康熙對漢族知識分子所實行的懷柔政策是有前提的，這便是鞏固清王朝的統治。一旦漢族士大夫的言行被認定會危及統治階級的利益，他們就會遭到殘酷的鎮壓。這集中表現在康熙一朝的十幾次文字獄上。如果說發生在康熙親政前的莊廷銳一案與他沒有直接關係，那麼發生在康熙五十年至五十二年（1711-1713）的戴名世一案，便確係康熙所為了。戴名世是安徽桐城人，自幼聰穎好學，喜讀史書。晚年他身居故裏，整理了《南山集》一書。書中記載了南明諸王的史事，並采用了同鄉方孝標的《滇黔紀聞》中的一些史料。戴名世還主張以桂王死後的第一年作為清的定鼎之年。戴名世57歲才考中進士，擔任了翰林院編修。誰想到59歲這年便大禍臨頭，他的《南山集》被左都禦史趙中喬告發為誹謗朝廷之書。結果戴名世被判淩遲處死，戴氏、方氏家族16歲以上的男子全部被判處斬，女子及15歲以下的男子被沒為家奴，族人的所有職銜全都被剝奪。到結案時，經“寬大處理”，戴名世才免遭淩遲，改判為處斬。這時已經離世的方孝標，還被鞭屍。隻有族人方苞幸免於難。他原來被判為處斬，因他的文章學問聞名天下，康熙下令“免治”，但仍然一度被編進漢軍旗中受到管製。平時與戴名世有交往的官員，有30多人被降職。受到案件牽連的，多達300多人。
康熙朝的文字獄之風又沿襲到雍正、乾隆兩朝，並且愈加苛刻殘酷。文字獄使漢族知識分子噤若寒蟬，人人自危，不用說針砭時弊，就連著書修史，也生怕被羅織上莫須有的罪名，招來殺身之禍。他們除了走科舉之路，便隻能一頭紮進故紙堆中去消磨時光了。“名滿天下不曾出戶一步，言滿天下不曾出口一字”，常熟學者錢湘靈的這首對聯，便是他們難以言狀的壓抑憤懣心情的寫照。
除了動輒大興文字獄，康熙對廣大漢族知識分子始終是嚴密防範的。他晚年曾經直言不諱地說：“朕臨禦多年，每以漢人為難治。”他還告誡他的子孫說：“國家承平日久，務須安不忘危。”康熙所說的居安思危的重要內容就是要時刻提防漢族知識分子造反。為此，康熙命令心腹不斷將江南各地的民情和官吏情況密報朝廷。曹雪芹的祖先所任的江寧織造就負有這樣的特殊使命。康熙曾經在曹家的奏折上批道：把所聽到的地方大小事情，像你父親一樣秘密奏報，是非我自有洞鑒。尚可喜是三藩中唯一始終忠於清廷的人。據說，他去世前要求兒孫為自己穿上清太宗所賜的朝衣，以示對清廷的忠誠至死不渝。康熙聞知，也深為感動。但事隔不久，朝廷派去祭奠尚可喜的官員，就秉承康熙的旨意，以瞻仰遺容為名開棺驗屍，見尚可喜果然身著禦賜四團龍馬褂，才信以為真。康熙對早已降清、忠心耿耿的幾朝老臣尚且如此，對廣大漢族知識分子時刻保持著戒備和警惕，便不足為奇了。
出於鞏固統治的需要，康熙確實籠絡了一大批人才為清王朝所用，而他對漢人的猜疑也是根深蒂固的。
康熙采取的一係列措施促進了農業生產的恢複和發展。到康熙末年，耕地麵積和人口都有了大幅度的增長。國庫收入十分充裕，年年有餘。國庫存糧達到幾千萬石，京城的國庫爆滿，隻得將漕糧截儲在運河沿岸的蘇杭等地。國庫中有些糧食存放時間過長，竟變質作了肥料。
在恢複農業生產的同時，對於商業和手工業，康熙則提出了“恤商”和“利商便民”的口號。他禁止關津渡口對商人征收名目繁多的雜稅，反對官吏苛扣勒索商人。康熙將“不虧行戶”定為整飭吏治的標準之一，嚴厲查處了違令的官吏。譬如，安徽全椒知縣因克扣店鋪五十九兩七分白銀，被流放到寧古塔，主張向商人重征房號銀的恭順侯吳維華被送刑部治罪；苛刻富商的江蘇巡撫張伯行也受到康熙嚴厲的訓斥。深受關卡林立、苛捐雜稅之苦的商人減輕了負擔，商業開始複蘇和發展起來。
台灣回歸後，鑒於國內局勢已經穩定，康熙一改清初寸板不許下海的政策，於康熙二十三年（1684）廢止了禁海令。當時，一部分官員反對開禁，康熙一針見血地說：“以前盡管實行海禁，私自出海的也從未停止過。主張海外貿易不能實行的，無非是總督、巡撫自己想撈油水罷了。”海禁廢除後，清政府在廣東澳門、福建漳州、浙江寧波、江南雲台山開設四處海關，管理來往商船，征收關稅。對外國商船實行了減免商稅的鼓勵政策。中國與南洋、西歐及日本的貿易都有了發展；康熙還允許民間造船出海貿易。蘇州的官營船廠，年產貨船上千艘。自康熙二十八年至康熙五十年（1689-1711）的23年間，中國開往日本的船隻就有1791艘。開放海禁30餘年來，南洋的藥材、香料、棉花，西歐的呢絨、自鳴鍾、玻璃、儀器源源不斷流入中國，中國的茶葉、生絲、綢緞、陶瓷也大量輸入世界各地。當時中國對西歐的貿易一直出超，以1708年至1712年的貿易情況為例，進口的英國商品價值不到5000英鎊，而出口商品額達5萬英鎊以上。海外貿易的發展，使清政府獲得了相當可觀的關稅收入，促進了東南沿海的手工業發展，使這個地區的經濟又重新繁榮起來。