進化論的發表猶如一塊巨石落水掀起巨瀾，引起了人們的激烈爭論，就連一些科學家也接受不了這一革命的理論。曾經當過達爾文老師的地質學家塞治威克對達爾文說：“讀了你的書我不是感到愉快，而是痛苦，書中的一部分材料讓我感到很可笑，另一部分又使我十分擔憂。”
赫胥黎首先把進化論用到人類的起源上，推測人類是由類人猿變來的，人和猿有共同的祖先。
海克爾則最早提出了動植物的係統樹，並標明了人類的來源和人種的分布。
進化論的最大反對者還是來自科學界外的宗教界，因為進化論否定了上帝創造物種，矛頭直指神聖的上帝，動搖了神學的基礎，因此遭到了宗教界的圍剿。
1860年6月28日，在教會和一些保守科學家的策劃下，英國科學協會在牛津大學召開了為期3天的討論會，名為討論達爾文學說，實際則是攻擊進化論，牛津大主教威爾伯福斯就公開宣稱“要粉碎達爾文主義”。
6月30日，討論會達到了高潮。會議原定在會議廳召開，由於人太多，不得不轉移到圖書閱覽室。
能言善辯、號稱“油嘴山姆”的大主教威爾伯福斯親自出馬。他指責達爾文的進化論違背神聖的教義。他自以為聰明地說：“按照達爾文的進化論，一切生物都起源於某些菌類，那麼人類和蘑菇就有親緣關係了？”他並挑釁地說：“請問坐在我身旁的赫胥黎教授，究竟是你的祖父還是祖母哪一方同猿猴發生了血緣關係？”
大主教的話頗能盅惑人心，在聽眾們興奮的大喊大叫聲中，赫胥黎從容不迫地站起來應戰。他沒有理睬大主教的人身攻擊，而是用大量的事實有力地反駁了大主教那些缺乏科學根據的胡言亂語。赫胥黎最後以這段廣為流傳的話結束了他的長篇發言：“一個人沒有任何理由因為他的祖先是無尾猿而羞恥。如果有人使我在回憶起他時感到羞恥的話，那就是這樣一個人，他有浮滑善變的性格，他不滿足於在自己範圍內取得的令人懷疑的成功，還要去插手他並不了解的科學問題，用花言巧語、文不對題的議論和宗教偏見來掩蓋真理。”
赫胥黎的發言一結束，立即引起了人們的熱烈的掌聲。接著，虎克發言，用事實抨擊了大主教在科學上的無知。
這場論戰以教會的失敗、進化論的勝利而告終。
鬥爭並沒有結束。達爾文經常收到恐嚇信和謾罵信。但達爾文沒有退縮，他在給朋友的信中寫道：“我已下定決心，裝好自己的鎧甲了，我將勇敢地迎接艱苦而長期的鬥爭。”
1871年，達爾文又發表了《人類的由來和性的選擇》，指出了人是動物長期發展的產物，把人放到物界中應有的位置上，粉碎了宗教中有關人是宇宙中心的神話。
達爾文的進化論終於為越來越多的人所接受。
1877年，達爾文的母校劍橋大學決定授予達爾文榮譽學位，以表彰他對人類作出的傑出貢獻。就在慶祝大會上，還有幾個人高舉一隻猴子想以此侮辱達爾文。達爾文鎮靜自若，繼續發表講演。在全場聽眾暴風般的掌聲中，一小撮搗亂分子反而弄得灰溜溜地抬不起頭來。
達爾文的進化論得到了無產階級革命導師馬克思、恩格斯的高度評價。
馬克思讚揚道：“達爾文的著作非常有意義，這本書可以作為我研究曆史上階級鬥爭的自然科學根據，”並把他著的《資本論》第一卷題贈給達爾文，書頁上寫道：“贈給查理·達爾文先生。您真誠的欽慕者卡爾·馬克思。”
恩格斯將達爾文的進化論譽為19世紀三大自然科學發現之一（細胞學說、能量轉換定律、進化論）。他在馬克思墓前哀悼馬克思時曾說：“正像達爾文發現有機界發展規律一樣，馬克思發現了人類曆史的發展規律。”