還有大部分的爬行動物是卵生動物，它們的胚胎由羊膜所包覆。然而，也有許多有鱗目能夠直接生下後代，這就是胎生。大部分的胎生爬行動物都有不同形式的胎盤為胎兒提供養分，類似哺乳類的方式。它們通常提供剛出生幼體適當的初步照顧。
5.爬行動物的身體構造
現在我們來具體講講爬行動物的呼吸係統、排泄係統、神經係統和生殖係統。
①呼吸係統
所有的爬行動物都用肺髒呼吸。水生烏龜發展出具滲透性的皮膚，某些爬行動物可用泄殖腔來增加氣體交換的麵積，但它們仍需要肺髒來完成呼吸作用。在各個主要的爬行動物種類之間，完成肺部換氣的方式各具特色。有鱗目爬行類的肺部幾乎隻借由軸肌換氣，而這個肌肉也同時用於運動，可謂“一箭雙雕”。因為這個限製，大部分的有鱗目爬行類必須在激烈的移動中停止呼吸。但是，有些爬行類動物找到了解決方法。巨蜥以及一些其他的蜥蜴物種使用喉嚨肌肉來補足原本的“軸呼吸”。這使得這些動物可以在激烈運動中為肺部完全充氣，所以可以持續進行有氧呼吸很長一段時間。據了解雙領蜥具有的原生橫隔膜可將胸腔和腹腔分開來。即使此膜不能動，它還是能借著將內髒的重量和肺分開而增加肺的吸氣量。鱷魚其實擁有和哺乳類動物相似的有肌肉橫隔膜。迄今為止，隻有少數物種已經被深入研究，比如了解烏龜如何呼吸。其結果表明，海龜及陸龜分別找到了不同的方法來解決這個問題，它們各有各招。比如北美的箱龜，運動期間還可繼續呼吸，而且其換氣的周期並不與肢體動作相關。它們可能是利用其腹部肌肉在運動中呼吸。當然大部分的爬行動物缺乏這種“特異功能”，所以當它們進食或移動時，無法同時呼吸。
②排泄係統
爬行動物的排泄係統主要借由兩顆腎髒。雙孔動物所排泄的主要含氮廢物是尿酸；而烏龜主要排泄尿素，類似哺乳類。不像哺乳類與鳥類的腎髒，爬行動物的腎髒不能夠製造尿液，尿液可以儲藏更多的身體廢物。這是因為它們缺乏鳥類與哺乳類所擁有的腎元，因此許多爬行動物使用它們的結腸與排泄腔來再度吸收水分。有些爬行動物甚至可利用膀胱來取得水分。有些爬行動物的鼻部與舌部具有鹽腺，可以儲存額外的鹽分，這些都是它們進化的結果。
③神經係統
爬行動物與兩棲類的腦部相比較的話，具有相同的基本部分，但它們的大腦與小腦稍大。爬行動物的感覺器官多發育良好，除了少部分物種，例如蛇缺乏外耳，但仍具有中耳與內耳。爬行動物具有12對腦神經。
④生殖係統
除了陸龜與海龜以外，大部分的雄性爬行動物具有成對的管狀性器官，我們把這稱為半陰莖。陸龜與海龜則具有單一陰莖。所有的龜鱉目皆為卵生動物，而某些蜥蜴與蛇是卵胎生或胎生動物。爬行動物借由泄殖腔來交配、繁衍；泄殖腔位於尾巴基部，可用來排泄與繁殖。對於某些有鱗目物種而言，雌性個體若達到一定的數量，它們便能自行複製出單性染色體。這種無性繁殖方式稱為孤雌生殖。目前我們知道的已有數種壁虎、美洲蜥蜴科以及蜥蜴科、被封閉的科莫多龍具有孤雌生殖能力。當然除了以上物種以外，變色龍、飛蜥科、夜蜥蜴科以及脊尾蜥科，也被推測具有這種“特異功能”。