康熙南巡時，曾多次親自拜謁明太祖的陵墓，並親筆寫了“治隆唐宋”的匾額，懸掛在陵殿前。他還提出要查訪明室後代，授予官職，讓其看守陵墓。後來沒有查到，便改派清朝官員按時致祭。他還親臨孔廟祭祀，對孔子的後裔大施恩寵，從感情上對漢族士大夫進行籠絡。
除了進行傳統的科舉考試外，康熙還於康熙十七年（1678）特設“博學鴻詞科”，千方百計吸引明代遺老及各種人才參政。康熙要求各級官員都要將自己知道的學行兼優之士舉薦給朝廷，以便他親自壽察錄用。經各地官吏推舉，有143人參加了康熙十八年（1679）的體仁閣考試。清政府給了應試者十分優厚的待遇，除了發給往返路費、衣食費、柴炭銀外，康熙還親自賜了豐盛的筵席加以款待。表麵上考試進行得鄭重其事，康熙還親自閱了卷，但實際上對應試者十分遷就，百般照顧。嚴繩孫隻作了一首詩，潘耒、施閏章的詩不合韻律，都被錄用。彭孫通故意將詞寫得言詞不通，竟被錄為一等。可見，為了廣泛招致人才，康熙不拘一格，確實花費了一番苦心。這次考試錄用的五十人都被授予了翰林院的官職，奉旨編修明史。高官厚祿和種種特權使這些人逐漸放棄或動搖了反清立場，落第的文人學士也無顏再以明代遺老自居了。博學鴻詞科的設立確實起了一箭雙雕的作用。
但是應試的隻是當時漢族學者中的二三流人物，而顧炎武、黃宗羲、李頤等著名學者始終拒絕應試。康熙對他們也采取了寬容的態度。關中大儒李頤以身體有病為理由拒不應試，被強行從家鄉抬到西安，李頤便絕食抗議，連續六天湯水不進。清朝官員無可奈何，隻好又派人將他送回。後來，康熙來到西安，指名要見李頤，李頤還是托病推辭。康熙不僅沒有怪罪他，還親題了“誌操高潔”的匾額賜給他的兒子以示褒揚。太原的傅山被役夫用床抬到京城外30裏的地方，他誓死不入城，京中的王公大臣們慕名紛紛前來看望，傅山大模大樣地躺在床上，既不迎送，也不施禮。結果地方官員隻得以傅山老病為由奏請免試，得到了康熙的準許。康熙所以能夠容忍這些人抵製考試的種種大不敬行為，一方麵是因為他們名滿天下，影響極大，不願意輕易觸動他們；另一方麵他們拒絕出仕，隻是退居家中講學著書，還沒有直接觸犯清王朝的統治。
康熙十三年（1674）以後，借為平定三藩籌措兵餉，清政府開始實行捐納製度。這是康熙為落第的漢族文人打開的又一條入仕之路。當時，上至知府、知縣，下到監生、生員，都可以用捐納得到。知縣額多易得，是最受歡迎的官缺，士人們踴躍爭購。三年內，全國僅知縣就捐納了五百多人。每年清政府的捐納收入多達200多萬兩白銀。
於康熙十六年成立的南書房，位於乾清宮斜對麵。入直南書房的官員不僅陪伴皇帝研究學業，還有代擬諭旨、時備顧問的任務。南書房的官員大多選自漢臣，由於朝夕侍奉皇帝，其中的人才隨時可能被發現並得到重用。高士奇原是一介寒士，落第後曾靠賣文為生。由於他詩文書畫無不精通，頗得皇帝賞識，成了康熙出巡、狩獵不離左右的侍從。高士奇不僅才思敏捷，而且善於處事。康熙南巡杭州，應靈（靈）隱寺僧人請求為之題名，不料提筆便將“雨”字頭寫得過大，正在為難，高士奇悄悄在手掌上寫了“雲林”二字，假裝研墨，提示康熙。康熙遂改寫成“雲林”。從此，也把靈隱寺稱雲林寺。一次，康熙狩獵時因馬受驚險些墜地，心中怏怏不樂。高士奇便故意帶著滿身泥水去拜見康熙。康熙聞知高士奇因騎馬落入汙水才搞得這般狼狽，大笑道：“剛才我的馬多次狂跳，也沒能把我甩下來。”相形之下，康熙覺得比不善騎術的漢族文人高明得多，不快的心情便煙消雲散了。由於不僅有君臣之分，還有師友之情，南書房的官員們平步青雲，迅速升遷。高士奇一直升到禮部侍郎。張英做到文華殿大學士，自此門第顯赫，四世為講官，子孫五人入直南書房。