馮異是劉秀的得力大將，戰功卓著，被列入“雲台二十八將”。馮異為人謙恭，當劉秀手下的其他將領爭述功勞的時候，他總是在大樹下靠著休息，從不參與其中，因此得到“大樹將軍”的美名。
馮異最初在新莽朝任職，為王莽守父城。劉秀率綠林軍攻打父城，久攻不下。一次，馮異出城巡視所屬各縣，被綠林軍捉住。當時劉秀的部下中有人了解馮異的才能，便將馮異推薦給了劉秀。劉秀召見馮異，與之交談，馮異見劉秀舉止不凡，說：“馮異一介匹夫，不足以左右強弱。我的老母親還在城中，如果讓我回去，願意以五個城池前來歸附。”馮異回到父城之後，與一起守城的將領商量歸降一事，商量已定，可劉秀已經率兵而去，此事隻得作罷。之後，綠林軍十幾撥將領輪番攻打父城，都遭到馮異的頑強抵抗。後來劉秀再次經過父城時，馮異當即開城迎接。
歸附劉秀後，馮異多次獻計，先是幫助劉秀脫離更始帝的控製，使得劉秀得以巡河北。到達河北後，劉秀又聽從馮異的建議，大力體恤百姓。之後在劉秀被王郎懸賞捉拿而陷入困境時，馮異一直跟隨左右，並在劉秀饑寒交迫的時候奉上令其終生難忘的豆粥和麥飯。因此，馮異深得劉秀的信任，而最讓劉秀仰仗的，還是馮異出色的軍事能力。
公元25年，劉秀在河北鄗城的千秋亭登基稱帝，定都洛陽，建立東漢政權。此時，赤眉軍擁立傀儡皇帝劉盆子，督兵三十萬攻打占領關中的綠林軍。更始帝調兵遣將，嚴陣以待，但是仍沒能抵擋住赤眉軍的進攻。不久之後，更始帝請降，綠林軍由此覆沒。起初，劉秀得知綠林軍和赤眉軍兩支勢力最大的起義軍激戰，立即派大司徒鄧禹領兵進入關中，以觀時變。赤眉軍擊敗綠林軍後，開始向長安的鄧禹發動攻擊，迫使其退出長安。
鄧禹和赤眉軍屢戰不勝，聲望逐漸降低，許多歸附他的人都漸漸離他而去。鄧禹對赤眉軍無能為力，隻得退出長安。於是，劉秀任命馮異為征西大將軍，去關中接替鄧禹討伐赤眉軍。馮異接受命令，率軍西入關中，一路上傳播威望和信譽，許多盜賊紛紛歸降。
馮異率領的軍隊在華陰遭遇赤眉軍，兩軍對抗六十多日，激戰幾十個回合，雙方均無大損。鄧禹因為自己肩負重任卻沒有建立任何功勞，感到非常羞愧，多次率領疲憊的士卒勉強對赤眉軍發動進攻，但總是吃敗仗。於是他率領車騎將軍鄧弘與馮異會合，要求一同攻打赤眉軍。馮異說：“我與賊軍對峙已經有幾十天，雖然多次擒獲敵將，但賊軍餘眾尚多。可以用恩德信義逐漸瓦解他們，很難憑武力一舉將他們打敗。皇上現在派遣諸將屯紮在黽池扼住敵軍的東麵，而我則率軍攻擊敵軍的西側，定能一舉蕩平賊軍，這是萬全之計。”