保護區內有昆蟲30目（含蜱蟎亞綱）245科1425種。在福建閩江源自然保護區已知的昆蟲中，金裳鳳蝶等8種被列入《國家保護的有益的或者有重要經濟、科學研究價值的陸生野生動物名錄》（簡稱“三有名錄”），也有些是重要的森林害蟲或有益昆蟲。
保護區內有大型真菌38科156種，估計有300種以上，野生食用菌資源十分豐富，紅皮美口菌、正紅菇、梨紅菇、高大環柄菇等珍稀種類具有較高的經濟價值。
福建閩江源自然保護區有微生物資源18科34屬59種，其中，芽孢杆菌屬、鏈黴菌屬和小單胞菌屬是細菌和放線菌的優勢屬；芽孢杆菌在不同群落中均有廣泛分布，數量範圍在103—104之間；土壤絲狀真菌優勢屬為青黴屬和木黴屬。植物內生真菌以青黴屬、擬青黴屬和枝孢屬為優勢屬。
福建閩江源自然保護區成立於1998年，於2001年10月被批準為省級自然保護區，麵積為13022 hm2，其中核心區麵積4633 hm2，緩衝區麵積3441 hm2，實驗區麵積4948 hm2，並按此確定保護區界碑標誌，2003年按此麵積申報國家級自然保護區。2004年5月申報國家級自然保護區全票通過國家林業局初審，2004年12月全票通過國務院委托國家環保總局組織的國家級自然保護區的評審。
二十九、廣東南嶺國家級自然保護區
位於廣東省乳源、連縣、陽山三縣境內，麵積53067公頃，由1984年建立的乳陽、大頂山、大東山、稱架山四個省級保護區合並組成，並於1994年晉升為國家級，主要保護對象為亞熱帶森林和珍稀動植物。
本區地處南嶺山脈中心地帶，保存有較完整的亞熱帶常綠闊葉林、山頂矮林、針葉林等森林植被。區內動植物種類極其豐富多樣，孕育著許多以南嶺為起源中心和分化中心的特有的動植物種。區內高等植物有1417種，其中國家重點保護植物24種；動物中有哺乳類70種，鳥類125種，兩棲爬行類41種，其中國家重點保護動物23種，並為華南虎的主要棲息地之一。保護區豐富的物種資源和複雜的亞熱帶森林植被，是南嶺森林生態係統的核心和精華，具有重要的保護價值和科研價值。
三十、廣東鼎湖山國家級自然保護區
位於廣東省肇慶市境內，麵積1133公頃，1956年經國務院批準建立，是我國建立的第一個自然保護區，1980年加入聯合國教科文組織國際“人與生物圈”保護區網，主要保護對象為南亞熱帶常綠闊葉林及珍稀動植物。
本區地處熱帶北緣，是中國南亞帶季風常綠季雨林保存比較完整的地區。區內的天然森林為世界上特殊的森林類型之一，林中動植物資源豐富，種類繁多，高等植物有2400多種，屬於國家重點保護植物的有桫欏、蘇鐵、格木、野荔枝、雞毛鬆等數十種。本區特有植物種類亦較多，單以鼎湖山命名為“模式標本”產於此地的植物就有20多種。保護區內複雜的森林植被和豐富的食源，為各種動物棲息和繁殖提供了理想的場所，高等動物有100餘種，屬於國家重點保護動物的有豹、蘇門羚、蟒等。該保護具有很高的科研價值，是開展生態係統定位研究的理想場所。
三十一、廣東湛江紅樹林國家級自然保護區
位於廣東省湛江市境內，麵積1.9萬公頃，1990年經廣東省人民政府批準建立，1997年晉升為國家級，主要保護對象為紅樹林生態係統。
本區地處雷州半島，受熱帶海洋氣候的影響，沿海灘塗上分布著較大麵積的紅樹林植被，其中紅樹植物有12科、16屬、17種，是除海南島外我國紅樹植物種類最多的地區。此外，保護區內擁有數量和種類眾多的鶴類、鸛類、鷺類等水禽及其他濕地動物，據初步統計，僅鳥類就有82種，其中留鳥38種、候鳥44種。湛江紅樹林保護區作為我國現存紅樹林麵積最大的一個自然保護區，在控製海岸侵蝕、保持水土和保護生物多樣性等方麵發揮著越來越重要的作用。
三十二、廣西花坪國家級自然保護區
位於廣西壯族自治區龍勝、臨桂兩縣交界處，麵積17400公頃，1961年經廣西壯族自治區人民政府批準建立，1978年晉升為國家級，主要保護對象為銀杉及中亞熱帶常綠闊葉林。