努爾哈赤受重傷死去以後，袁崇煥為了探聽後金的動靜，特地派使者到沈陽去吊喪。皇太極對袁崇煥窩了一肚子的怨恨，但是因為後金剛打敗仗，需要休整，再說也想試探一下明朝的態度，所以，不但接待了袁崇煥的使者，還派使者到寧遠去表示答謝。雙方表麵上緩和下來，背地裏都在加緊準備下一步的戰鬥。
到了第二年，皇太極親自率領大軍，攻打明軍。後金軍分兵三路南下，先把錦州城包圍起來。袁崇煥料定皇太極的目標是寧遠，決定自己留在寧遠，派部將帶領四千騎兵援救錦州。果然，援兵還沒出發，皇太極已經分兵攻打寧遠。袁崇煥親自到城頭上督率將士守城，用大炮猛轟後金軍；城外的明軍援軍也和城裏內外夾擊，把後金軍打敗了。
皇太極又把人馬撤到錦州，但是錦州的明軍守得嚴嚴實實，加上天氣轉暖，後金軍士氣低落。皇太極隻好退兵。
袁崇煥又打了一個大勝仗。可是，魏忠賢閹黨卻把功勞記在自己名下，反而責怪袁崇煥沒有親自救錦州是失職。袁崇煥知道魏忠賢有心跟他為難，隻好辭職。
公元1627年，昏庸的明熹宗死去，他的弟弟朱由檢即位，就是明思宗，也叫崇禎帝。
崇禎帝早就了解魏忠賢作惡多端，民憤太大。他一即位，就宣布了魏忠賢的罪狀，把魏忠賢充軍到鳳陽。魏忠賢自己知道活不成，走到半路上自殺了。崇禎帝懲辦了閹黨，又給楊漣、左光鬥等人平反了冤獄，很想振作一番。許多大臣請求把袁崇煥召回朝廷。崇禎帝接受了這個意見，提拔袁崇煥為兵部尚書，負責指揮整個河北、遼東的軍事。崇禎帝還親自召見袁崇煥，問他有什麼計劃。袁崇煥說：“隻要給我指揮權，朝廷各部一致配合，不出五年，可以恢複遼東。”崇禎帝聽了十分興奮，給袁崇煥一口尚方寶劍，準許他全權行事。
袁崇煥重新回到寧遠，選拔將才，整頓隊伍，軍紀嚴明，士氣振奮。東江總兵毛文龍作戰不力，虛報軍功，不服從袁崇煥的指揮。袁崇煥使用尚方劍，把毛文龍殺了。
皇太極打了敗仗，當然不肯罷休，他知道寧遠、錦州防守嚴密，決定改變進兵路線。他作好一切準備，公元1629年十月，率領幾十萬後金軍，從龍井關、大安口（今河北遵化北）繞到河北，直撲明朝京城北京。
這一著可出乎袁崇煥的意外。袁崇煥趕快出兵，想在半路上把後金軍攔住，已經來不及了。後金軍乘虛而入，到了北京郊外。袁崇煥得到情報，心急火燎帶著明軍趕了兩天兩夜，到了北京，沒顧上休息，就和後金軍展開激烈的戰鬥。其他各路明軍，也陸續趕到，投入戰鬥。
後金軍突然進攻北京，引起了全城震動。崇禎帝更是急得心慌意亂，不知該怎麼辦才好，後來聽說袁崇煥帶兵趕到，心才定了一些。他親自召見袁崇煥，慰勞了一番。但是一些魏忠賢的餘黨卻散布謠言，說這次後金兵繞道進京，完全是袁崇煥引進來的，說不定裏麵還有什麼陰謀呢。
崇禎帝是個猜疑心極重的人，聽了這些謠言，也有些懷疑起來。正在這個時候，有一個被金兵俘虜去的太監從金營逃了回來，向崇禎帝密告，說袁崇煥和皇太極已經訂下密約，要出賣北京。這個消息簡直像晴天霹靂，把崇禎帝驚呆了。
原來，明朝有兩個太監被後金軍俘虜去以後，被關在金營裏。有天晚上，一個姓楊的太監半夜醒來，聽見兩個看守他們的金兵在外麵輕聲地談話。一個金兵說：“今天咱們臨陣退兵，完全是皇上（指皇太極）的意思，你可知道？”另一個說：“你是怎麼知道的？”一個又說：“聽說剛才騎馬來的兩人是袁將軍派來的，他已經跟皇上有密約，眼看大事就要成功啦……”
姓楊的太監偷聽了這番對話，趁看守他的金兵不注意，偷偷地逃了出來，趕快跑回皇宮，向崇禎帝報告。崇禎帝聽了也信以為真，竟將袁崇煥逮捕入獄。
袁崇煥一被捕，部下將領深恐牽連，武將祖大壽等帶著軍隊逃出了山海關。袁崇煥指揮的軍隊，本是明朝抵抗後金軍的主力，也隻有他，在軍中享有極高威信。朱由檢無可奈何，隻好叫袁崇煥寫信勸說。身陷囹圄的袁崇煥，以大局為重，親筆寫信要祖大壽聽從朝廷命令，不要輕舉妄動。祖大壽接信後向將士們宣讀，全軍都痛哭了起來。祖大壽年逾八旬的老母問明情由，勸大家殺敵立功，求崇禎皇帝保全袁督師的性命。將士們當天就回師入關，奮勇作戰，收複了關內數城。
這時，皇太極因估量一時攻不下北京，已引軍向東北撤離。關內局勢有了好轉，魏忠賢的餘黨又連上奏章，請殺袁崇煥。朱由檢於1630年八月十六日，以“謀叛欺君”的罪名，殘酷地用磔刑將袁崇煥殺害了。
皇太極用反間計除了對手袁崇煥，退兵回到盛京。打那以後，後金越來越強大。到了公元1635年，皇太極把女真改稱滿洲；崇禎九年（公元1640年）皇太極在盛京稱帝，改國號為大清，年號崇德，把女真族改為滿族。皇太極就是清太宗。此後，皇太極正式與明朝分庭抗禮，爭奪天下了。