FT-IR光譜法是研究大豆蛋白在擠壓組織化過程中二級結構變化規律的有效工具，二級結構的變化是大豆蛋白發生組織化的必要條件。
大豆蛋白的組織化並沒有使其完全線性化，或完全變為無規則卷曲結構，仍保留著一定的β-折疊和轉角結構。
溫度對蛋白質二級結構的變化具有顯著影響。較低溫度時（溫度
140℃），蛋白質發生組織化，二級結構的變化主要表現為β-折疊向無規則卷曲的轉變。
相同條件下，較高的水分對組織化起促進作用，水分促進了α-螺旋向轉角的轉變，以及β-折疊向無規則卷曲的變化過程。
喂料速度和螺杆轉速對蛋白質二級結構也有一定的影響。喂料速度太低時大豆蛋白二級結構向無規則卷曲發展。當喂料速度增至一定程度，對大豆蛋白二級結構的影響較小。隨螺杆轉速的升高，β-折疊逐漸降低，而轉角的比例逐漸升高。