大豆蛋白組織化後的氮溶解指數在6.4%～9.2%。操作參數對氮溶解指數有一定的影響。擠壓加工並沒有造成新的蛋白質亞基的形成。蛋白質的不溶性主要是由疏水作用和二硫鍵共同導致的。根據對高水分組織化過程的係統分析和產品掃麵電鏡分析結果，提出了擠壓機理的膜狀氣腔理論假設。
在擠壓機機筒內，高水分物料體係在高溫、高壓、高剪切力的作用下，形成均勻、相溶的“熔融體”聚合物。蛋白質分子發生熱變性，失去天然的結構。大量水分的汽化使蛋白質形成了“膜狀氣腔”，機筒“熔融體”內的“膜狀氣腔”在螺杆推力和壓力的作用下，沿軸向呈線性定向排列運動。大豆蛋白發生包括疏水相互作用、二硫鍵在內的複雜化學變化。在模具形狀、壓力和突然冷卻（