除整編和調動軍隊外，蔣介石還對軍事體製作了改革。1946年5月30日，國民黨中央國防最高委員會決議，裁撤國民政府軍事委員會及其所屬各部會與軍政部，行政院下設國防部，任命白崇禧為國防部長，陳誠為參謀總長，顧祝同為陸軍總司令。在全國各地設立國民政府主席行轅、綏靖公署、綏靖區，使軍隊更加統一，指揮更集中。
國民黨政府在進行整軍、軍政體製改革的同時，為尋找發動內戰製造"法律"借口。從1946年，3月1日至17日，國民黨在重慶召開六屆二中全會，中心議題是如何推翻政治協商會議的決議。全會通過的《對於政治協商會議決議案》聲稱："凡有足為和平建國之阻礙者，胥必力為排除"；"所有對於五五憲草之任何修正意見，皆應依照建國大綱與五權憲法之基本原則而擬訂，提由國民大會討論決定"；"根據協商會議擬定之修改原則並參酌憲政期成會修正案"，"製定五五憲草修正案，提供國民大會采取"，從而否定了政協決議關於國會製、責任內閣製和省地方自治的憲法修改原則。全會宣言重彈"惟有軍隊國家化，軍令能夠貫徹，國家獲得了名實相符的統一，才可以真正實現民主"的舊調，把軍隊國家化作為實施憲政的先決條件，從而破壞了政協決議中關於"軍隊製度應依我國民主政製與國情實行改革"的規定。全會還決定撤銷國防最高委員會，恢複中央政治委員會，由它"指導"國民政府的工作。同時決定把各黨推選的國府委員拿到國民黨中央去選任。這就推翻了關於改組政府問題的政協協議。蔣介石緊接著在3月24日至4月2日召開的國民參政會四屆二次會議上宣稱："政治協商會議在本質上不是製憲會議，政治協商會議關於政府組織的協議案，在本質上不能夠代替約法。""如政治協商會議果真成為這樣一個性質的會議，我們政府……是決不能承認的。"蔣介石在即將完成或已完成部署之後，便尋找挑釁的借口。他以"接收東北"為名，調動6個軍向東北人民解放軍進攻，侵占四平、長春，直打到鬆花江南岸。6月17日，軍事小組國民黨代表徐永昌提出《國民政府對軍隊整編及統編中共軍隊為國軍之基本方案的修改意見》，規定結束戰爭的先決條件是：（1）人民解放軍於9月1日前完全撤離熱河、察哈爾兩省，撤離煙台和威海衛；（2）8月1舊以前撤離膠濟線全線；（3）撤離東北的大部分地區；（4）7月1日以前撤離人民解放軍在6月7日以後從日偽軍手中解放的山東大小城市村鎮，由國民黨軍隊占領之。中共堅決拒絕了這些蠻橫無理的要求。
為了避免內戰，中共政協代表團於6月21日向國民黨政府提出長期停戰、恢複交通、整軍複員、重開政協四項建議，並要求在此基礎上繼續談判。蔣介石對此拒絕。他在6月27日會見美國"調處"特使馬歇爾時，表示除非實施軍事調整作為避免衝突的手段，否則政治調整絕不可能，而他的軍事調整就是人民解放軍必須撤離上述地區，並堅持一律撤銷人民解放軍撤出地區的地方政府。中共理所當然再次拒絕這些蠻橫要求。於是，蔣介石決心打內戰，對其將領聲稱："我們能不能做到精良快當，和速戰速決而把’奸匪‘消滅呢？我們深信是毫無問題的。""各官長，更要了解這種責任的重大，回去勉勵部下共同奮發，來完成這剿滅奸匪和整軍建國的使命。"年6月26日，重重包圍中原解放軍的國民黨30萬大軍，突然向李先念、王震、鄭位三率領的中原解放軍進攻。從此，國民黨挑起的全國規模的內戰爆發了。
李聞慘案
國民黨政府為了維護蔣介石法西斯獨裁統治，在準備並發動全麵內戰的同時，對國統區的和平民主運動采取了血腥鎮壓的政策。1946年春天，接連在各地製造血案，4、5月間又在西安捕殺了《秦風日報》、《工商日報》聯合版顧問、律師王任和民盟西北總支部負責人、《民眾導報》主筆李敷仁（後者傷重未死，被當地農民救護到延安）。6月，在全國各地逮捕了1.3萬多名反內戰的工人、學生和市民。7月，封閉了反內戰、呼籲民主的文化團體、言論機關100餘處。特別猖狂的是在昆明製造了駭人聽聞的、震驚全國的李公樸、聞一多血案。
李公樸、聞一多是聞名全國的愛國民主人士、民盟中央執行委員和民盟雲南省支部的負責人。李公樸，江蘇鎮江人。他早年在上海滬江大學讀書時參加了國民黨，1926年到廣東參加北伐軍。1927年3月，隨北伐軍東路軍到上海，隨之對"四一二"反革命大屠殺深為震驚，憤然離開部隊。1928年8月赴美國留學，1930年11月回國。九一八事變後，投身於抗日救亡運動。1936年參加組織全國各界救國聯合會，被推選為執行委員和常務委員。同年11月，同救國會負責人沈鈞儒等7人在上海被捕入獄，成為著名的愛國"七君子"之一。抗戰開始後，獲釋出獄，先赴山西前線，創辦《全民通訊社》，後又在漢口和沈鈞儒一道合辦《全民周刊》。在1938年曾赴延安組織抗戰建國教育團，並到晉察冀、晉冀豫解放區進行抗戰教育。1942年在昆明創辦北門書屋，1944年創辦北門出版社。隨後出任民盟雲南省支部執行委員、民盟中央委員，積極為民主運動奔走活動。