順治三年（1646年）十一月，農民軍領袖謝遷在山東淄川一帶發動反清起義。他們首先把鬥爭矛頭對準與清勾結的當地地主，沒收了地主豪紳張聖鵠的財產、糧食，分給當地貧苦農民，受到了農民的擁護，勢力發展很快，因而被清統治者稱之為山東“第一巨寇”。十二月，他們攻陷了高苑，但遭到清軍的追剿，軍師趙束鄉被擒斬。次年（1647年）六月十三日，謝遷和丁可澤率起義軍裏應外合攻陷了淄川，逮捕了最先剃發和改換衣冠降清、後被革職居家的原任招撫江西兵部尚書孫之獬，當眾宣布其罪狀並處以極刑。在起義軍浩大聲勢的影響下，清膠州總兵海行時於順治十年（1653年）十月向謝遷等投降，參加起義軍。接著，他們即由淄川南下，占領萊、沂，攻克宿遷，震動了江淮地區。不久，清直隸、山東、河南總督馬光輝率兵圍剿，謝遷等領導的起義軍寡不敵眾，終於失敗。
順治四年（1647年）九月，山東兗州農民丁維嶽、張堯中率眾舉行反清起義。他們將起義軍分做六股，分別攻打張秋、鄆城、堂邑、陽穀、冠縣和梁山。九月十三日夜，起義軍中的兩支部隊攻克了壽張、堂邑，殺了清東兗道東陳一理家眷男婦20餘人。丁維嶽則親自領一支義軍進攻張秋，並準備克張秋後進攻梁山。不料清軍早有準備，巷戰一夜，義軍傷亡慘重，“屍與門齊”，丁維嶽左臉受傷，率軍退守濮州、範縣交界的陳家樓。接著，清軍包圍了陳家樓，采用了誘使義軍移營的辦法，殺得義軍“屍滿地”，損失了三四千人。十一月十二日，丁維嶽又率農民軍馬兵400餘人、步兵不計其數，突然襲擊嶧縣縣城，清守軍勢不能敵。次日城破，起義軍蜂擁進城，打開監獄，釋放獄囚；又打開倉庫，將糧食分給貧苦農民。十二月，義軍又先後攻克了陽穀和梁山。十五日，清軍征剿梁山，次日在鄆城王家海子與義軍進行了一場激戰，結果丁維嶽、張堯中同時陣亡，這次起義至此失敗。
順治五年（1648年），天津女英雄張氏自稱明天啟帝的皇後，與其同黨王禮、張天保印製玉印、令旗，組織抗清隊伍。他們聯絡靜海一帶的農民軍，不斷抗擊來犯的清軍。五月二十四日，張氏、張天保等被俘犧牲。張氏犧牲後，其部下繼續堅持抗清鬥爭。天津巡撫李猶龍十分畏懼這股抗清力量，采取了與農民軍首領在營中“會飲”的辦法，以拉攏關係，試圖進行招撫，為清廷發覺，被革職為民。最後清廷調來重兵，農民軍因眾寡懸殊，堅持到次年初失敗。此後，清廷十分重視在天津加強統治力量，派駐重兵，嚴密監視人民的行動。