目前對於幹細胞治療的研究尚處於試驗階段，還沒有大量的臨床結果。因此對於幹細胞治療的療效要有一個合理的期望值。
治療技術療效治療風險手術治療近期療效確切，但腫瘤易轉移手術直接損傷較大放射治療某些對放射線敏感的腫瘤療效確切，但對放射線不敏感的腫瘤則不確切放射線可損傷正常細胞，副反應明顯。
化學藥物治療療效有限，療程較長化學藥物對正常細胞產生毒性損害、骨髓抑製、胃腸道反應、重要髒器損害等毒副反應明顯；多療程使用後可出現耐藥性幹細胞治療幹細胞治療惡性實質性腫瘤病常作為手術、放療、化療的輔助支持療法。幹細胞可以修複、更新受損、病變的細胞，從而有效恢複受損器官組織的正常功能，緩解症狀、提高生存質量無毒副反應，偶見輸液反應（任何製劑在輸注過程均可能出現輸液反應）。
幹細胞技術更是涉及些許倫理方麵的問題，包括來源、操作、轉化三個方麵。其中共性問題主要有知情權、同意權、隱私權和安全性等，除此之外還有人胚胎與病人的利益衝突、臍帶血儲存商業化、人獸混合胚胎的道德性、跨物種感染等敏感問題均已引起科學家及普通公眾的關注。在幹細胞轉化應用方麵也表現出倫理問題，甚至已經演化為一大社會問題。目前關於幹細胞的臨床監管機製還不完善，所以很難判斷在國際上出現的各種醫療機構所生成的幹細胞療法是否有效。因此，我們應該正視幹細胞技術中的道德問題，確保此技術能夠健康發展，更好地造福人類。
3.3細胞工程的應用
生物工程在農業、輕工、醫藥衛生等國民經濟的各個領域上顯示出越來越重要的作用。世界上眾多國家都投入了大量的人力、物力、財力來進行廣泛的研究。不少研究成果已經在應用上發揮了強大的威力，其在生產實踐中的應用所產生的經濟效益，已是舉世矚目，已成為高新技術產業開發的重要領域。加拿大一位研究雲杉的植物學家在一篇研究報告中提到，運用細胞工程技術利用單個雲杉細胞可以快速培育出300萬株優良品種的雲杉植株。美國賓夕法尼亞州立大學的一位園藝學家認為“利用植物細胞和組織培養技術培育植物不但在技術上已證明可行，而且具有巨大的經濟效益”。由此可見，細胞工程技術產生的經濟效益之大是可以想象的。
3.3.1糧食及蔬菜生產
細胞工程技術輔助作物育種是其最重要的一個應用領域。我國在這方麵已經達到世界領先水平，通過該技術培育出的水稻、小麥品種有上百個。利用細胞工程技術進行育種，可以縮短育種周期，提高育種效率，而且更有利於優良性狀的篩選。蔬菜通常以種子、塊根、塊莖、扡插或分株等傳統方式進行繁殖，可以在較短時間內獲得大量植株，迅速擴大群體，取得經濟效益。運用植物體細胞融合技術可以獲得新的雜交植物，如我們所熟悉的“西紅柿馬鈴薯”和“蘑菇白菜”等。
3.3.2園林花卉植物育種及改良
通過脫病毒試管苗快繁技術，可以有效防止果樹病毒的侵害，使果樹後代脫毒，恢複種性並促進了育種速度。目前，香蕉、柑橘、葡萄、桃、梨、荔枝、龍眼、核桃等多種果樹的試管苗脫毒技術已經十分成熟，在農業生產中產生了良好的經濟效益。1960年科學家首次利用微繁殖技術對蘭花進行組織培養，改良了蘭花品種，使蘭花的市場供應擺脫了氣候、地理等方麵的限製。我國對康乃馨、月季、菊花、紫羅蘭等花卉品種的研究較為成功，有的已經商品化，並銷往海內外。
3.3.3臨床醫學與藥物
現在，人們可以應用單克隆抗體技術檢查一些尚無臨床症狀的極小腫瘤病灶，檢測心肌梗死的部位和麵積，為有效及時地治療疾病提供方便。單克隆抗體可以精確地檢測女性及雌性動物的排卵期，使人類對生殖生育有了較大的選擇餘地，促進了優生優育，提高了人口素質，同時也為不孕症患者或不宜生育的人帶來了福音。
3.3.4動物優良品種的繁育
目前，人工授精、胚胎移植等技術已廣泛應用於畜牧業。綜合利用細胞工程中的胚胎分割轉移技術、細胞核移植技術、細胞融合技術等，可以在細胞水平改造卵細胞，可以創造出高產奶牛、瘦肉型豬等新品種。
展望未來，我們可以滿懷信心地說，細胞工程的研究、開發與應用必然會在21世紀有一個更加快速的發展。我們必須抓住這一契機，促進我國在農業、林業、畜牧業及醫藥業等方麵的高速發展。