跤弄拳，不出一年，這些少年便個個練得武藝高強。鼇拜聽說此事，以為皇帝年少貪玩，並未放在心上。加之康熙又封鼇拜為一等公，鼇拜更覺得平安無事了。他哪裏想到，重新回到宮中擔任一等侍衛的索額圖就是衝著他來的。索額圖是索尼的兒子、康熙的叔丈人，他同康熙以下棋為名，製定了擒拿鼇拜的具體方案。為了保證行動萬無一失，康熙事前把鼇拜的黨羽先後差遣出京。他又召集善撲營成員進行動員。康熙問大家：“你們懼怕皇上還是鼇拜？”侍衛們齊聲答道：“獨畏皇上！”這一天，康熙召鼇拜單獨進宮議事，鼇拜像往常一樣大搖大擺地走進宮內，隻見康熙端坐中間，兩旁是威風凜凜的少年侍衛。鼇拜見勢不妙，還想故伎重演，大發淫威，不料康熙一聲令下，少年侍衛們一擁而上，七手八腳便拿下了鼇拜。這個橫行數年、權傾朝野的權奸頓時成了階下之囚。康親王傑書奉康熙的命令審訊了鼇拜。不久，便公布了鼇拜結黨專政的30條罪狀。最後念其當年搭救清太宗皇太極有功，赦免了他的死罪，讓他在監禁中度完了餘生。康熙還依據罪行輕重懲處了鼇拜的黨羽，罪大惡極的濟世等人被處死，其餘的被革職降級。與此同時，受鼇拜誣陷的蘇納海等人得到了昭雪。蘇克薩哈的後人承襲了他的爵位和世職。康熙對各級官員大規模進行了調換，並下達了《聖諭十六條》，意在刷新朝政，徹底清除鼇拜的惡劣影響。
年僅16歲的康熙在戰勝鼇拜集團的鬥爭中，顯示出驚人的魄力和才智。從此，他便將朝政大權牢牢掌握在自己手中，開始充分施展自己的政治才能。
好學不倦
康熙愛好讀書，據他自己說，他自5歲開始讀書，至老不倦。他讀書涉獵的範圍很廣，從中國的四書五經、詞章、曆算等傳統文化到西方的天文、地理、醫學、幾何等自然科學知識，無不進行研讀。而他特別留意研究的是儒家經典。
康熙八年（1669），年僅16歲的康熙便到太學祭奠孔子，研講《周易》、《尚書》。次年，他下諭禮部為他舉辦專門講習四書五經的“經筵”，開始了對儒家經典係統的研究。無論嚴冬酷暑，他都堅持經筵的學習。在三藩戰爭打得最激烈的時候，他仍然命令“每日進講如常”。康熙學習儒家學說這樣孜孜不倦，因為他深知馬上得天下的滿洲貴族，不可能再在馬上治理天下，不鑽研傳統的儒家思想，通曉“帝王之學”，便不能有效地治理天下。抱著這種學以致用的態度，他要求講官不要搞一些溢美稱頌之辭，要抓住經典的要旨加以闡發，以利實用。對程朱理學，康熙特別津津樂道，大加推崇。康熙五十一年（1712），他將朱熹的靈牌供進孔廟，讓其加入“十哲”之列。他把理學作為製定政策、駕馭群臣、教喻百姓的理論基礎，重用了一批理學名儒，儼然以當時的理學領袖自居。在他的支持下，理學家李光地編成了《朱子全書》和《性理精義》，鼓吹程朱“存天理去人欲”和“忠孝節悌”的一套學說，很得康熙的賞識。康熙曾說：“知光地者莫若朕，知朕者莫若光地。”他們的這種相互了解顯然是建立在儒家學說基礎上的。
畫麵有桃枝、紅蝠、鬆枝、珊瑚等象征福壽的吉祥物。
除了係統研究儒家學說，康熙對傳統的中國文化也有很深的造詣。他能詩善文，寫得一手好字，曆史知識也很豐富。他的舅父佟國綱出征噶爾丹時戰死，撰寫祭文的翰林院學士用典不當，負責審查的翰林院掌院學士張英也未發現。這個失誤卻被康熙發現了，結果兩人都受到了重重的責罰。康熙博聞強記，善於運用所學的知識處理政務。一次他批閱一件案子，案卷中原判罪為哄騙受害人吃藥，致使受害人昏迷喉啞，判處絞刑。對《本草綱目》頗有研究的康熙當口批示，被害人食用半夏和雞子造成昏迷喉啞的說法實屬荒謬，應該據實改判。類似的例子在康熙一生中比比皆是。
對西方先進的科學技術，康熙從少年時代起就虛心進行學習。他曾經親自述說自己學習西方曆算的起因。事情起於湯若望與楊光先的爭執。湯若望是在順治朝就很受尊崇的耶穌會傳教士，他知識淵博，精通天文曆法，被任命為欽天監監正官，成了第一個擔任這個職務的洋人。鼇拜專權時，楊光先告發湯若望的新曆法不準，用妖言邪說惑眾，是大清朝的隱患。他還偏激地說：“寧可使中國沒有好曆法，也不容許中國有西洋人！”楊光先狹隘的排外心理和守舊思想，正合鼇拜的心意。於是，湯若望等人受到審訊，一些欽天監官員還遭到枉殺。康熙親政後，便為湯若望翻了案。此時，湯若望已經去世，已擔任欽天監監正的楊光先就新舊曆法的優劣，仍在同湯若望的助手南懷仁爭執不休，互相參劾。康熙決定實地試驗，一決勝負。康熙七年（1668）的一天，午門外聚集了不少王公大臣，他們都是來觀看兩人的現場試驗的。按照南懷仁的要求，康熙將日晷賜給楊光先和南懷仁，讓他們分別預測出第二天正午日晷的投影應處的位置，經過測算，南懷仁預測的投影位置與實際完全吻合，身為監正官的楊光先卻一無所措，又講不出令人信服的理由。於是，康熙罷免了不學無術的楊光先，起用南懷仁為欽天監監副，並重新頒行了西洋曆法。少年康熙對這件事深有感觸。他想，自己對西洋的學問渾然不知，又怎麼能明察是非呢？從此，康熙開始了對數學、天文學、音樂等學科的學習，專門任用了一些傳教士做他的老師。