審判進入了第二個階段。
戰犯土肥原賢二公訴人宣稱：“當不再需要利用他有關中國的特殊知識以及搞陰謀的才幹時，土肥原就開始擔任作戰部隊的將軍了，以實現他參加陰謀活動時所力求達到的那些目的。”
隻是到了這時候，土肥原才真正緊張起來。為什麼他當帝國間諜時所從事的陰謀、挑釁、有時甚至是謀殺等幕後活動都沒有使他如此緊張，而他作為一個戰場指揮官的活動卻讓他如此不安呢？
答案很簡單，土肥原活動的第一階段僅僅是為日本軍國主義犯國際性滔天罪行作準備，而第二階段則是日本軍國主義分子把德國發動的歐洲戰爭變成世界大戰的時期，這時土肥原已實際執行陰謀分子的計劃。而且在破壞和平的陰謀實施階段，土肥原已根本不是次要角色，而是帝國軍事參議院的成員，更是集團軍和方麵軍的司令官。
土肥原因為參加準備、發動和進行侵略戰爭，因為破壞戰爭的法規和慣例，被國際軍事法庭判處絞刑。
在遠東國際軍事法庭宣判的25名戰犯中，土肥原和阪垣是被判定犯罪條款最多的兩人，他們都犯有“破壞和平罪”。判決書中說：
“滿洲事變前，土肥原在中國滯留達18年之久，在日本陸軍部內被視為中國問題專家。土肥原對於日本在滿洲進行的對華侵略戰爭，由開始到後來日本控製下的滿洲國的建立，一直有著密切的關係。
“在中國其他地區，土肥原也以政治謀略、武力威脅、軍事幹涉等手段，在推動日本侵略步伐上起到了舉足輕重的作用。
“為了把東亞及東南亞置於日本控製之下，在軍部的其他領導者為此製定方案、進行準備及具體實施之時，土肥原與這些人關係密切，積極為他們獻計獻策，與他們共同行動。
“當不再需要他對中國的特殊知識以及他在華行使陰謀的能力時，土肥原被任命為野戰指揮官，直接到中國現地從事直接的侵略戰爭，為實現他自己參加製定的侵略計劃而直接工作。該人不但參與了對中國的戰爭，而且參與了對蘇維埃社會主義聯盟以及1941年至1945年間日本對法蘭西共和國以外的所有國家的侵略戰爭。
“在1938年和1939年對蘇聯進行的戰爭中，土肥原當時是配屬參謀本部的中將，該參謀本部為指揮哈桑湖戰役的最高權力機關。在諾門坎戰鬥中，土肥原指揮的陸軍部隊參加了戰鬥。
“土肥原自1944年4月至1945年4月間，曾任第7方麵軍指揮官，他的指揮權限包括馬來西亞、蘇門答臘、爪哇、婆羅洲等地。對於被告在其指揮區內保護戰俘，使之免於遭受殺害、拷打等事項，被告方麵提供的舉證，多有矛盾之處。被告至少在對戰俘食物及醫療藥品的供應方麵不能推卸責任。在這方麵，有確鑿的證據表明，戰俘曾深受虐待。由於不給予充分食物，以致戰俘們食不果腹，營養不良，而導致疾病叢生，戰俘死亡率達到驚人的程度。
“這種狀況隻是發生在戰俘方麵，而作為戰犯的日軍卻根本沒有這種情況發生。因此，辯護方麵提出的‘該地區日軍戰局惡化，交通斷絕，故而對戰俘不能維持更好的供應’的說法不能成立。相反有證據表明，此項原本就有的供應是因土肥原決定的方針而被中斷的。基於上述確鑿的事實，土肥原所犯罪行，不應按第55條，而應當按第54條加以審理。根據該條規定，判決有罪。”
土肥原1928年張作霖死的時候，他還隻是一個普通的陸軍大佐，僅僅13年後，他的胸前就掛上了許多金光閃閃的勳章，其中有在日本帝國最受尊敬的Ⅰ-Ⅳ級“瑞寶”勳章各一枚、“猛虎”、“旭日雙輝”勳章，肩上也戴上了大將的帶穗肩章。
1948年12月22日24時整，在東京的巢鴨監獄裏開始執行絞刑。30分鍾後，行刑結束。7名被判處絞刑的日本戰犯東條、廣田、土肥原、本村、鬆井、武藤、阪垣，在同盟國對日委員會成員麵前被絞死。執行判決的是美國中士約翰·伍德，在紐倫堡審判中被叛處死刑的主要德國戰犯也是由他來執行判決的。
土肥原的一生可謂給日本帝國主義立下了“赫赫戰功”，但多行不義必自斃，自然的法則不可褻瀆，雖然在他看來，自己也許是“輝煌”一生，但不知他的頭伸出絞刑架的一刹那，心中又作何感想？