對於一種新開發的產品，產品質量評價指標的選擇應根據其預期用途來確定。低水分膨化型組織化大豆蛋白的用途主要是作為肉製品的添加物，因此，吸水率、持水力、吸油性和質量體積等成為評價其產品質量的重要指標。而高水分組織化蛋白定位在開發仿肉製品，例如直接加工大豆蛋白麵、蛋白絲、素雞等即食性的新型植物蛋白製品，因此在評價指標的選取上與低水分膨化型組織化大豆蛋白有明顯的不同。表觀形態、質構特性和色澤對於評價高水分組織化大豆蛋白更為重要。一般認為，組織化程度越高、產品質地較軟且富有彈性、外觀均勻一致和色澤亮白的產品，質量較好。
水分在擠壓過程中的作用機製很複雜。從化學觀點來看，在高溫高壓的密閉空間裏，高能量的水產生很大的自由空間效應（free volume effect）[165]，使大豆蛋白原料體係成為一個熔融體係，這被稱為水的塑化作用。隨著水分含量的增加，水的塑化作用增強，導致蛋白質主鍵結構片段的運動性增強，肽鏈更容易伸展和定向排列。試驗結果表明，提高物料水分可大大降低大豆蛋白發生組織化所需的溫度。例如，在物料水分為55%、機筒溫度為140℃時，大豆蛋白即可被理想的組織化；物料水分50%、機筒溫度在145℃時，大豆蛋白可被理想的組織化。而傳統的低水分幹法擠壓（物料水分一般在20%～30%），機筒最高溫度達到180～200℃時，大豆蛋白才能夠被有效組織化[7,166]。這說明，增加物料水分產生的塑化作用，與提高溫度對蛋白質組織化所產生的促進作用是等價的[159,167]。Lin的研究也表明，在高水分組織化過程中，水分含量對產品感觀和質地均起非常重要的作用[13,14]。
從動力學角度看，水分直接影響物料的黏性及其在機筒內的流動和混合行為，從而影響物料的受剪切曆程。物料水分含量高，黏性小，在機筒內受強製流動的阻力減小，剪切作用減小，機筒壓力降低。物料被擠出模口時，與環境間的壓差減小，水分閃蒸作用減弱，這也正是高水分擠出物可以保持規則外形結構的重要原因。
但含水量太高時，在高溫高壓狀態下，高能量的自由水分會衝破蛋白質熔融體的束縛而產生噴爆現象。在特定的擠壓條件下，不同的物料體係所能承受的最高水分不同。試驗證明，對於低溫脫脂豆粉，擠壓機能正常工作的最高水分是55%左右。