張士誠在蘇州稱王之後，漸漸被勝利衝昏了頭腦。他開始追求享樂，任用小人，疏遠賢人。許多忠義之士先後離開了張士誠，首先離開的是投奔張士誠的劉基。不久，施耐庵另外兩名摯友魯淵和劉亮也離開了。賢臣相繼離去並沒有使張士誠清醒，他仍然沉湎酒色，怠於政事。這時，方國珍兵強馬壯，朱元璋虎視眈眈，各地戰事不息，危機四伏。施耐庵深感形勢嚴峻，於是麵諫張士誠，分析天下局勢，指明當務之急。可是，張士誠聽信小人黃敬夫、葉德新、蔡彥文之言，對施耐庵的話一句也聽不進去。施耐庵見大勢難以逆轉，張士誠的敗亡隻是遲早的事，於是也悄然離去了。
施耐庵重歸故裏，在北寶寺坐館，一麵教學生，一麵繼續撰寫《水滸傳》。為了使自己像耐心庵堂那樣專心著述，不問政事，施耐庵在書齋的門上掛上了寫有“耐庵”兩字的牌子。於是，人們便稱他為耐庵先生，施耐庵的名字便是這麼來的。
朱元璋打敗張士誠後，怕人民反抗，把蘇州人都遷到邊遠的地方去了。有一天，朱元璋聽說施耐庵在寫犯上作亂的書，連忙派人捉拿施耐庵，並把他關進南京天牢。施耐庵在天牢裏受盡折磨，不久便疾病纏身了。這時，施耐庵的同年劉基已是朱元璋的軍師，他伺機向朱元璋進言，施耐庵才被釋放。
施耐庵獲釋之後，到淮安租房住下。經過這場變故後，施耐庵的健康狀況日益惡化。施耐庵生活拮據，缺醫少藥。這年冬天，他風寒舊疾複發，無異雪上加霜。施耐庵自知不久人世，便將《水滸傳》的修改稿交給羅貫中，囑咐他將其中破損和遺失部分回憶整理出來，務必印刷成書，傳之後世。囑畢溘然長逝，享年75歲。這一年是洪武四年（1371年）。
《水滸傳》描述北宋末年官府橫征暴斂，官逼民反的情形。講了宋江等好漢疾惡如仇，被逼上梁山，替天行道的故事。書中塑造了大批栩栩如生的人物，如武鬆、李逵、魯智深、林衝等，對後代農民起義產生過重大影響。
《三國演義》是一部曆史小說，以描寫戰爭為主，分為黃巾起義、董卓之亂、群雄逐鹿、三國鼎立、三國歸晉五大部分。作者就是與施耐庵合著《水滸傳》的羅貫中。《三國演義》不僅是較早的一部曆史小說，而且代表著古代曆史小說的最高成就。它把百年左右頭緒紛繁、錯綜複雜的事件和眾多人物敘述得有條不紊。書中把古代戰爭和人物都寫活了，雖有虛構，但大體上忠於曆史，不但是一部輝煌的文學巨著，也為後來的軍事家提供了不少戰例和謀略借鑒。
《三國演義》和《水滸傳》同出於洪武年間（1368—1398年），作為中國古代四大名著的前兩部，為明朝增添了萬丈光芒。
（二）明惠帝
洪武二十五年（1392年）四月，年僅38歲的皇太子朱標英年早逝，史稱懿文太子。
洪武三十一年（1398年），朱元璋病逝，遺詔命皇太孫朱允炆繼位，史稱明惠帝。
明惠帝是明朝第二位皇帝。
朱允炆14歲時，他的父親朱標身上長個大肉瘤，苦不堪言，朱允炆日夜守在身邊伺候。
朱標去世後，朱允炆將三個年幼的弟弟接到一起，對他們的飲食起居照顧得十分周到，並沒有讓他們感到孤獨。
朱元璋病逝前，脾氣異常暴躁。朱允炆親自服侍他，常常整夜不能入睡，而且沒有一句怨言。
明惠帝繼位時21歲，改年號為建文。
明惠帝從小接受儒家教育，繼位後把三位儒家師傅引為心腹。他們是黃子澄、齊泰和方孝孺。黃子澄是受人尊敬的儒家學者，於洪武十八年（1385年）考中進士。齊泰是洪武十八年的進士，精通儒學，尤其精通兵法。方孝孺是明初大學者，六歲能詩，從元末明初大儒宋濂學習，極受器重，以文章和政見聞名。
明惠帝在這三位大儒的輔佐下，開始了一係列的改革，史稱“建文新政”。
朱元璋用武力奪得天下，大都督府的左右都督都是正一品，而六部尚書卻是正二品。《大明律》中明文規定文官不許封公封侯，而武將封公封侯者甚多，稱王的也不少。這種局麵下，文官在議論朝政中的地位可想而知。明惠帝有意結束其祖父尚武的政風，將六部尚書升為正一品；大開科舉，並下詔要求地方官舉薦文學之士。文人獲得了比以前更高的政治地位，對朝政敢於表達自己的意見了，這就加強了文官在國家政事中的作用。
明太祖以猛治國，認為亂世宜用重典，法外用刑情況十分嚴重。他還使用了許多恐怖的刑罰，如抽筋、剝皮、閹割、淩遲等。明惠帝認為《大明律》用刑過重，改正了其中量刑較重的部分律法，取消了恐怖的刑罰。