1939年12月，海森堡建立了鈾反應堆基礎理論，後來試驗成功。魏茨澤克的理論也證明，反應堆在運行時可以產生用於原子彈的裂變物質鈈。但是，1939年海森堡得出的結論卻恰恰相反，他認為，自然鈾在獲取核能時不會產生別的主要物質。也就是說，德國除了僅在進行核研究外，並沒有一個關於製造原子彈的具體全計劃。
那麼，海森堡是否真想請教他視同慈父的導師，或者真想與玻爾密謀共同研製原子彈，迄今仍是一樁疑案。但是，玻爾當時肯定是中斷了他們之間的談話，而且氣氛很僵．就像海森堡在結束談話幾分鍾後對魏茨澤克說的那樣：“全弄擰了！”
玻爾在談話20年後寫給海森堡的信中仍能讓人們感覺到，玻爾沒有將海森堡在公開場合與私下談話區別開來，也許，他沒有意識到海森堡對待他的真實想法。直到戰後，魏茨澤克在美國見到玻爾，並問起那次的談話情況時，玻爾仍說：“唉，隨它去吧！我知道，在戰爭期間，人人都是為了自己的祖國。”
那次不歡而散的談話除了說明兩人交流上的失敗外，還說明了海森堡在政治上的幼稚和感情上的一相情願。可能他根本就沒有意識到，從一開始，丹麥科學家玻爾就從未把他當成朋友或保護者，而是僅僅把他視為占領軍的代表。
圍繞這個像謎一樣的問題，海森堡的辯護者和譴責者有過激烈的交鋒。
辯護者稱，海森堡從未主動要求去國外訪問。他出使丹麥、匈牙利和瑞士等國，完全是官方刻意安排的。在海森堡被稱之為“白色猶太人”之後，納粹官方安排他出訪，是對海森堡的承認和平反。如果拒絕，將會導致嚴重的後果。海森堡進退兩難，沒有自主權。
對於一些德國人，尤其是像海森堡這樣的非納粹（或反納粹）人士，存在一個道德的兩難選擇——一方麵，他們並不希望希特勒主導戰爭；另一方麵，他們又都是強烈的愛國者，並不希望德國戰敗。對於他們來說，最佳的解決辦法是德國能避免戰敗，軍隊最終能擺脫希特勒的控製。雖然現在看來這個過是一個不切實際的幻想，但當時這種想法卻是非常現實的。由於納粹的片麵宣傳和有意隱瞞，德國民眾隻知道蘇聯的斯大林搞過大清洗，而對納粹德國的奧斯維辛集中營卻一無所知。一些高級將領想通過刺殺希特勒來避免失敗。通過與反對派接近的“星期三聚會”，海森堡本人知道這些情況。毋庸置疑，他內心是討厭納粹政權的。在無法推翻它之前，最好是利用它。
反對者則稱，海森堡當時相信德國能在很短的時間內取得勝利，他根本沒有掩飾自己的態度。海森堡的目的至少是勸說玻爾冷靜地對待德國即將獲得的勝利。
對於這一點，辯護者稱，海森堡其實並不希望納粹德國掌握原子彈。經過初步計算後，他就不想再進行下去了。海森堡已經得到了正確的結果，但他沒有向納粹當局講明真相，而是誇大了製造原子彈的難度，因而也拖延了研究進程。
反對者也稱，海森堡並不是不想製造原子彈，他竭盡全力為納粹服務，隻是由於他的錯誤而導致德國的計劃沒有成功。海森堡沒有仔細計算“臨界質量”。按他的計算，製造原子彈需要成噸的純“U—235”，而他估計盟國一年隻能生產30公斤“U—235”。
辯護者認為，這種說法已遭到海森堡本人的有力駁斥。在《部分與整體》中，海森堡對他當時的心態作了很好的描述。
反對者稱，玻爾檔案館公布的材料表明，玻爾在信中明確指出，海森堡曾說過，他曾竭盡全力地花了兩年時間研究原子武器。
辯護者的觀點是，這隻是玻爾自己的理解。玻爾當時並不清楚反應堆與原子彈之間的區別。海森堡所言，是說經過兩年的研究後，他得出結論：原子彈在理論上是可行的，但很難製造，無論從技術上，還是經濟上都是這樣；而反應堆除了理論上，實際當中也是可行的，也比較容易製造，以後他將隻研究反應堆。在海森堡還沒有完全解釋清楚之前，玻爾就中止了談話。很顯然，這是一種誤解。
反對者堅持，如果是這樣，為什麼海森堡不阻止納粹的計劃？他去哥本哈根的“真實目的”是想從玻爾口中了解盟國在原子彈方麵的研究進展。
辯護者感到好笑，海森堡用不著阻止納粹的計劃，因為早在1942年，納粹就放棄了這個計劃。他們從海森堡處得知，研製原子武器需要許多年，並且投入非常大。納粹沒有耐心等待，他們需要更直接有效的武器。海森堡去哥本哈根的真實目的並不邪惡。