2月7日，麥克阿瑟、埃格伯格、萊爾巴斯和其他10來個司令部的先遣梯隊參謀人員分乘幾輛吉普車從打拉出發向馬尼拉駛去。麥克阿瑟徑直前往比利比德監獄。
麥克阿瑟和這個人不人、鬼不鬼的家夥握了握手，質樸地說：“我很高興回到這裏。”
進入監獄以後，他發現自己置身於但丁曾描繪過的那種慘不忍睹的景象之中，令人不堪忍受成為其中一員的巨大痛苦。幾百人抬頭凝視著他，這些人虛弱得除了從他們躺著的地方努力地向他微笑以外什麼也做不了，他們像一具具屍體一樣直挺挺地躺在汙穢不堪的簡易窄床上，雖生猶死，幾乎已經為葬禮做好了準備。
他回到吉普車裏，驅車前往聖托馬斯集中營，這裏的情況比比利比德監獄要好一些。但這裏的景象也一樣慘不忍睹。
當總司令部計劃奪回科雷吉爾多時，麥克阿瑟采納了參謀長薩瑟蘭的采用空降部隊和兩棲部隊同時發起進攻的辦法。
2月16日，第503傘降步兵團大約2000人進行空降著陸，與此同時，1000步兵在懸崖底部的狹長海岸上登陸。這次進攻完全出乎日軍意料之外，日軍總共約有5000人。第二天美軍又空降了1000人的增援部隊。奪回羅克的戰鬥十分激烈，第5航空隊的重型轟炸機用凝固汽油彈幾乎炸平了科雷吉爾多的大部分地區，與此同時，海軍驅逐艦在直射射程內從海上向島上的岩洞和隧道入口處射擊。
羅克之戰是對裝備精良、很好地隱蔽在戰壕中的敵人的一次殘酷的近距離作戰。2月21日夜，共有2000日本人在馬尼拉隧道中自殺，他們用數百噸烈性炸藥將自己炸死。然而戰鬥還在繼續。有組織的抵抗又持續了一個星期。美軍收複科雷吉爾多的代價是1000人傷亡。
當這場戰鬥還在激烈進行時，麥克阿瑟對另一所監獄發動了突襲。馬尼拉的南部有一個大潮，叫做拉古納。拉古納湖南岸聳立著洛斯巴諾斯拘留營，這裏關押著2000多名美國人和菲律賓人，這些人當中主要是傳教士和修女。2月24日，第11空降師幾百名滑翔兵發起強渡大潮的兩棲進攻。拘留營的日本衛兵驚訝得亂作一團，以致忘記屠殺他們的囚犯了。所有的被拘留者沒有受到任何傷害，都獲得了自由。
這次戲劇化的突襲是整個事件的閃光點，否則這裏將是一幅悲劇性的場麵。負責馬尼拉作戰指揮的日本海軍上將岩淵山治手下有3.5萬人。他拒絕執行山下奉文保全馬尼拉的政策，而是把他自己無政府主義的觀念強加給這座城市裏無助的居民、古老的建築和倒黴的軍隊。讓馬尼拉變成戰場並不能使日本贏得絲毫的戰略或戰術優勢，破壞這座城市也不能給日本帶來榮譽和光彩。殘殺馬尼拉人不會讓日本的失敗推遲一天時間。一切都無濟於事。守軍擁有大量的自動武器，彈藥庫裏充斥著軍械。每一個主要路口都設置了路障；街道上布滿地雷；數千建築物裏都理置了餌雷；馬尼拉灣的海軍艦艇被拆解了武裝，船上的大炮被拖到岸上。就像他們征服其它地區時的做法一樣，日本兵圍捕了大批市民，然後不分青紅皂白地將他們屠殺。這些暴行是根本沒有任何理由、也開脫不了的。
麥克阿瑟發現自己不得不為這座城市而戰，這是一場會毀滅這座城市的戰鬥。他盡力不傷害這裏的人們。肯尼建議轟炸稱為“內城”的有城牆的市區，把它夷為平地，免得步兵還要把守軍從城裏“摳”出來，麥克阿瑟對此建議不予考慮。“不，我不能讓你這麼做，”他告訴肯尼，“你可以全殲日本人，這沒問題，但是那裏還有幾千菲律賓人也會死。”結果，麥克阿瑟不讓肯尼向馬尼拉的任何地方投放炸彈。因為當時轟炸的精度還不能保證讓人口密集的城市中大量無辜市民免遭殺害。
起初，麥克阿瑟盡量避免在這場戰鬥中使用重型炮，但是當他的部隊受到日軍炮火的猛烈襲擊時，他不得不解除了這些限製。當時的美國大炮是全世界最好的。這種火炮的協同動作與控製能力都很出色。麥克阿瑟發現，一旦開火，這種炮幾乎能摧毀人類能建造出的任何東西。在馬尼拉之戰中，大部分建築物是被美國的炮火毀壞的，而死難的數萬菲律賓人中大部分則是日本人殺害的。