綜合分析，當前上市公司配股中存在的問題，主要表現在以下幾個方麵：
一、配股條件方麵存在一定的缺陷。如除淨資產利潤率外，對其他重要的財務指標如資產負債率、每股稅後利潤、應收賬款周轉率及流動比率等尚未有約束規定，這在一定的程度上造成上市公司為了達標，不惜代價利用關聯交易，突擊報表重組等短期手法實施利潤操縱，助長了其不規範甚至違法行為的發生。其次，對配股比例與上市公司業績增長之間關係，配股定價的計量依據等問題均未作出明確規定，隨意性較大。第三，配股審批機製的市場化程度尚不足。就當前配股體製來說，上市公司能否配股在很大程度上取決於證監部門能否審核同意，而作為直接參與配股的廣大散戶來說沒有發言權，這在一定程度上易發生大股東操縱以及二級市場認配不足的情況，最終影響公司配股成效，使承銷商承受很大的風險。
二、配股募資投向改變較多，挫傷散戶信心。1998年以來，上市公司配股募資投向變更公告頻頻見諸報端，引起廣大散戶的極大不滿。有關統計表明，配股募資投向變更多於新股發行募集資金投向。1998年的年報顯示，擬在1999年配股的148家公司中，有92家披露的董事會和注冊會計師對前次募集資金使用情況的說明和專項報告，其中募集資金基本按照承諾投入的僅有43家，占47%，沒有按招股說明書或配股說明書的承諾使用的49家，占已公布前次募集資金使用說明公司的53%。上市公司配股資金投向改變過多，從本質上違背了當初對廣大參與配股投資者的承諾，雖然絕大多數上市公司改變募資投向都經過股東大會通過，但廣大中小散戶沒有決策權，最終還是損害了這些散戶的權益和信心，而且有可能影響募資投向的使用效率，從而影響市場穩定。資金投向的頻繁變更本身就表明上市公司在投資立項時的不嚴肅，不是為項目求資金，而是為募資找理由編項目。由於國家有關法律法規的不健全，使得上市公司不是從市場的角度和企業自身經營發展的角度去考慮對資金的需求。由於可以輕易通過配股實現在二級市場上的募資，配股資金投入產出比的嚴重失調就可以說明上市公司對輕易到手的“銀子”並不珍惜，企業往往容易陷入保配——募資的怪圈中，如個別企業在利用配股資金收購一項目後，半年後又將其賣出，配股資金變成了企業利潤，又保留了其配股資格，如此循環，企業何以發展？
三、重配股，輕使用，致使募集資金項目投向效益下降。有資料表明，雖然近幾年部分上市公司連續配股籌資，但主營業務利潤卻呈負增長。根據1997年年報及1998年中報披露的配股項目進行的統計表明，90家已配股公司真正產生效益的僅為16.67%，不足五分之一，可見，配股資金的注入並沒有形成企業新的利潤增長點。配股之後業績滑坡的原因主要是：（1）盲目多元化投資衝動，追求短期效益，使投資項目難以產生預期效益；（2）項目論證不夠，或是客觀環境的變化使得投資項目不得不推遲，甚至有些企業將原項目變更後又無法尋求新的合適項目，隻能將資金存於銀行；（3）主導行業進入調整期，同時又輕視主導產品的結構調整和行業的升級，產品很難尋到出路，導致項目運用效果不佳；（4）大股東放棄配股無法達到預期募集的資金數，影響項目的建設。
對上市公司來說，配股資金的低成本及弱約束是造成募集資金低效使用的根本原因。用業內人士的話說，就是上市公司根本沒有珍惜散戶的血汗錢。一些上市公司募股資金到位後不知道該怎麼花。有的四處投資，撒胡椒麵，有的幹脆存銀行吃利息。究其原因，許多上市公司在配股籌資時就並沒有認真考慮籌資使用的項目，有的純粹是為了從股市募集巨額資金，隨意湊幾個項目填充申報材料。這使投資者對一些公司的配股項目越來越失去信心，其股票往往成為投資者的拋售對象，有的甚至跌破配售價。據統計，1999年共有20家上市公司的市價跌破配股價，比例達到15.38%。
四、配股的行為極不規範。不規範的行為往往出自於不純潔的目的——圈錢。比如一些公司的配股價格由大股東製定，價格怕低不怕高，視散戶為圈錢對象。他們自恃身份特殊，不怕配股失敗，不論有無需要，也不顧市場其他參與者的承受能力，漫天要價，將配股價喊得越來越高。眼下，配股市盈率普遍高達20～30倍，有的甚至高達50～60倍，而新股發行市盈率一般在20倍以下。配股價1997年10元已是天價，到了1998年，10元以上的有30家，格力電器高達22元，而2000年竟有高達28元的配股價格了。這種配股價格越來越高的現象，使配股除權後和市價非常接近，沒有填權空間，投資者參加配股的意願淡薄。2000年1月5日，精密股份配股除權，交易所公布的理論除權價為9.79元，竟高於登記日的收盤價9.77元。這種除權價越除越高的奇事，恐怕在世界股市範圍內也是十分罕見的。股市中的所謂配股，實際上是上市公司向其老股東按比例增發新股，由於必須考慮到老股東的權益，配股價一般都會低於市場價格，這樣老股東就具有了一種購買低於市價的股票的權利。如果在股權登記日收盤時，配股價已經高於市價，實際上老股東已經根本無權利可言。
