長期來以，人類的起源、宇宙的起源……乃至鳥類起源等，一直是科學家們夢寐以求希望解決的世界難題，特別是關於鳥類起源的假說，更可謂是熱門話題。
1.始祖鳥引起的爭論
早在18世紀，就已流傳有“鳥類是由魚類進化而來”的傳說：“魚翅變成了羽根，幹枯的鱗片變成了羽毛，皮膚變成了一層軟毛，鰭變成了腳”傳得頗為生動，但在19世紀中葉，科學家們雖已發現並注意到，鳥類與爬行動物有許多相像之處，但卻沒有任何證據可以證實兩者之間的聯係。
1861年，在德國巴伐利亞古代環礁湖河床的石灰石中，人們發現了始祖鳥化石。達爾文的朋友、自然學家赫胥黎將始祖鳥看做是一個完美的爬行動物與鳥類轉換形式的例子：爬行動物的重骨頭轉換成輕的、空的鳥骨；前臂伸展成翅膀；淺的胸骨加深變成眾多翅膀的肌肉；鱗片發展成羽毛。赫胥黎認為，在鳥類和恐龍兩者之間有著神秘的相性，並由此作出了一個驚人的結論：鳥類並不與恐龍同時存在，它們是近親。20世紀70年代初，耶魯大學的古生物學家約翰·奧斯羅姆也加進來指出：始祖鳥與獸腳類恐龍之間有著相似性。奧斯羅姆說，其實，恐龍並沒有滅絕，而是以羽毛的形式生存著，如燕子、鷹、蜂鳥和喜鵲。但是，從陸棲恐龍到始祖鳥再到燕子，這並不能說是一種直接的血統。奧斯羅姆說，“我們還沒有證據支持任何直接直係的血統。化石記錄中的空隙太多。我們所從事的工作是將散失的時間和空間點聯係起來。”但是，這種假說卻遭到了一部分鳥類學家的反對。他們認為，鳥類與恐龍相像並不是因為關係密切，而是因為生活在相同的小生態環境中，以相同的方法行動所致。這種相同特性或趨同的不同發展，在生物曆史中是常見的現象，這也就是生物學上所稱的同功現象。
我們不妨看一下蝙蝠和蝴蝶的翅膀：兩者都是撲翅飛行的，但是由不同的身體部位而升空的，並沒有跡象表明它們是共同的祖先。
2.孔子鳥
1994年，在北票市的一個小山村發現了一塊鳥類化石，當中國科學院鳥類化石專家看到這塊化石時，立即被它那種與始祖鳥十分相像的圖形所震驚，圖形大小如喜鵲，長有與始祖鳥一樣的翅膀、長指狀物和彎曲的爪子。在始祖鳥長有完整牙齒的嘴的地方，卻有著角質的無齒鳥嘴。這種鳥幾乎與始祖鳥一樣古老，且已具備了現代的顎。專家們將此鳥命名為“孔子鳥”。孔子鳥是目前我們所知道的能夠進行遠程飛行的最早鳥類，它的翅膀幾乎與始祖鳥一樣原始，但已有了一些諸如輕盈的骨頭、較短的尾巴等現代鳥類的特征。
3.中華鳥
1996年，在北票市上園鄉的一個小山村四合屯，當地農民在挖掘孔子鳥化石時發現了四塊長毛的小型肉食恐龍化石。這是世界上第一次被發現的長毛恐龍的化石，因而被譽為“中華鳥龍”。它的發現對鳥類起源於恐龍的假說提供了有力的支持，直接支持了鳥類由小型的食肉的棲地性恐龍進化而成的理論。無獨有偶，1996年6月，在巴塔哥尼亞荒蕪地帶，人們發現了距今約0.9億年前的恐龍的部分殘骸。令人驚異的是，這是一種具有鳥類翅膀的兩腿恐龍的部分殘骸。它能像鳥折疊起自己翅膀、折疊前臂，能像鳥一樣活動肩膀關節，並能抬起前臂向下撲翅飛行。
4.原始祖鳥龍
在四合屯發現的化石中，還有一種很特別的動物。這種動物像始祖鳥，但更原始、更大，腿更壯實。當時的中國地質博物館館長季強給它起了一個名字：原始祖鳥龍。原始祖鳥龍的羽毛是對稱性的，與始祖鳥不同，如果羽毛是對稱性則這說明這種動物不能飛行。在相同的地區，還發現了另一種不能飛行的動物—尾羽鳥龍。尾羽鳥龍有很獨特的牙齒、尾巴，羽毛是從第二指中長出來的長長的、對稱性的羽毛。尾羽鳥龍看上去像雞，頭蓋骨很大，牙齒像針一樣尖銳，一雙前臂短而健壯，多骨的尾巴幾乎要比身體長一倍。動物化石保存完好，不但能看到殘骸的細節，而且能看到一般化石所無法記錄的柔軟的組織和其他身體部位。從頸項到尾巴的後背上，有薄薄的、深色的纖維狀皺紋的背脊。尾羽鳥龍的頸項上長滿了細小的纖維，犁溝似地布滿了長長的後背和尾巴，這說明它不是一種普通的小恐龍。隨著中國遼西四合屯鳥類化石的發現，國際學術界有關“鳥類起源和早期演化”的學術研討更趨於深入、細致。由此我們可見，鳥類起源於恐龍也許會得到越來越多的強有力的支持！