蛋白質組織化機理的研究從該技術一出現就引起了人們的廣泛興趣，但因為擠壓機的黑箱特性，描述和測定物料在擠壓機內的化學變化非常困難，雖然突然停機試驗可以提供一些有價值的信息，但有專家認為突然停機後取得的試驗樣品，與在擠壓機內的樣品所處環境（壓力、溫度、剪切、流動等）均已發生顯著的改變，因此並不能真實反映在擠壓機內的變化情況。可視化擠壓機，尤其是在線檢測和監控技術的發展為解決此類問題提供了新途徑。
前人在研究擠壓組織化機理時，認為大豆蛋白在機筒內的高溫高壓和剪切力的作用下發生了“纖維化”。但在用纖維狀的雞脯肉作對照研究高水分組織化大豆蛋白時發現，在同樣的測定條件下，呈纖維狀的雞脯肉的橫向和縱向剪切比值可以達到10以上，而組織化良好的高水分TSP的橫向和縱向剪切比值也隻有1.8左右，可見，高水分組織化蛋白的組織化離“纖維化”還有較大的差距，蛋白質分子僅是發生了部分的定向，雖然也表現一定的各向異性，但程度較低。在縱向撕裂組織化大豆蛋白時，可以觀察到一層層交疊在一起的長條形膜狀結構。因此提出了“膜狀氣腔”沿流動方向定向的理論假設。假設的正確與否，還需要今後進一步深入研究來證明。