在軟體動物中，雙神經綱是比較原始的，因為它的體製左右對稱、次生體腔比較發達，保留著原始的梯形雙神經係統。腹足綱是比較低等的類群，因為它具有類似環節動物的擔輪幼蟲或相似的麵盤幼蟲階段。瓣鰓綱動物最顯著的特征———呼吸係統的鰓是瓣狀鰓。以現生的河蚌為例，每一片瓣狀腮就是一個鰓瓣，它是由兩片腮小瓣構成，在外側的一片稱外鰓小瓣，在內側的一片稱內腮小瓣。每一腮小瓣由許多的鰓絲構成，在鰓絲表麵有纖毛，內部有血管，還有許多的小孔。在鰓小瓣之間的空隙有瓣間隔的橫膈膜分隔開，形成許多鰓水管。由於纖毛的擺動，水由進水管進入外套膜後，由入鰓小孔進入鰓水管，再上升到鰓上腔，最後經過出水管流出體外。在水流過鰓絲的過程中，鰓絲內的血液已完成氣體交換。這類動物具有兩個外套膜，因而有兩瓣外殼，它們的低等種類足的底部寬平，匍匐而行，發育過程也出現擔輪幼蟲，所以他們有可能與腹足類出自一個共同的祖先。頭足綱動物的身體結構高度發達，腦、眼及循環係統等都是軟體動物中最高級的，在地層中最早發現的軟體動物也是頭足動物，可能由於適應快速活動的社會方式，進化較快，向著特化的方向發展了。
軟體動物們的分類與結構特征
我國早在公元前2200多年前就有關於淡水育珠的曆史記載，廣西合浦充珠自古就很有名，采摘開始於漢代。淡水育珠的主角河蚌就是軟體動物的代表。軟體動物是無脊椎動物的一門，為動物界的第二大門，通稱“貝類”。該門動物共有10餘萬種，分布廣泛，從寒帶，溫帶到熱帶，從海洋到河川、湖泊，從平原到高山，到處可見。
本門動物可分為七綱，其中瓣鰓綱、腹足綱、頭足綱種類多，分布廣，藥用價值大。其他綱，即無板綱、多板綱、單板綱、掘足綱多為海產，現尚無藥用的記載。下麵重點敘述前三綱：
瓣鰓綱：本綱動物全是水生，大多數為海產，少數為淡水產。其身體側扁，左右對稱，有兩扇貝殼。頭部退化，無觸角及感官，故又稱無頭類。足部發達，呈斧頭狀，故又名斧頭類。鰓發達，呈瓣狀，因此而得名瓣鰓綱。本綱動物的神經係統較簡單，由腦側、髒、足三對神經節及其相連的神經索構成。心髒有一個心室和兩個心耳，腎一對，一端開口於圍心腔，另一端開口於外套腔。多數為雌雄異體，少數為雌雄同體。發育過程中，有擔輪幼蟲期和麵盤幼蟲期。
腹足綱：腹足綱是貝類中最大的一綱，約有8.8萬種，僅次於昆蟲綱，為動物界第二大綱。本綱動物的主要特征為頭部和足部左右對稱，但其內髒卻是左右不對稱，這是腹足綱有別於其他軟體動物的重要特征。內髒囊一般呈螺旋形，藏在螺旋形的貝殼內。一側的器官多退化，因此其鰓、心耳、腎髒大多隻剩下一側。本綱動物的頭部發達，有觸角、眼等感覺器官。神經節在咽上下集中，心髒有一個心室，一或兩個心耳。口腔內具齒舌。雌雄同體或異體。海洋、淡水和陸地均有分布。
頭足綱：本綱是軟體動物中最高等的類群，體左右對稱。貝殼多為內殼或退化，僅少數種類具外殼。頭部發達，有很完善的眼，足特化成口腕8～10條，圍於口周，故稱頭足類。外套膜肌肉發達，左右愈合成囊狀的外套腔。足的基部形成漏鬥，是外套腔與外界相通的孔口。頭部神經節集中成腦，有軟骨保護。心髒有兩個或四個心耳。多數種類在內髒腹側具墨囊。雌雄異體，直接發育。全為海產。
軟體動物的形態結構變異較大，但基本結構是相同的。身體柔軟，無體節，身體一般可分為頭、足、內髒囊、外套膜和貝殼五部分。頭部位於身體的前端。運動敏捷的種類，頭部分化明顯，其上生有眼、觸角等感覺器官，如田螺、蝸牛及烏賊等；行動遲緩的種類頭部不發達，如石鱉；穴居或固著生活的種類，頭部已消失，如蚌類、牡蠣等。足部通常位於身體的腹側，為運動器官，常因動物的生活方式不同而形態各異。有的足部發達呈葉狀、斧狀或柱狀，可爬行或掘泥沙；有的足部退化，失去了運動功能，如扇貝等；固著生活的種類，則無足，如牡蠣；有的足已特化成腕，生於頭部，為捕食器官，如烏賊和章魚等，稱為頭足；少數種類足的側部特化成片狀，可遊泳，稱為翼或鰭。囊為內髒器官所在部分，常位於足的背側。多數種類的內髒左右對稱，但有的扭曲成螺旋狀，失去了對稱形，如螺類。外套膜為身體背側皮膚褶向下伸展而成，常包裹整個內髒囊。外套膜與內髒囊之間形成的腔稱外套腔，腔內常有鰓、足以及肛門、腎孔、生殖孔等，開口位於外套腔。外套膜由內外兩層上皮構成，外層上皮的分泌物能形成貝殼，內層上皮細胞具纖毛，纖毛擺動，造成水流，使水循環於外套腔內，借以完成呼吸、排泄、攝食等。左右兩片套膜在後緣處常有一二處愈合，形成出水孔和入水孔。有的種類出入水孔延長成管狀，伸出殼外稱為出水管和入水管。