關於南中大姓的由來，盡管學術界迄今仍在探索與討論之中，但可以斷定的是，其中的大部分，多為那批隨西漢開邊置郡而來的內地漢族“豪民”“奸豪”徙居南中後重新滋蔓發展起來。如呂不韋“子孫宗族”初徙於蜀、漢，後至漢“開西南夷”時又被轉徙於滇西不韋縣（今保山市一帶），降及東漢末年發展成為永昌首姓；建寧大姓雍氏家族源出漢初徙蜀封“什邡侯”的江淮“沛豪”雍齒等等。其餘如東晉以後稱霸南中曆數百年之久的頭號大姓爨氏家族“自雲本河東安邑（今山西南部運城）人”，後大約於東漢時“遷運庸蜀，流薄南入”而落籍定居滇東同樂縣（今陸良縣一帶）。此外，在南中大姓裏，據研究還有相當一部分係由外來或土著的非漢民族上層經漢化以後發展衍變而來。
南中大姓的活動，最早見於記錄的是兩漢之際公孫述據蜀稱帝時，牂柯“大姓龍、傅、尹、董與功曹謝保境為漢”與其對抗。表明至遲不晚於東漢初年，南中大姓便已擁有了造成局麵的雄厚實力。延至魏晉之世，更是盛極一時並屢屢擾亂邊地、左右南中局勢達數百年之久。其間，作為滇黔漢族中的上層集團，隨著接二連三的戰亂紛爭和漢族人口的持續減少，以及主要由此所導致的族群互動融合曆史趨勢的逆轉，南中大姓也不可避免地走上了夷化的道路，並最終無一例外地融入當地各土著民族轉化為“鬼主”“蠻酋”。因而，魏晉南北朝時期整個滇黔漢族的發展脈絡及其夷化曆史進程，在一定程度上可以透過南中大姓及其民族成分的衍變而窺其大概。
根據有關曆史文獻的記載，魏晉南北朝之世約360年間，與南中大姓直接相關並對南中地區衝擊和影響較大的戰亂紛爭主要為下列3次。
第一次發生在蜀漢初年，滇中大姓雍闓、孟獲乘蜀先主劉備夷陵敗死，“主少國疑”內外不安之機，外結東吳、內聯朱提大姓牂柯太守朱褒和越嶲叟帥高定等發起反蜀大叛亂。建興三年，蜀漢丞相諸葛亮兵分3路大舉南征，首戰越嶲斬高定，繼而“五月渡瀘，深入不毛”，自越嶲追擊北援高定的滇中叛軍直達滇池，途中曾轉戰千裏屢次交鋒而史有“七擒七縱”孟獲之說，其間大量人口歿於兵火當勢在必然。與此同時，偏師中路軍李恢、東路軍馬忠分別率先攻入滇中和牂柯，戰鬥亦十分激烈。史載“恢案道向建寧，諸縣大相糾合，圍恢軍於昆明。時恢眾少敵倍”，李恢遂以計怠敵，叛軍“故圍守怠援，於是恢出擊，大破之，追奔逐北，南至盤江，東接牂柯，與（諸葛）亮聲勢相連”。於是又一大批以漢族為主的“諸縣”人口喪生於兵火之中。南中平定後，諸葛亮在采取移“床降都督”進駐建寧、調整南中政區、啟用親蜀派大姓以及安撫各族群眾等一係列善後措施以安定南中局勢的同時，為了削弱大姓、夷帥勢力減少隱患，還下令：“移南中勁卒、青羌萬餘家於蜀……”這批為數四五萬人的徙蜀“勁卒、青羌”，據考即為孟獲麾下的南中叛軍殘部，兼有漢、夷等多種民族民分。隨其奉征北上，使得南中的郡縣人口在業已蒙受了戰爭的巨大損耗之後又進一步減少。為此，戰後蜀漢政府曾采取了部勒戰俘為“部曲”、鼓勵大姓富豪“出金帛聘策惡夷為家部曲”，以及從永昌郡“遷濮民數千落於雲南、建寧界以實二郡”等措施，以彌補郡縣人口之不足。這樣一來，在由大姓、部曲、“家部曲”和“濮民”4個部分所組成的郡縣人口中，漢族無論是在絕對數量還是相對比例上，都已退居少數和劣勢地位，故戰後封建政府的賦稅，遂轉由南中土著民族“叟、濮”來承擔。按照民族融合的一般規律，南中地區族群互動融合的曆史趨勢，大約也自此由當地少數民族土著族群漢化轉向為漢族夷化。
第二次發生在魏、晉之際，史載曹魏景元四年（263年，亦即蜀漢後主炎興元年），魏滅蜀，南中歸魏（兩年後西晉代魏）。次年東吳交趾郡內亂，於是“南中監軍霍弋表遣建爨牙穀為交趾太守，率牙門將軍建寧董元、毛炅、孟通、爨熊、李鬆、王素等率部曲以討之”。戰爭共進行了7年（264～271年），南中大姓率部曲與吳軍連年激戰於交州界內交趾、鬱林、九真、日南、合浦等5郡地區（地望當今越南北部和我國兩廣南部一帶），最後在東吳30萬大軍的全力反撲之下，南中遠征軍終因寡不敵眾而全軍覆滅。這次戰爭，據方國瑜先生估計，足足損失南中精壯“夷、漢部曲”達10萬之眾，故戰爭雖未發生在南中境內，卻同樣使人口本來就相當有限的滇黔漢族又遭到了一次重創，以致稍後便有人上書朝廷指出：“南中形勢，七郡鬥絕，晉（漢族）弱夷強。”