首先，天災。具體又可分為瘟疫、洪澇、大旱以及古今罕見的虎災等若幹類型。其中，較早見於記錄是瘟疫，史載萬曆二十六年（1598年），“全蜀諸郡邑大疫”，“人民死傷甚眾”。這場瘟疫，自明代後期開始，一直流行到清初順治、康熙年間仍肆虐不止，“有‘大頭瘟’，頭發腫赤，大幾如鬥；有‘馬眼睛’，雙目黃大，森然挺露；有‘馬蹄瘟’，自膝至脛，青腫如一，狀似馬蹄；三病中者不救”。曾使巴蜀地區各民族群眾深受其害，如清初川南內江一帶“瘟疫大作，人皆徙散，數百裏無煙”，今重慶市南部綦江縣“大頭瘟”流行，竟至“死者臥床榻，無人掩葬”。據研究，所謂“大頭瘟”，實為鼠疫大麵積流行的別稱。其餘“馬眼睛”“馬蹄瘟”等，亦多與此類惡性傳染病有關。自然災害的情況，較早見於記錄的也是明代萬曆年間（1573～1619年）。史載萬曆三十七年（1609年）巴蜀大旱，次年“全蜀荒旱，殍死無數”。降及清初順治元年（1644年），“成都大雨雹”，以後又是連年大旱，“饑民大逃亡，百裏無煙，都江堰淤廢”。且水旱災害與瘟疫、兵災、匪患相互交織，“大旱大饑大疫，人自相食，存者萬分之一”。至於千古未聞之奇禍虎災，有記載說：清初川北南充一帶“群虎自山中出……縣治、學宮俱為虎窟”；川南富順縣境內“數年斷絕人煙，虎豹生殖轉盛，晝夜群遊城廓村圩之內”；川東綦江縣則“群虎白日出遊，下城樓窺破殘人戶”。
其次，戰亂。明清之際巴蜀地區的戰亂紛爭，自明崇禎七年（1634年）張獻忠率農民起義軍由湖北經長江三峽入川，後又自川東翻越大巴山北上陝西開始，至康熙十九年（1680年）清兵平定“三藩之亂”首惡吳三桂所部駐川叛軍為止，曆時將近半個世紀。值此期間，曾三次入川的張獻忠農民軍與明軍、明軍與清兵、清兵與南明軍隊以及清軍與吳氏“西府兵”先後大戰20餘次，小戰不可勝數，致使巴蜀境內“蕩為血肉之場”。其中，既有“八大王”張獻忠的成都、丹陵、峨眉、順慶、邛州之屠，也有明、清軍隊的濫肆殺戮，如《蜀記》說：清順治四年（1647年），幾經戰亂後。“成都殘民多逃雅州，采野菜而食，亦有流入土司者，死亡滿路，屍才出，臂股之肉少頃已為人割去，（官兵）雖斬之不可止。”及至清兵入據成都時，城內“殘民無主，強者為盜，聚眾掠男女，屠為脯。繼以大疫，人又死。是後虎出為害，渡水登樓，州縣皆虎……”而當清兵退出之際，又“驅殘民千餘北去，至綿州，複盡殺之”，致使“成都之人，竟無遺種”。
再次，匪患。明清之際的巴蜀匪患，也是一大禍害。其中尤以川東股匪“搖黃”最為凶悍。“搖黃”之起，始自明末，史稱其以“通江、達州、巴州為巢穴，而蔓延於嶽池、廣元、定遠、合州、巴縣。凡川東之北岸，任其出沒。擄掠人口，則責人取贖。當耕種時，則斂兵暫退，及收成後則複來。因土人強悍，鄉兵四起，相約殺賊，而賊遂逢人即殺”。又說：“（搖黃）惟川北、川東諸州縣恣意去來……久之，數百裏寂無煙火，燕巢林上，虎入城市”。延至清初順治二年（1645年），“搖黃賊屠巴州、通江、東鄉、太平、達州、梁山、新寧、開縣各地方，人煙俱絕”。
由此可見，明清之際巴蜀人口的銳減，乃是由天災人禍等錯綜複雜而又相互交織的多重因素造成，其中最根本殺傷力也最大的，又是由各種社會矛盾激化所引發的戰亂紛爭，而絕非“八大王剿四川”一句話所能包蘊得了。然而無論怎麼說，到了清朝初年，巴蜀境內的總人口和漢族人口都已降到了曆史的最低值，隨之而來的是所謂“湖廣填四川”的大規模移民活動的興起。
清初外地人戶徙居巴蜀的移民活動，據研究最先是從就地招徠流民而發端，以後才轉為從區外招募移民入川，原因都是為了增加賦稅收入以緩解地方財政的嚴重不足。其時間上限，以往學術界多認為肇自順治十年（1653年）清政府頒布“四川耕地，官給牛種，聽兵民開墾，酌量補還價值”和“凡拋荒田地，無論有主無主，任人盡力開墾，永給為業”等鼓勵措施之後。但有資料表明實際上還要更早，如順治七年四川巡撫張瑃在其《揭帖》中便曾說道：“竊照川中見有保寧、順慶二府……自獻逆、搖黃大亂，殺人如洗，遍地無煙。幸我大清恢靖三載，查報戶口，業已百無二三矣。方圖培養生聚，漸望安康。奈頻年以來，城市鞠為茂草，村疃盡變叢林，虎種滋生，日肆吞噬。據順慶府附郭南充縣知縣黃夢卜申稱：原報招徠戶口人丁五百零六名，虎噬二百三十八名，病死五十五名，見存二百一十三名；新招人丁七十四名，虎噬四十二名，見存三十二名。造冊具申到職……”據此，最遲不晚於順治七年，在清軍的控製區內，部分州縣已開始著手就地招徠流民歸籍入編，然而限於戰亂未息且天災正熾，故收效甚微。