有意思的，配股熱情最高的是大股東，但偏偏他們隻要別人配股，自己卻不參與配股，即使硬要配股，也不是像其他公眾散戶一樣是用現金，而是用一些什麼破銅爛鐵來充數，更有一些大股東開空頭支票，沒有出錢卻欺騙股民出了錢，空手套白狼。中國的股權結構是傳統的計劃經濟的產物，股權分為公股和私人股，公股占控製地位但不能掛牌流通，其所有者與企業有著極為密切的關係。私股的比例很小但卻是可以流通的，受市場狀況的影響而不斷波動。在企業配股圈錢行為中，公股是企業資金必須得到滿足的後盾和同盟軍，而令人啼笑皆非的是，占控股地位的公股堅決支持企業的配股要求，而自己卻又宣布放棄配股權，並且以維護公股權益為由收取所謂的轉讓費。說白了，這是逃避對投資企業盡義務的行為，而根本不是什麼權益損失。與此相反，居於從屬地位的公眾股東，卻無力予以推翻。由於配股價低於市場價，不配股就意味著甘願承受除權後股價下跌所帶來的損失，因而公眾股東隻能是乖乖地交出斬倉割肉後所剩無幾的銅板，並向公股交納轉讓費來鼓勵和感謝這種行為，形成了一種“同意配股的不出資，不同意的反而要掏錢”的局麵。國有股和法人股在全部股本的權重中，一般公司都達到60%以上，但1999年實施配股的130家上市公司中，所有法人股東參與配股的總額隻有143222萬股，占應配量總數的15.79%，占實際配量總額的34%，而社會公眾參與配股的總額為258832萬股，是法人配量的1.8倍。善良的股民不禁要問：如果企業真正具有投資價值，他們自己為什麼不投資？如果真有那麼可愛的一種權益，公眾股又為什麼要放棄和轉讓？
有的大股東以實物參與配股，這其實也是不怎麼地道的事情。我們不排除有部分大股東是以優質資產參與配股，有助於上市公司保持較好的收益。但部分大股東配進上市公司的資產的質量卻令人懷疑，有的甚至與上市公司原有業務毫不相關，定價又帶有明顯的隨意性，沒有一定的評估標準，這其中的貓膩不說誰都清楚。
大股東憑權力做主，中小散戶隻能用腳投票。於是，放棄配股的現象越來越多，實配率越來越低。市場中隻要公司配股公告一出台，“倉皇”逃權的投資者不在少數，配股困難已經成為上市公司和券商頗為尷尬的問題。1998年最低的一家認配率隻有6%。1999年，全年實施配股的上市公司總計應配量為907243.36萬股，而實際參配量僅為421308.48萬股，實配率隻有46.44%。在130家實施配股的上市公司中，隻有13家公司配股數量募足。
配股募資不足除了使擬募資投向項目不能如期進行（假如配股是真的有可靠的投資項目）外，讓人啼笑皆非的是，近兩年以來，有不在少數的配股項目承銷商因包銷餘股而成為上市公司前幾名大股東。
早在1998年，就有配股承銷商變成大股東的現象，而到1999年更是愈演愈烈。由於二級市場的相對低迷和配股價確定的不合理，許多股票的市價低於配股價，承諾“包銷”的券商苦不堪言。即使是市價勉強與配股價持平的個股，流通股的持有者也不願再增加手中套牢的籌碼。於是，配股登記之日，就成了承銷商出任配股公司大股東之時，包銷配股包成了股東。光大證券因包銷渝三峽配股餘額1268.8027萬股，占渝三峽總股本的7.32%，成為渝三峽第二大股東。渝三峽1999年配股方案為10股配2股，每股配股價為7元。在配股繳款期間，渝三峽二級市場價格一度跌破配股價，最低達6.81元，由此造成老股東放棄配股認購，使包銷券商成為大股東。1999年末，許多券商出現了類似情況，其中因包銷配股餘額而使券商持股超過5%的共有5家上市公司，如粵宏遠、天然堿、一汽轎車、遼通化工和亞泰集團。券商因包銷配股餘額而成為上市公司的大股東是被動行為，這與券商的自營和主動收購上市公司完全不同。它首先反映出市場的持續低迷，許多股票跌破配股價，投資者自然會放棄認購權。推出高價配股價的華源股份，到了配股繳款截止日，尚有340萬股沒有配出去；而北新建材總共2000多萬股的配股，竟有1000多萬裝在了承銷商的兜裏。