為了進一步獨攬大權，康熙五年（1666），鼇拜借鑲黃旗與正白旗調換土地之事發難，攪得朝野不安。事情的起因是這樣的：早在順治初年，睿親王多爾袞就把鑲黃旗應占的土地撥給了自己的正白旗，又將他處較差的土地調給鑲黃旗，激起了鑲黃旗旗民的義憤。但歲月的流逝逐漸抹平了換地帶來的裂痕，兩旗的旗民俱已在各自的土地上安居樂業，也無意再調換了。事隔20多年，身為鑲黃旗人的鼇拜又舊事重提，執意更換土地，想借機擴大本旗的地盤並向外圈地，換取兩黃旗臣民的支持，同時打擊正白旗的蘇克薩哈。他一箭雙雕的計謀果然得逞。索尼曆來不幫蘇克薩哈說話，遏必隆也不發表異議，這樣四大臣中倒有三人同意圈換土地，兩黃旗大臣也紛紛支持。鼇拜又鼓動各旗上書，以土地不堪使用為名請求更換，向太後和幼帝施加壓力。
消息傳出後，旗民等待調地，漢族百姓懼怕土地被圈，一時人心惶惶，無心耕種，田野一片荒蕪。被派去調圈土地的戶部尚書蘇納海、總督朱昌祚和巡撫王登聯等官員先後上書，強烈要求停止調圈土地。接到奏折，康熙立即召集四大臣麵議。鼇拜見蘇納海等人竟敢對抗他的旨意，力主以藐視聖旨、阻撓國事的罪名逮捕蘇納海三人，並處以死刑。索尼和遏必隆又一次助紂為虐，而蘇克薩哈一言不發。鼇拜轉恨於蘇克薩哈，恨不得一下子將其置之死地。盡管鼇拜的誣告在輔臣中占了上風，但康熙始終不同意重處蘇納海等人。然而，鼇拜欺皇上年幼，仗著輔臣中三對一的優勢，竟矯旨將蘇納海等人處以絞刑，還籍沒了他們的家產，反對調圈土地的其他大臣，有的被降職，有的被治罪，無一幸免。
鼇拜矯旨殺害蘇納海等人，對康熙的震動很大，使他對鼇拜有了戒備之心，並下了盡快親政的決心。康熙六年（1667）六月，內弘文院侍讀熊賜履上奏指出，不整頓國家積重難返之事，都急功近利，一味變更以便其私，其實已埋下無窮的禍根。鼇拜作賊心虛，請求皇帝以熊賜履妄言治罪。康熙回答：“他自陳國家事，與你何幹？”駁得鼇拜無言以對。群臣聞知，暗暗稱快。
這一年，在朝廷大臣要求皇帝親政的呼聲中，索尼等人上奏說：“世祖章皇帝於14歲親政，如今主上年齡功德與先皇相同，對天下事務應付裕如，懇請親政。”康熙得到祖母太皇太後的允許，遂於康熙六年七月初七舉行親政大典。康熙親政前，索尼已去世，鼇拜的野心進一步膨脹，想越過蘇克薩哈和遏必隆，占據索尼的位置，進而成為宰相。於是，他拉攏蘇克薩哈同他一起幹預朝政，蘇克薩哈予以拒絕。舊恨新仇使鼇拜立意除掉蘇克薩哈。蘇克薩哈自知鬥不過鼇拜一夥，為了免除殺身之禍，急流勇退，上書請求去守候先帝陵寢。康熙不理解蘇克薩哈的行動，一麵派人去詢問原因，一麵請議政王大臣會議議處。鼇拜怕蘇克薩哈的要求一旦獲準，自己也要效仿他交出輔政大權，便給蘇克薩哈羅織了不欲歸政等24條罪狀，必欲處以極刑。議政王大臣會議在鼇拜的操縱下，奏請將蘇克薩哈淩遲處死。收到奏章，康熙十分震驚。他認為蘇克薩哈是前朝重臣，又勤勤懇懇輔佐七載，理應酬報，又何罪之有？便當即召見議政王傑書和鼇拜、遏必隆等人，指出複奏有誤。鼇拜先發製人，強詞奪理地說：“我同蘇克薩哈本來沒有什麼怨仇，隻是因為他欺君罔上，才秉公而斷，要對他重重治罪。不然，再有人學他的樣子就不好辦了。”康熙卻說：“欺君罔上的人眼下不是沒有，蘇克薩哈還是守規矩的。”康熙不允鼇拜所請，鼇拜惱羞成怒，嗔目揮臂，連日在金殿上強奏，他的黨羽們也亦步亦趨，為虎作倀，終於威逼年少的康熙下了絞死蘇克薩哈的命令。康熙對鼇拜已經忍無可忍了。
然而，鼇拜更加肆無忌憚地結黨專權。在他的唆使下，大學士班布爾善竟敢在康熙下諭旨時忿然而出，公然抗旨妄行。他們的胡作非為遭到了康熙越來越堅決的抵製。一次康熙臨朝聽政，和輔臣共聽讀本，鼇拜卻在心不在焉地閑聊。康熙當即指責他說：“這些都是人命關天的事，不可不慎。你們這些人不把殺人當回事，朕必須慎之又慎。”康熙的嚴責使老奸巨猾的鼇拜意識到，皇帝對冤殺數臣的事情不會善罷甘休。隨著鼇拜的權勢逐步受到限製，他與康熙的矛盾也日趨激化。他常常托病不上朝，進行要挾，繼續在暗中策劃陰謀。一次，康熙帶著隨從親自去鼇拜府上探病，禦前侍衛見鼇拜神色不對，便上前搜尋，結果竟在床席下發現了凶器。鼇拜嚇得麵無人色，無言以對。康熙卻不動聲色地說：“刀不離身是滿洲人的老風俗，不必大驚小怪。”康熙七年（1668）九月，熊賜履上疏說：天下治亂係宰相。滿朝大臣都清楚這是要求除掉專權的鼇拜。康熙認為為時尚早，指斥熊賜履“妄行冒奏，以沽虛名”，還說要對他進行處罰。