朋友們得知了此事，紛紛前來攔阻海瑞，勸他不要呈遞，免得招惹殺身之禍。
將生死置之度外的海瑞在下筆之前，已令管家去訂好一口棺材，並且遣散了家人隨從。他又拿出20兩銀子，交給在朝中為官的一位姓王的同鄉，對他說：“我這次上疏，凶多吉少，看在同鄉的情份上，一旦我遭不測，請你拿這筆錢將我埋在老家，我就十分感謝您了。”他的同鄉含淚答允了他的請求。一切交待完畢，海瑞就義無反顧地到通政司（專管接收奏章向皇帝呈遞的機構）遞交了疏稿，然後，便到朝房等待治罪去了。
奏折到了世宗手中，他從頭看起，隻見上麵全是指責自己的文字：陛下以為可以得道成仙，就一意修煉，耗盡了民脂民膏，濫興土木，20多年不理朝政，法紀全部廢馳。……致使貪官汙吏橫行霸道，民不聊生，水旱無時，盜賊遍地。如今百姓都在說：“嘉者，家也；靖者，盡也。百姓窮困到了極點。陛下試想想如今的天下，還成個什麼樣子？……陛下的過錯太多了，最主要的在於齋醮求仙。齋醮為了長生不老，可是，曆代方士哪個存活至今呢？陛下以陶仲文為師，學習他長生不老的法術，可是，陶仲文已經死了，他自己都不能長生，陛下怎會求得呢？至於那些仙桃天藥，更是怪誕不經。……
世宗看完，氣得渾身亂顫，大發雷霆，將奏折擲到地上，大聲吼叫著：“快給我把海瑞抓來，別讓他跑！”立於一旁的宦官黃錦說：“此人素有癡名。聽說他上疏時，料到會觸犯聖上，該當死罪，所以先行買了一口棺材，訣別妻子兒女，他自己正在朝房待罪呢！”
世宗聞言，愣了好一會。半晌，又把奏折撿起來，再三誦讀，疏中之言，雖很刺耳，但句句在理，海瑞的一片赤誠之心袒露無遺，世宗一時之間也深受感動。但是，不久他又認為海瑞的奏疏是辱罵，到底還是下令將他逮捕，問成死罪，關在獄中。
兩個月後，即嘉靖四十五年（公元1566年）12月，一心祈求長生的明世宗，終因服食過多的丹藥而病死。他死後，海瑞被釋放複職，繼續為民操勞，直到萬曆十五年（公元1587年）去世。海瑞死時，因沒有兒子，禦史王用級為他經辦喪事，隻見他家徒四壁，清貧至極。王用級不禁傷感地流下淚來，海瑞沒留下一文私產，還是王用級籌了一筆錢將他安葬了。
出殯的那天，京都市民休市一天，以悼念他們深深愛戴的清官。靈柩抵達江邊，兩岸哭聲震天，百姓們一律穿上白衣，戴上白冠，扶老攜幼，自發前來送葬。這位被譽為明代第一大清官的海瑞，又被百姓稱作“海青天”，冒死上疏怒斥嘉靖帝的故事一直流傳至今。