1月
1日紅旗製藥廠全部移交學校管理。該廠於1958年由上海市醫藥公司和學校共同籌建，生產殺蟲藥“敵百蟲”。1959年3月，市醫藥公司所屬部分劃歸市農委工業部，並於1960年1月11日市農委工業部與學校簽訂協議，確定共同領導，分工管理。為了更好地貫徹為教學服務的原則，經雙方研究決定，原協議取消，自1962年1月1日起將該廠農委所屬的資產和人員全部移交學校，由學校負責管理。
4日校黨委批準醫療係黨員大會選舉產生的黨總支委員會，張亮為書記，王建同、潘自浦為副書記。
5日
學校根據教育部《關於高等學校培養研究生暫行條例（草案）》製定的《上海第一醫學院培養研究生暫行條例（草案）》經院務委員會常委會擴大會議討論通過。
為了加強學校與閔行區中心醫院的合作關係，健全對教學醫院的教學工作領導，院務委員會常委會決定成立衛生係臨床教學委員會。委員會由蘇德隆、許世謹、陶壽淇、劉開富和閔行區中心醫院的正、副院長共7人組成，蘇德隆為主任委員。
12日附屬第一醫院主治醫師鄧學稼參加衛生部派出的醫療組赴印度尼西亞工作，為期4個月。
15日學校黨委批準校直屬機關黨員大會選舉產生的黨總支委員會，劉文英為書記，張樹雲、柏海波為副書記。
17日上海市工業衛生研究所成立，陳同生兼所長。該所由校放射醫學、放射衛生、放射藥學3個專業教研組的部分教師組成。其行政關係，開始時屬於上海市衛生局，業務指導由本校負責，後經調整，行政關係亦隸屬於本校。
25日校院務委員會常委會討論決定：
①為加強學校治安保衛工作，在人事處下設立保衛科；
②為加強對各附屬醫院工作的管理，仍恢複醫院管理科的建製，直屬院部領導。
2月
2日學校關於“停辦工農預科，加強薄弱環節的請示”報告獲上海市高教局批準。
3月
2日上海市委同意腫瘤醫院黨總支書記李德兼任該院院長。
4月
24日校黨委決定1962年要做好幾件主要工作：
①充分發揚民主，認真貫徹執行黨的民主集中製原則；
②加強思想政治工作，積極宣傳馬列主義、毛澤東思想，宣傳黨的總路線和各項方針政策；
③認真試行“高教60條”和《上海市醫院暫行工作條例》；
④堅決貫徹執行精兵簡政、增產節約的方針。
本月石美鑫等應用深低溫體外循環施行國內首例左心室室壁瘤切除術，獲得成功。
5月
7日衛生部下發通知，批準任命學校的院務委員會人選。新的院務委員會由35人組成，他們是陳同生、顏福慶、王樂三、沈克非、胡懋廉、崔之義、李靜一、周嵐、戴天右、劉文英、徐豐彥、林兆耆、蘇德隆、伍裕萬、胡田成、穀鏡汧、榮獨山、張昌紹、楊國亮、郭秉寬、王淑貞、吳紹青、李鴻儒、王鵬萬、李德、薑明、李伯鈞、張亮、劉濤、塗峰、鄭思競、郭曉燕、顧阿芳、盧淩、王道三。
17日校黨委批準附屬第一醫院黨員大會選舉產生的黨總支委員會，王彤為書記，林平、吳桂明、潘自浦為副書記。
本月
學校共青團第六屆代表大會選出以郭曉燕為書記、傅成瑞為副書記的新一屆校團委。
受衛生部派遣，石美鑫出席在德意誌民主共和國召開的第七屆社會主義國家衛生部長會議。
6月
1日
新的院務委員會舉行第一次會議，會議議決：
①將附屬第一醫院改名為華山醫院，報上海市衛生局備案，並登報公告。
②考慮到陳同生院長健康情況較差，需要較長時間修養，為便於日常工作的順利進行，委員會推選王樂三副院長為常務副院長，受院長委托，綜理全院工作。