1962年初，黃現璠摘掉右派分子帽子，重登大學講壇後，有感於當時廣西師院曆史係學生在古文基礎知識上過於薄弱，為了提高學生對古文解讀的能力，他在授課之餘，撰述了《古書解讀入門》一書，自費托師院教材部油印500冊，相繼分送給學生，以便加強學生的古文基礎知識，黃現璠把古文字學、考據學當作曆史學中十分重要的治學方法，由此可見一斑。
新中國成立後，黃現璠研究的重心轉到少數民族史上，尤對本民族（壯族）史傾注入心血，十分重視收集殘存於少數民族地區及土司手中的原始史料。這是因為少數民族一般保存著語言，而少有文字，曆代有關少數民族文化、曆史記載的書籍大都為漢語書籍，其記載頗多歧視歪曲及訛傳。這就使得從事少數民族史研究尤為困難，須作實地調查，收集第一手資料。為此，1943年8月，他帶領中山大學學生到廣西龍勝、三江等縣，1945年4月，帶領廣西大學學生，組成“黔桂邊民考察團”赴貴州榕江大有鄉一帶，同年9月，帶領助手到廣西融縣，分別考察了黔桂邊區少數民族生活、教育、行政、婚姻等方麵狀況。三次曆時約1年之久，與“蜷伏於荒山長穀之中，度其黯淡非人生之生活”的少數民族同吃同住、食不飽腹、夜無臥具，十分艱辛地收集到大量原始史料。後將一部分整理成文，以《黔桂邊民教育散記》、《黔桂邊民社會組織的民主政治》為題，連載於《廣西日報》（桂林版）上，還將考察情況當麵向廣西省政府主席黃旭初彙報，提請政府改善其落後狀況。1951年6月，黃現璠參加中央民族訪問團，任廣西分團副團長，與團長費孝通教授等一行，深入廣西少數民族地區慰問，了解到壯族在廣西的實際分布情況，並獲得有關史料。1953年6月，他在桂西壯族自治區人民政府和文教局的大力支持下，在西大校長楊東蓴的配合下，組成並帶領“廣西曆史文物工作組”深入到宜山、南丹、河池、羅城等縣調查，收集到大量的第一手資料，以其中一部分整理出“羅城、河池縣少數民族情況調查報告”，呈報區人民政府，成為桂西壯族自治區製定各少數民族經濟、文化教育事業發展規劃的重要參考資料。1956年8月，他受全國人大之托，參與組建廣西少數民族社會曆史調查組，任副組長兼壯族組組長，實際負責全組工作，領導開展了廣西有史以來第一次大規模的、全麵的少數民族曆史調查工作，收集到大量原始資料，並整理提交了數十萬字的調查報告，力陳把廣西省改為廣西壯族自治區的必要性，從理論上為廣西的民族自治規劃提供了依據。1979年末和80年代初，“他以八十歲的老邁之軀，拄著拐杖，領著他的學生和助手，到本區的百色、靖西、寧明等地，還到了四川省的一些地方，去進行綜合考察並搜集資料。”從40年代中期至80年代初的約30餘年間，他曾大小數十次帶隊深入到廣西各少數民族地區考察，足跡踏遍整個廣西境內，收集到大量第一手史料，這為他解放後寫作有關少數民族史記以及出版《廣西壯族簡史》、《儂智高》、《壯族通史》作了充分的史料準備。就資料收集方法上而言，他不僅注意收集殘存於民間的文獻史料，還十分注意抄錄散見於各少數民族地區的石碑刻文以及詳細筆錄民間的口頭傳說、詩歌，對各少數民族地區的人口、生產、生活、教育、婚姻等方麵的現狀進行調查統計。就資料鑒別取舍上而言，他十分重視作綜合分析，將到手的資料與當時的曆史背景、社會狀況以及典章製度互相參證，仔細審別，力求材料的真實性。
解放後，我國史學界幾乎存在著一個禁區，即“我國古代曆史分期，將殷商劃分為奴隸社會，眾議僉同。換言之，中國民族曆史必然經曆過奴隸社會，好像已成了定案，甚至成為禁區，使人望而生畏，噤若寒蟬，無人敢持異議”。針對這個重大史學問題，黃現璠自30年代留學日本時常與郭沫若討論。當時，他與郭氏觀點一致，即認為“凡是對人身完全占有的可以生殺予奪的即為奴隸社會，對人身半占有，即隻占有勞動力不可任意殺戮的為封建社會”後經過深入研究，他改變了自己過去的觀點，認為奴隸製與奴隸社會存在區別，奴隸製並不代表奴隸社會。認識到劃分社會性質的標準從生產關係著手更易明確，而不是過去所主張的從勞動力著手。50年代，他常在赴北京開會之時就此問題與郭沫若商討，但郭氏的主張已成為史學界公認的權威觀點，無人敢持異議。
1979年在黨中央號召思想解放，提倡實踐是檢驗真理的標準的精神鼓舞下，他將對此問題30年研究所獲和深思熟慮，撰寫成文，三易其稿，經過諸多曲折，終於在《廣西師範學院學報》1979年第2、3期得以連載。
1981年5月，在《中國社會科學》第3期上，經史學家田居儉整理，予以摘介。在此鼓舞下，同年10月，他完成《中國曆史沒有奴隸社會》的編著。他認為我國古代根本沒有奴隸社會，提出了漢族曆史應重新分期的新主張，他認為漢族曆史分期是這樣的：古代——原始共產社會；殷至戰國——領主封建社會（殷商為領主封建社會雛形，周代為領主封建社會典型，春秋、戰國為領主封建社會解體）；秦、漢至鴉片戰爭——地主封建社會（其中分若幹階段再說）。漢族如此，少數民族也是如此。他認為我國境內的少數民族，絕大多數也都沒有經過奴隸社會。