《考注》為森本長編之作，正文凡4卷，其中序錄1卷，卷上、中、下各1卷。其中各論3卷，每卷又析分為部分，每部分標題為卷上之一卷上之二卷上之三等。
《考異》三品分類及藥物排序與森本全同。在卷中與卷下之間，插人新補白字藥八種，補入上品千歲棊汁1種；中品陟厘1種；下品占斯、蕈草、弋共、鼠尾草、練石、襄草種。其後又有小字：此餘今黑字藥中出處文與白字藥同文者：惡實、五色符、赤赭、石脾、蔥實、青雌。
《考異》有自序一篇，末題：安政五年化，歲次戊午二月廿日五更燈下書，枳園拙者源立之。在序中，森立之用了很大篇幅總結《本草經》文例規律，其中不乏發明創見,其略雲：
至於藥名多是上古俗稱，如王不留行、肉縱容、百合、百部、敗醬、白鮮、羊躑躅、淫羊藿、溲疏、蚤休之類，皆是野語。蓋藥名多取貴賤所通知，故俗之所同稱為本名。所以與《爾雅》《毛詩》不相合也。
有以一類別種為一名者，其物雖異，但以其同功，遂為一名也。如雁肪一名鶩肪，莧實一名馬莧，款冬一名橐吾，蛞蝓一名陵蠡之類是也。
有副品在本條中者，惟舉主治而不舉氣味，如蔥實條中之薤，大豆黃卷條中之赤小豆，鹵鹹條中之戎鹽，桑根白皮條中之五木耳之類是也。
凡諸藥記出處，其例有七，日山穀、日川穀、日川澤、日池澤、日平澤、日平穀、日平土是也。他如桑螵蛸生桑樹上，蚱蟬生楊柳上，雀甕生樹枝間，皆為隨處所生，則不在此例。或日舊亦有山穀等語，後脫之，恐不然也。但貝母、竹葉、冬葵、五加、腐婢、因陳、白膠、鹿茸、豚卵九條並不載所出，則明係缺脫。麻黃、厚樸、澤蘭三條，則《證類》不載所出，而《禦覽》所引尚有之，亦明是為脫，今據補正。三品位階今據《醫心方》、《真本千金方》所載七情條例為定，二本所不載，據《新修本草》補之。至於每藥次序不可複知，則姑隨三品等級為定。通計凡三百六十五種。雖不合上中藥各百二十種，下藥一百二十五種之數，然若以副品八種合並，則亦得三百六十五種，記見目錄末。
有白字黑字其名同而其物不同者，腐婢、白瓜、葳蕪之類是也。又有陶注與蘇注其說自異者，石龍芮、雲實之類是也。有《拾遺》與《蜀本》其物不同者，漏蘆、旋花之類是也。皆同名而異物，訛混為一，是不可不正也。
凡日用食物，酒、醋、粳、麥之類，皆白字所不載，其自非食料外多皆藥物，就中舉其最有力效者。此與《爾雅》釋草不收凡種而收異種，有山韭、山蔥、兔葵、雀麥，而無韭蔥葵麥一例。蓋天下自有可食之物，亦有一種不可食之物，五色芝與紫芝，萑菌與雷丸，署豫與狗脊，栝樓與土瓜之類是也。乃鳥獸類有在人間者，亦有一種在野外者，家雁與野雁，鶩與鳧，家豬與野豬，鹿與零羊，蝙蝠與天鼠之類是也。又一類中有極大者，亦有極小者，石英、貝子、苦瓠、蝦12蟆、吳公之類是也。是等亦不可不究也。
凡藥名草類從艸，木類從木，蟲類從蟲，魚類從魚之類，多是俗字，《說文》亦間有之，為輒從。
森序又專論藥名之聲音緩急，指出《本草經》藥名其間有古字古義足以訂《說文》之誤，序雲：
舍字而取音，舍音而取聲，蓋四聲元是一聲，就聲而得字，就字而得義，有義而後有方言，方言亦有緩急顛倒之不同，錯綜考究，而後始可以得其本義，是吾一家之讀法也。今舉出其一二，山薊字《本經》作術，與《爾雅》合，而《說文》秫稷之黏者或作術，術即為秫之古字。山薊之根黏液甚多，故以名術，乃假黏稷字以為草名也。而《說文》別有茉，以分黏稷字，今竊目之為晚近俗篆也。參之為言三也，蓋此草三椏，不與凡草類，故單名參，其根人形，故亦名人參，以分其他五參也。而《說文》作寖，雲人寖藥草出上黨。說者謂寖為本字，參為假借。今從參得義，而他書未見用寖者，則蔆字亦當為晚近俗篆也。
蠡實之蠡，為分解之義，蓋其實熟則三裂分離，故以名，而《說文》乃作荔，此亦當與茱、蔆等一例。可見《本經》古字古義全然具存，足以訂《說文》之誤，此類甚多。
序中森立之還對森本引據文獻的出處作了若幹補充說明：
凡所引諸書皆係李唐以上之說，趙宋以後斷不複取，但《太平聖惠方》《太平禦覽》二書存唐以前遺文，今引用之，共依楓山禦庫所藏宋版。至於《聖惠方》藥味分量及方後之文，悉改換舊麵，乃《禦覽》亦間有引用晚近諸書者，皆係宋臣所增，非可為一例也。
今所依據《證類本草》大全本，則為元大德壬寅刊本，政和本則為明成化戊子重雕元大德丙午刊本，共為善本，宋板今無傳本，則舍是無可據。大全元板避孝宗嫌名，則知其原出南宋刊本也。
竊惟古昔聖帝，屢通使於李唐，而唐人亦時來朝於我，以故一切製度衣服車器無不依仿也。在延喜間深根輔仁撰《本草和名》，直以我名充彼名，其無國產者，則書一唐字，亦皆有所受而言也。承平中源順著《和名類聚抄》多據輔仁書，而間或引用弁色立成《漢語抄》二書。至嘉元、正和間梶原性全撰《頓醫抄》《萬安方》二書，其所引用猶是《新修本草》真本。凡此皆其卓卓可尊奉者矣，故今亦據以為征原。
全書之末又有森立之丁已化了臘月十二日所作跋語：
"《本草經考注》起稿於天寶關己，方在廿五年前，而落魄相陽十餘年，殆廢披閱。嘉永庚戌，再補綴。夜以繼日，草稿始成，然未免魯魚之訛，當不日而脫稿矣。曩刻《本草經》，今《考注》亦成，不耐歡喜，因錄其始末如此。
今據《考注》序跋，知此書實完成於1857、1858年左右，距其1854年日本嘉永四年刊行《本草經》輯本僅3年，馬繼興《神農本草經輯注》謂《考注》成於1892年1~，實謬。