達爾文的進化論打破了生物學中被神學盤踞的最後一個頑固堡壘，推翻了那種把物種看作是彼此毫無聯係的、偶然的、神造的、不變的觀點，給生物學乃至整個自然科學的發展帶來了一場革命。
但是，由於科學技術發展水平的限製，達爾文的進化論也有不足和局限性。他雖然揭示了生存鬥爭、自然選擇、適者生存的原理，然而對於變異的原因並沒有真正搞清楚。達爾文自己也很坦然地說過：“關於變異的規律，我們實在是深深無知的，我們能夠說明的這部分或那部分發生變異的任何原因，恐怕還不及百分之一。”
隨著遺傳學、分子生物學的發展，人們已經弄清楚了變異的物質基礎是基因，對染色體上某個基因，甚至基因上某個威基變化給生物體帶來的影響開始有所了解。人們不僅從生物形態的宏觀水平，而且開始從細胞水平、分子水平去探索生物的進化。
100多年來，達爾文的進化論經受住了種種考驗，而且它還不斷地從現代科學的發展中汲取營養，豐富、發展、完善，進化論也在不斷進化中。